1541年6月26日皮萨罗被残忍谋杀 Pizarro Is Brutally Murdered
弗朗西斯科·皮萨罗在利马的宫殿内遭到仇杀，促使西班牙对南美洲实施严密控制
1541年版画《弗朗西斯科·皮萨罗被反叛军队刺杀》，作者为西奥多·德·布里（1528—1598）
1541年6月26日，弗朗西斯科·皮萨罗在利马的宫殿遭到报复丧生。他杀死了两名袭击者，用剑刺穿了第三人，但他被刺中咽喉跌倒在地，又被连刺几刀。传说他用自己的血在地板上画出十字架，临终前向上帝求援。
弗朗西斯科·皮萨罗将印加帝国末代皇帝阿塔瓦尔帕囚禁在卡哈麦卡时，曾同后者进行长时间的友好谈话，了解了印加帝国的政治局势和派系纷争。精明的西班牙人在处决阿塔瓦尔帕后利用这一信息征服印加帝国，并发现有愿意帮助他的印加贵族。西班牙人拥有先进的武器，惯用诡计且手段残忍——皮萨罗及其手下认为为了向印加人传播基督教福音，这些是正当合理的必要手段——在帮助皮萨罗控制很多印加省份时起到关键作用。
皮萨罗夺取库斯科，扶植傀儡印加皇帝，并将利马设为总部。但他同得力部下迭戈·德·阿尔马格罗（Diego de Almagro）反目，后者于1537年占领库斯科。皮萨罗派他的三个兄弟赫尔南多、胡安和冈萨洛（Gonzalo）武力征服阿尔马格罗。1538年，阿尔马格罗在Las Salinas战败，赫尔南多·皮萨罗在库斯科的主要广场上将其处死。阿尔马格罗之子同名为迭戈，三年后率领部下冲入利马的宫殿杀死皮萨罗。
1542年，小阿尔马格罗被处决，西班牙政府开始更加严密的掌控其南美帝国。
