1520年6月15日，教皇利奥十世颁布敕书，斥责马丁·路德写的41本著作，命令全体人民将这些作品烧毁，并劝告马丁·路德放弃他的错误，重回教会的怀抱。马丁·路德经过60天更进一步地拒绝去罗马及公开撤回其言论之后，他被开除教籍而为基督教世界所隔离。所有罗马教会的忠实信徒将之视为异端，避他如洪水猛兽。他所到之处，一切宗教的服务都将停止，而且各俗世当局会将他驱逐出境，或将他遣送罗马。
马丁·路德发行宗教革命计划的3册的第一册，作为他和平时期的结束标志。至此，马丁·路德曾为知识阶级写拉丁文作品。现在，他开始用德文写作——并像是德国爱国者般——写了一封“致德国基督教高级人士关于基督教社会阶级改革的公开信”。在他的呼吁信里，他提到“高贵的青年”——一年以前，刚被选为国王的查理五世——“上帝将他赐给我们，作为我们的领袖。因此唤醒了许多人善良的大希望。”马丁·路德攻击教皇筑于身边的“三面墙”，即教士与俗人的区别、教皇解释《圣经》的权利及教皇召开全体教会会议的特权。马丁·路德称，所有这些教皇用以防卫自己的说法，必须被推翻。
第一点，教士和俗人之间并没有真正的不同，每位基督徒，经过洗礼后就是教士。因此，地区统治者应执行其权力，“不受任何阻碍，不管权力影响所及为教皇、主教或教士……相反，所说的一切教条，纯粹都是罗马人的假设之作”。第二点，因为每位基督徒都是教士，因此都有权利按个人的看法解释《圣经》。第三点，圣徒是教义和修行的最终权威，并未保证教皇有召开会议的特权。“我们必须轻视教皇狂人似的行为，而信奉上帝，反击他的禁令，并尽我们所能地压制他。”会议即将召开。基督教世界的领袖，居然比任何国王还享世俗之乐，这种可怕的不正常情形，一定要给予审查。德国人圣俸被意大利教士没收的情形，一定要予以杜绝。主要靠德国金钱过活的罗马闲教士，像群害虫一样，必须减少至1％——
据估计，每年有超过30万基尔德金币，从德国流入意大利……我们讨论问题的中心是……我们德国人必须忍耐教皇这种攫掠和勒索财产的事情究竟是如何发生的？……假使我们将小偷上吊，强盗砍头，为什么我们却让罗马教会贪婪得如此逍遥自在？因为他是世界上最大的小偷和强盗，而竟然享以基督和圣彼得的神圣之名！谁能再加以忍受，或继续保持沉默？
为什么德国教会须永远纳贡于外国？让德国教士脱离对罗马的臣服，在美因茨大主教的领导下，重建本国的教会。教士托钵行乞的命令应予减除，教士应准予结婚；30岁以前，不应立下具有束缚力量的修道院誓言；开除教籍、参拜圣地、为死者望弥撒及星期日以外的圣日，均应废止。德国教会必须与波希米亚的约翰·胡斯的信徒一致。胡斯被处以火刑，因为他冒犯了国王给他的安全通行证。不管任何情况，“我们必须以书籍来征服持异端邪说者，而非以火刑”。所有的教条，都应该被丢弃，对教士和俗人，应该只有相同的一种教条：
总之，我们必须将带着教皇权力的教皇使节，驱逐出德国土地——他们将权力以高价卖给我们——把不正当的所得合法化、消除誓言和契约等，而说教皇有权如此——但是这纯属欺诈……设若没有其他邪恶的奸计可以证明教皇是真正的反基督时，这件事便足以证明了。啊！教皇！且听此言吧！您不是最神圣的人，而是最罪恶的人啊！喔！上帝将要摧毁您的教皇宝座，并将它沉入地狱的深渊！……噢，我主基督，请俯视子民，让您的判决破坏并摧毁在罗马的这个恶魔的巢穴！
一个人鲁莽地强烈攻击遍及整个西欧的强权，这件事情变成了德国的大事件。较谨慎的人士，认为这件事太过分、太鲁莽了。有很多人还评之为德国历史上最大胆、最冒险的行为。“公开信”的第一版出版后，旋即售罄，维滕堡的印刷所不停地忙着再版。此时的德国就像英格兰一样，已经到了唤起民族主义的成熟时候。此时，还没有德国，可是却有日耳曼人，他们开始意识到他们也是一个民族。就像胡斯曾经加强了波希米亚人的爱国心，就像亨利八世排斥教皇对英格兰的权力，而非排斥天主教教条，现在，马丁·路德也种下他革命的目标，不是种在神学的沙漠上，而是种在德国民族精神的沃土上。无论新教徒是怎么获胜的，主要是民族主义揭起了义竿。
1520年9月，由埃克和哲罗姆·阿莱安德共同颁布教皇训谕，将德国开除教籍。马丁·路德于10月6日，以第二次的宣言《教会的巴比伦之囚禁》（“The Babylonian Captivity of the Church”）作为反击。该文以拉丁文写成，向神学家和学者们演讲，但很快就被翻译成德文。该文对基督教教条的影响，就像“公开信”对教会和政治史的影响一样。由于犹太人曾经长期受拘于巴比伦，由基督创立的教会，也如同《新约》里的描述，在罗马教皇治理的制度下遭受了千年以上的拘禁。经过这段时期，基督教在其信心、道德和仪式上，都已腐败。基督曾在最后的晚餐上，将饼和酒赐予其使徒，因此，胡斯的信徒们是对的——圣餐应按人们的希望，以酒和饼两者兼备的方式来处理。教士们并没有将饼和酒变成基督的身体和血，没有任何一位教士有这种神奇的能力。但是对于虔诚的领受圣餐的教友而言，基督在精神和实质两方面的显现，并不需要经过教士做任何神奇的转换，而是靠基督的意愿和力量。基督是跟着圣餐的饼和酒一齐显现的，是圣体合质论（consubstantiation），而非变体论（transubstantiation）。马丁·路德带着恐惧拒绝这个念头——在弥撒中，教士把基督作为祭品献给圣父，以为人类赎罪——虽然他知道这个念头没有什么好害怕的，因为上帝曾应允人类，将基督钉死在十字架上，作为对上帝的祭品，以为人类赎罪，但他还是害怕。
在这些神学的精微之处，马丁·路德加上一些道德的新观念。他认为结婚不是一项圣礼，因为基督并未答应在婚礼中加入神圣的简短祈祷文。“古代人的婚姻并非不比我们神圣，也并非无信仰的人就较少真诚。”因此，对基督徒与非基督徒的婚姻，应该不予禁止。“恰像我和无宗教信仰的人、犹太人、土耳其人或异教徒，可以一起吃、喝、睡、走路……一起做事一样，我也可以和这些人中的任何一种人结婚。不必在乎那些愚人的禁令……上帝创造无信仰的男人和女人，就和圣彼得、圣保罗或圣露西一样多。”女人和没有性能力的男人结婚，是应该被允许的，假使男方同意的话，女方可以和其他的男人性交生子，所生的孩子应该准予使用原配丈夫的名义。若丈夫拒绝的话，太太可以正正当当地和他离婚。但是，离婚是一个无止境的悲剧，也许重婚比较好些。接着，马丁·路德又对他被指为异端之事挑战，他的结论称：“我听说教皇公布一项新训谕，以诅咒我，强迫我取消自己的主张……假使这个传说是正确的，我希望这是我将取消的主张之中的一部分。”
这样的嘲骂，应该使米尔蒂兹希望马丁·路德能再归顺罗马的梦想转了向。然而，他于1520年10月11日，再访马丁·路德，怂恿他写信给教皇利奥，表明他并无意于对教皇做人身攻击，并态度温和地把宗教改革的真相报告给教皇。米尔蒂兹也试着要教皇撤回训谕。马丁·路德这个37岁的“农夫，农夫的儿子”（他骄傲地以此称自居），写了一封信给45岁的圣彼得与美第奇家族的继承人教皇，并非表示歉意，却像父亲似的忠告。马丁·路德表示他尊敬教皇个人，但对过去的教皇和目前教廷的腐败，毫不妥协地责骂：
您的声望和您无可疵议的私生活……是众所周知，而高尚得无懈可击……但是，您的教会，即所谓的罗马教廷，任何人都不能否认的，比过去的巴比伦或索多玛城还要腐败。到目前为止，我所能看到的，是完全的堕落、没有希望和声名狼藉的不道德——这种教廷是我真正藐视的……罗马教会变成了最放纵的盗贼巢窟、最无耻的妓院、罪恶、死亡和地狱的王国……我一直感到悲哀，最杰出的利奥，您竟会在这种时代当教皇，您应该在更好的时代……
所以，我亲爱的利奥，不要听信那些海妖，他们使您已不再是个人，而是个神人（demigod），以使您能随心所欲发号施令……您是公仆的公仆，处在最令人同情和最危险的地位。不要被那些伪称您是世界之主的人欺骗……那些人大言不惭地空谈您有凌驾天堂、地狱和炼狱的权力……他们所犯的过错，就是过分提高您的地位，称您高于基督教会议及罗马教会。他们还错误地把解释《圣经》的权利，归之于您，在您的名义保护下，他们在教会里做一些不道德的事情。啊！天！借着这些人，撒旦在您的前导下，又向前跨进了一大步。简而言之，请不要相信一味奉承您的人，请您相信那些贬抑您的人。
伴着这封信，马丁·路德给利奥寄去了他的第三次的宣言。马丁·路德称此信为“论基督徒自由”（“A Treatise on ChristianLiberty”，1520年11月），认为：“除非我被欺骗了，否则那就是所有基督徒简单的生活方式。”信中，他以非他本性的谦逊态度说明他的基本教条——唯有信仰而非善行才能造就真正的基督徒，并救他免入地狱。因为只有信仰基督的人，才会变成一个善良的人；因为他的信仰，然后才有善良的行为。“是树长果实，而非果实长树。”一个人若能坚定他对上帝的信仰，并实践基督的舍身精神，就不但能享受意志的自由，并能享受一切更深层的自由：免于自身世俗欲念的束缚、免于所有邪恶力量的诱惑、免于埋怨外界，甚至免于法律的约束；因为他的美德自然而然地从他的信仰流露出来，无须再给予任何要求。但是，这种自由人必须成为所有人的仆人，因为他若不去解救别人，像解救自己一样尽力的话，他就会感到不快乐。他借着信仰，和上帝联合；借着爱心，和他的邻人相连。每一位深具信心的基督徒便是教士。
马丁·路德正撰写这些历史性的论文时，埃克与阿莱安德正直接迎战宗教革命。在迈森、梅泽堡和勃兰登堡等地，他们成功地公布开除教籍的训谕。在纽伦堡，他们获致威利巴尔德和施本格勒的道歉。美因茨的阿尔布雷希特大主教对宗教改革的立场摇摆不定，经过一段时期以后，终将胡滕逐出教会，并将印刷胡滕书籍的人逮捕入狱。在因戈尔施塔特，马丁·路德的书籍被充公。在美因茨、卢万和科伦等地，马丁·路德的书籍被付之一炬。但是，在莱比锡、托尔高和德伯尔恩等地张贴的训谕，被丢弃和撕毁。在爱尔福特，有很多教授和教士联合起来，拒绝承认教皇的训谕；学生们把训谕的一些抄本丢入河里。最后，埃克在他获得成功之前一年，逃开了。
马丁·路德以一连串讽刺的小册子，公然抨击教皇的教令，其中之一还盛赞胡斯的教条（约1520年8月31日），他就像“一只小跳蚤居然敢对万王之王说话一样”，向国王恳请予以庇护。并于11月17日，向上自教皇下至教会的一个自由会议公布了一项正式的请求。他知道教皇的特使正烧毁他的著作后，决定以牙还牙。他邀请维滕堡“虔诚而热心的青年”，于12月10日上午在维滕堡的埃尔斯特（Elster）门外集合。在那里他亲手将教皇训谕掷入火中，同时也把一些教会规条和经院神学的书册，掷入火里。他以此举象征对教规、对阿奎那哲学及对罗马教会任何强制性权威力量的抗拒。这些学生很高兴地又收集了一些同类性质的书籍，一直让火焰继续燃烧到黄昏。
12月11日，马丁·路德宣布，除非放弃教皇的规令，否则没有一个人能够得救。这位教士甚至也将教皇开除教籍。
