康斯坦丝在30岁时嫁给亨利，42岁生下其独子。因为害怕人们怀疑她的怀孕和婴孩的合法性，她在伊耶西市场立起一座帐篷，在众目睽睽下产下一个男孩，以后成为中世纪极盛时期最显赫的人物。在他的血脉中，混杂着意大利诺曼底王朝和日耳曼霍恩施陶芬王室的血液。
当他4岁时，在巴勒莫被加冕为西西里王（1198年）。其父前一年已死，其母在一年后而亡。她在遗嘱中恳求教皇英诺森三世负起对其子监护、教育及政治庇护之责，而酬之以一笔可观的金钱和西西里的摄政权，并重申其对西西里的宗主权。教皇欣然接受，并利用其职位结束了腓特烈的父亲所刚达成的西西里与日耳曼的结合。教皇有理由惧怕一个环绕着教皇国，并且实际上拘禁并支配着教皇国的帝国。英诺森三世教育腓特烈，却支持奥托四世取得日耳曼的宝座。腓特烈在不受重视中成长，有时甚至缺衣少食，巴勒莫一些具有怜悯心的公民常带些食物给这位无人照管的皇室遗孤。他可以在那些人种混杂的首都街道市场上自由游荡，随心所欲地结交朋友。他并没有接受系统的教育，但是以其敏锐的心智，从其所见所闻中学习，以致后人对其知识的精深博大深感惊讶。就是在那段时期，他学习了阿拉伯文、希腊文及犹太人的典故。他渐渐熟悉各种不同的种族、服饰、风俗、信仰，但是他从未完全失去自幼养成的忍耐习惯。他曾涉猎许多史籍，喜爱马和狩猎，成为一位善骑者和剑击家。他短小而强壮，有一张俊美而慈祥的面貌，蓄着长而卷的红发，精明、笃实、自负。12岁时，他解除了英诺森的摄政而接管政事。14岁时成年。十五岁娶阿拉贡的康斯坦丝，准备重新获取帝国的王位。
命运支持他，但他需要付出代价，奥托四世违反了尊重教皇国主权的协定。英诺森将他处以破门律，并令帝国的贵族和主教们选年轻受他监护的腓特烈为皇帝，认为他“少年老成”，英诺森虽然如此突然地转向腓特烈，却未违背保护教皇国的目的。他支持腓特烈的条件是，要求腓特烈承认西西里继续向教皇纳贡效忠（1212年），防卫教皇国的不可侵犯，并使两西西里——诺曼底人的南意大利与西西里岛——永远与帝国分离；要腓特烈住在日耳曼作皇帝，将西西里留给其尚在襁褓中的儿子亨利做西西里王，而由一位英诺森所指定的人摄政。尤有甚者，腓特烈必须限制自己，以维持在其领域内所有教士的权力，惩罚异端论者，并拿起十字架成为十字军。由于教皇资助其旅费和扈从，腓特烈进入了仍然由奥托的军队所占领的日耳曼。但奥托在布汶被“奥古斯都”菲利普打败，其抵御崩溃，腓特烈便于亚琛，在一次隆重的典礼中，被加冕为日耳曼皇帝（1215年）。在那里重申他的承诺，发动十字军。在早期得胜的狂热中，他赢得了许多亲王的推崇。有一段时期，他对日耳曼正像神所遣派的大卫王，从萨拉丁的继承者手中解救了大卫王的耶路撒冷。
但随即受到了拦阻。奥托的兄弟亨利，举兵罢黜腓特烈，新的教皇洪诺留三世，同意这位年轻皇帝保留其帝位。腓特烈制服了亨利，但同时被卷入帝国的政治之中。很明显，他久已渴念故国意大利，在他的性格中具有南欧人的血性和热情，而日耳曼人令他厌烦。在他56年的生命中，仅有8年留在日耳曼。他把大量的封建势力授予男爵们，并颁给一些城市自治特许状，并将日耳曼的政事付托给科隆的恩杰尔伯特大主教和能干的条顿武士领袖萨尔扎的赫曼。腓特烈看似疏忽怠慢，但日耳曼仍在其统治的35年中，安享繁荣与和平。男爵和主教对此很感满意。为博他欢心，他们加冕他七岁的儿子亨利为“罗马王”（King of the Romans），即皇位的继承人（1220年）。同时，腓特烈自命为亨利的西西里摄政，后者仍留在日耳曼。这违反了英诺森的计划，但英诺森此时已去世。而洪诺留只有屈服，甚至在罗马替腓特烈加冕，因为他急欲腓特烈立即着手解救在埃及的十字军。但意大利南部的贵族与在两西西里的穆斯林掀起了一场革命，腓特烈辩称必须在冒险久离之前先恢复意大利国土的秩序。此时（1222年），其妻去世。洪诺留希望激励他实现誓言，便说服他娶失守的耶路撒冷王国的女继承人伊萨贝拉，腓特烈应允（1225年），并把耶路撒冷王的称号加到西西里王和神圣罗马帝国皇帝身上。与伦巴底诸城市的纷争再次阻缓了他。1227年，严酷的格列高利九世升登教皇宝座。腓特烈正热切地准备建立一支强大舰队，在布林迪西招募了4万十字军。然而在其军队中流行了可怕的黑死病，死亡数以千计，而逃亡者更多，皇帝本人及其首席将领图林根的路易也受感染，但腓特烈仍下令出航。路易病逝，而腓特烈病情恶化。他的医生们和高僧们建议他返回意大利。他接受建议，在波朱奥利（Pouoli）求医。教皇格列高利已经不耐烦了，拒绝听腓特烈密使的解释，而向世界宣布处这位皇帝以破门律。
7个月后，仍未获赦，腓特烈航行到巴勒斯坦（1228年），获悉他到达叙利亚，格列高利解除了腓特烈及其子亨利的臣属们的效忠誓约，并开始协商罢黜皇帝的事。腓特烈认为这些行动不啻是宣战，命在意大利的摄政侵入教皇国，而格列高利也派遣一支军队侵入西西里岛以为报复。僧侣间谣传腓特烈已死，不久西西里大部和南意大利将会落在教皇手中。教皇的两位圣方济各修会的代表紧随腓特烈之后到达阿卡，禁止基督徒各阶层中的任何人服从这位被处以破门律者。而穆斯林统帅卡米勒惊异于发现一个懂阿拉伯文并欣赏阿拉伯文学、科学、哲学的欧洲统治者，故与腓特烈缔结颇为有利的和约，促成腓特烈进入耶路撒冷成为不流血的征服者。没有一位教士愿为他加冕成为耶路撒冷王，他只好在圣墓教堂自己为自己加冕。恺撒里亚的主教下令停止耶路撒冷和阿卡的教权，称该城市和神殿因腓特烈的到来而被亵渎。一些圣殿骑士，获悉腓特烈计划参观约旦河附近著名的基督受浸遗址，于是秘密致书卡米勒，建议这是苏丹俘虏这位皇帝的机会。这位穆斯林统帅送了一封信给腓特烈。为解除对耶路撒冷停止教权的禁令，皇帝在第三天离开前往阿卡。在那里，当他走向他的船时，基督徒用恶言辱骂他。
到达布林迪西后，腓特烈组织了一支临时的军队，而且挥军重占那些曾经向教皇投降的城市。教皇的军队溃逃，各城市则开城门投降。只有索拉（Sora）抵抗，并且在围攻时屹立不屈。它终于被占领并付之一炬。到了教皇国的国境，腓特烈停下来，并致教皇一项恳求议和的和约。教皇同意了，签订了一项《圣日耳曼条约》（Treaty of San Germano）。破门律之惩罚撤销了，腓特烈暂时获致和平。
