如果教士们过着一种规矩和虔敬的生活，那么教会也许还可以维持圣经和基督教传统所称的神的惩罚力量。然而大多数教士如同世俗人一样，对那个时代的道德观念不论好坏都接受。教区的教士仅是一个执行圣事的人，通常受教育不多，却过着足为他人楷模的生活，虽为知识分子所不看重，却为一般民众所欢迎。在主教和修道院院长中，有一些人过着奢华的生活，大多数则是善良的人；而半数红衣主教所过的虔敬生活，则足以使那些耽于尘世逸乐中的同僚感到惭愧。在整个意大利各处有不少教士主持的医院、孤儿院、学校、救济院、贷款所及其他慈善机构。各派戒律教士如圣本笃派，圣方济各修会中的严修派，加尔都西的修士，他们所过的高度道德生活更为人所敬佩。传教士们冒着诸多危险，在异教徒地区或对基督教国家中的异教徒宣扬上帝的福音。神秘主义者与当时混乱的尘世隔绝，寻求与上帝心灵上更密切的沟通。
在这种虔敬的表现中，教士生活腐化、行为不检的例证也不少。彼特拉克至死仍信仰基督教，而且对卡修西安派修士所表现的纪律和虔敬至为赞佩，却一再指责阿维尼翁教士们的道德腐化。从14世纪薄伽丘、15世纪马萨乔及16世纪玛泰奥·班狄洛诸人的小说中，可以看出意大利教士们放荡的生活一再成为意大利文学作品的主要题材。薄伽丘曾经谈到教士们淫荡污秽的生活。马萨乔描述僧侣与修士为“撒旦的使者”，耽于通奸、同性恋、贪财、买卖圣职、对上帝不敬，并声称军队里的道德水准比教士们还高。阿雷蒂诺熟知各种秽行，咒骂排版工人所犯的错误与教士们所犯的罪行一样多：“说真的，要发现罗马严肃与贞洁还比找一本正确的书容易得多。”波焦几乎用尽了所有诅咒的词句来揭露教士们的败德、虚伪、贪婪、无知与傲慢，而吉罗拉莫作的《奥兰多之恋》一所叙也一样。修女也公然参与狂欢作乐，她们在威尼斯尤为活跃，该地的修道院与女修院邻近，修道士与修女常共睡一床。《教堂僧侣概略》（Proveditori Sopra Monasteri）中就存有20巨册关于僧侣与修女同居的审判记录。阿雷蒂诺所谈到威尼斯修女的淫荡情形不便引述。而一向态度平和如圭恰尔迪尼在谈到罗马教廷时也难以心平气和了，他说：“论到罗马教廷，用再严厉的言词皆不足以说明其罪恶，因为它是一个可耻的象征，是世界上最卑鄙无耻者的表率。”
这些证言似乎有点夸张，也可能含有个人的偏见。但是不妨也听听锡耶纳的圣凯瑟琳所说的一段话：
不论你转向哪一边，转向教士、主教这类入世教士也好，转向各种修会教士团体也好，转向阶层较高的教士也好，所看到的只是一片罪恶，这些人所犯的恶行，令人为之掩鼻。他们心胸狭窄，贪婪，爱财……不关心灵魂是否得救……只重口欲的享受，耽于宴饮，从事秽行，贪好女色……逃避参加崇拜仪式就如同逃避毒药一样。
我们仍不能对上面所说的全部予以置信，因为没有一位圣人在谈及人类行为时，不含愤恨之情的。但我们也许可以接受一位坦率的天主教历史学家所作的总结：
当最高阶层的教士也处于这种状态时，正规修会中和入世教职人员中，各种恶习和超乎常轨的事日益普遍，社会的中坚分子日益失去兴趣……由于这些教士的行为，才引起伊拉斯谟及马丁·路德对教士们的行为多少有点夸张的描述，这两个人在教皇尤利乌斯二世在位期间到过罗马。但如果认为教士们的腐化情形在罗马要比在别处更甚，也是错误的。在整个意大利半岛，几乎每个城市都有典籍记载教士们各种不道德的行为。在许多地方，如威尼斯，情形要比在罗马更糟。难怪，就如那个时代的作家证明的，教士们的影响力衰退了，也难怪在许多地方供教职的人不再受到尊敬了。道德堕落如此之甚，于是有人开始主张教士们可以结婚。许多修道院的情况更是可叹。有些修女院里，安贫、贞洁、服从三个基本誓条几乎完全被弃置不顾了。许多修女院的纪律同样松弛了。
除了教士们生活淫逸奢华外，更不可饶恕的是宗教裁判所的活动。这些活动到了15世纪才在意大利减少。1440年，数学家兰迪因主张《唯物论》而受到审判，后来被判无罪。1478年，加列托·马奇奥（Galeotto Marcio）因主张一个人不论他所信奉的宗教为何，只要心地善良必得升天堂而被判处死刑，后来被教皇西克斯图斯四世赦免了。1497年，医生萨洛认为耶稣不是神，只是玛利亚和约瑟夫的儿子，他的身体也不是圣体，他所行的奇迹不是借神的力量而是由于星辰的影响。由于他的病人们的保护，他得以免受宗教裁判所的审判。1500年，诺瓦拉的乔治在博洛尼亚被活活烧死，因为他否认耶稣基督的神性而又没有有力的朋友可以挽救他。同一年，亚伦达（Aranda）的主教宣称天堂地狱之说是无稽之谈，而赎罪券也只是一种敛财的手段，不过他并未受到惩罚。1510年，信奉天主教的斐迪南想把宗教裁判所的活动带到那不勒斯，遭到各个阶层人民的坚决反对，最后不得不放弃这一企图。
就在教会的腐化中，也有几个有益的改革中心。教皇庇护二世把一位多米尼克修会的会长免职了，重整威尼斯、布雷西亚、佛罗伦萨、锡耶纳等地修道院松弛的纪律。1517年，萨多莱托、吉贝尔蒂、卡拉法及其他教会人士创立了“圣爱祈祷所”（Oratory of Divine Love），使那些想逃离尘世逸乐的虔诚人士得以有一个清静修身之所。1523年，卡拉法组织了提泰教团（Order of Theatines），在里面的入世教士必须遵行修道誓愿——安贫、贞洁、服从三个条件。卡拉法红衣主教捐出了所有圣俸，并把他的财富分配给穷人，另一个提泰教团的创立者圣加塔诺（St.Gaetano）也是如此。这些献身者之中不乏出身贵胄或富豪之家者，而竟能坚守自我限制的规则及无畏死亡的威胁，拜访瘟疫地区的灾民，曾使罗马教会大为惊奇。1533年，圣扎卡里亚在米兰成立了一个类似的教士团体，最初称为“圣保罗修士团”（Regular Clerics of St.Paul），但不久即从圣巴拿巴（St.Barnabas，保罗第一次外出传教的同伴）教堂变成闻名的巴拿巴教团（Barnabites）。卡拉法为威尼斯的教士起草了一个改革计划，吉贝尔蒂也在维罗纳从事类似的改革。埃吉迪奥·卡尼西欧（Egidio Canisio）改革了奥古斯丁隐士团（Augustinian Eremites），科提斯（Gregorio Cortese）则对帕多瓦的圣本笃教团加以改良。
这一时期对改革修道院所做的杰出努力，成为后来圣方济各修会的基础。一位在蒙特法科的圣方济各修会的修道士巴斯（Matteo di Bassi）认为他在冥冥之中看到圣方济各，而且听他说道：“我希望你们严格遵守我的教规。”因为圣方济各曾戴过尖尖的四角帽，所以用那个作为此派修士所戴的头巾。1528年，他到罗马取得教皇克莱门特七世的允许，成立了一个圣方济各修会新支派，以戴头巾和严守圣方济各的最后戒律而闻名。他们穿着最粗糙的衣服，终年赤脚，以面包、蔬菜、水果及水为生，严格守斋，住在木头和泥土做成的茅舍窄室中，徒步旅行。虽然这类新教团数目不多，却树立了一个榜样，促成16世纪和17世纪各修道院和乞丐教士团体的普遍自我改革运动。
