如果我们以宽容政治家的风度来看待他们，那么宗教改革时期的教皇（也许只有一位例外）都是善良的人。虽然不完全是无私或无罪的，但本质上是庄重的、人道的、睿智的，真正相信教会这个组织对于欧洲人来说，不仅与个人成就，而且与道德的健全和心智的和平有着不可分离的关系。假如一个人不愿意因为贵族的贪心和官吏的贪婪而推翻民众的政府，那么是否更不愿意倾覆那千年以来，用宗教、教育、文学、哲学和艺术滋育欧洲文明，作为文明之母的教会呢？假如已经发现某些教条有助于提高道德与秩序——而对于历史学家或哲学家来说似乎是难以消化的——是否新教徒倡议的教义就更合乎理性或更可信赖，而有足够的理由使欧洲在歧异点上天翻地覆？在任何例证中，宗教信条并不是由少数人的推理，而是由大多数人的需要而决定的。它们由一种信仰之心，使普通人能被塑造成有充足纪律的和自我控制的人，使社会和文明成为可能。假使那种信仰心粉碎了，另一个还会建立起来，然而也许要经过几个世纪道德和心理上的混乱。因为改革者与罗马教会岂不是都同意，道德典范除非由宗教信仰支持，否则将失去效用？对于知识分子来说，是否他们在新教王公下比在天主教教皇下生活得更自由、更快乐？艺术不是在教会的领导下绽放了吗？不是在改革者的敌意下枯萎了吗？有什么迫切的理由要将基督教王国缩小到无可计数的小宗派，互相诋毁、互相抵消，使单个的人失去抵抗的本能？
我们不确定是否这些就是宗教改革时教皇们的感觉，因为活跃的领袖很少发表他们的哲学。但我们可以这样想象利奥十世（1513—1521年）的心情——他被征召去享有教皇权时，发现教皇的权位已经动摇得很厉害了。他同我们一样——有罪恶感而且也会犯错误，但总是可以原谅的。总体来说，他是最仁慈的人，供给罗马半数诗人的粮食；然而他把布雷西亚的异教徒置于死地，并企图相信分歧的观念可以自人类消失。利奥误以为宗教改革是涉世未深的教士之间无礼的争执；然而，1517年初，他刚担任教皇时，皮科在教皇和红衣主教面前发表精彩的演说，“以最暴露黑暗的手法描绘腐败深入教会”，并预言“若利奥……拒绝去医治创伤的话，他应惧怕上帝不再使用慢性治疗，而将以火和刀斩断并摧毁有病的肢体”。不顾这种警告，利奥为了保护教皇国，专心致力于在法国和最高权威之间维持平衡；有一位天主教历史学家说：“他从不考虑那已成为必要的大规模的改革……罗马的教廷保持着和以前一样的凡俗。”
阿德里安六世的失败是改革可以由外来的一击而发生的最佳证明。坦白地承认滥权而想由高层开始改革，阿德里安被罗马人讥讽和辱骂，认为他威胁了来自阿尔卑斯山以北的金子的供应，经过两年不明智的争辩，阿德里安抑郁而死。
累积起来的风暴爆发在克莱门特七世（1523—1534年）的头上。在智识和道德上他是最好的教皇之一，悲天悯人、慷慨，卫护被追捕的犹太人，没有性或财政上的放任，终其多灾多难的一生，鉴赏、钟爱、维护意大利的文学和艺术。也许他受了太好的教育不能成为好的行政官。他的优柔智识足够敏锐地察知每一次危机的根源，他的学识削弱了他的勇气，他的寡断使权力分化。我们不能对一个如此有心的人不表同情。他亲眼看到罗马被劫掠，而自己被暴徒和一位皇帝囚禁；他被阻止而不得与亨利八世达成和解，他必须在失去亨利（英格兰）或查理（德意志）之间做出选择。他抗议法国与土耳其人联合时，那个最基督化的国王告诉他，假如教皇再抗议，法国将由教皇国分裂。从来没有一位教皇身在圣职而过得如此艰辛。
他的错误造成大灾难。他误估了查理的性格与力量而招致罗马之劫时，他带给教皇权威的打击使法国北部放弃了对罗马的效忠。他加冕那个允许那次攻击的人时，他甚至丧失了在天主教王国里的尊崇。他之所以屈服于查理，部分原因是缺乏抗拒的物质力量，部分是因为害怕反叛的国王会召开一个俗人和僧侣的大会，将夺取教会和世俗的权柄，这将会使教廷屈服于猖獗的国家，也因为国王可能骂他为杂种。假如他具有他叔叔洛伦佐·美第奇于1479年在那不勒斯表现的勇气，克莱门特可能会采取主动并召集会议，而在他的放任的领导之下可能改造教会的道德与教义，并拯救西方基督王国。
他的继承者最初看似拥有智识与性格的所有条件，生在富有而有教养的家庭，由彭波纽斯·莱图斯（Pomponius Laetus）教以古典文艺，在佛罗伦萨的美第奇家族中长成为一个人文主义者，受到教皇的宠幸，25岁即被任命为红衣主教，在艰难的外交使命中证明他的勇气，而在红衣主教团中居于毫无疑问的优势地位，1534年全票当选为教皇。亚历山德罗·法内斯（Alessandro Farnese），即保罗三世，被公认为在基督教世界中是适当的人居于适当的高位。他拥有的尊荣并不因为他在被任命圣职（1519年）前生了4个小孩而略有挫折。然而他的性格如同他的经历，表现出不定与矛盾，他就像一根破败的石柱，介于他爱好的文艺复兴和他不能了解或原谅的宗教改革之间。单弱的身板，在15年的政治和内政风暴中生存下来。具有他那个时代所有的智识，他依赖占星家来决定言行，甚至决定一次觐见的最有利的时间。他有强烈的感情，虽有时被激而发怒，他的自我控制是有名的。切利尼曾被他囚禁，形容他是一个“对上帝没有信心或身无一物之人”。这似乎是很极端，但保罗确实对他自己有信心，直到最后几年，他子孙的行为削弱了他生存的意志。他因所犯的罪过而受到处罚；他恢复了偏袒亲戚之风，把皮亚琴察和帕尔马给了他的儿子皮耶路易吉，把卡梅里诺给了他的孙子奥塔维奥，授红帽给他14岁和15岁的侄子，擢拔他们而不顾他们狼藉的声名。他有个性而无道德，有知识而无智慧。
他认可由改革者引导出对教会批评的合理，而若非教会的修正是妥协的唯一阻力，他可能已终止了改革。1535年，他派遣韦尔基里奥探测新教领袖对参加一次大会的态度，但他不保证在已界定的信仰或在教皇的权威上做任何基本的改变。韦尔基里奥由德意志带回来的是坏消息，他报告说那里的天主教徒怀疑教皇对召开会议的诚意，而斐迪南大公抱怨说他找不到一个听告解的神父而同时不是一个通奸者、醉汉或是无知的人。保罗在1536年又试了一次，他任命彼得·沃斯特（Peter van der Vorst）与路德派安排有关会议的条件，他受拒于萨克森选帝侯，一无所成。最后保罗以教会累积的努力与他的批评者达成一项和解：他派孔塔里尼红衣主教参加累根斯堡的会议，他毫无疑问对天主教改革运动是有诚意的。
我们无法抑制对这位老迈的红衣主教的同情，他在1541年勇敢地迎着亚平宁山和阿尔卑斯山2月和3月的寒雪，致力于宗教和平而荣耀一生。每一个累根斯堡人对他的朴实、单纯和善意印象深刻。他以圣者的耐心周旋于天主教的埃克、普夫卢格和格罗珀及新教的梅兰希顿、布塞尔和皮斯托里乌斯之间，在原罪、自由意志、受洗、坚信和宗派方面达成协议。5月3日，孔塔里尼愉快地写信给法内斯红衣主教：“感谢上帝！昨天天主教徒的神学家们在释罪方面达成了协议。”但在圣餐方面未发现可接受的妥协。新教徒不承认一位教士能够把面包和酒变为基督的身体和血液，而天主教徒感觉若放弃变体之说即放弃了弥撒和罗马礼仪的真正内涵。孔塔里尼回到罗马时已被失败和悲哀弄得疲惫不堪，并被一位保守的正统信仰者红衣主教卡拉法烙以路德派之名。保罗不清楚自己是否能够接受孔塔里尼签订的规则；然而他给予孔塔里尼友善的欢迎，并任命他为波隆那的罗马使节。在抵达该处5个月之后，孔塔里尼死去了。
宗教政治变得更加混乱而迷惑。保罗想到如果新教能与教会妥协，则将给查理五世以如此团结与平静的德意志，皇帝可能把箭头自由地转向南面并联合其北面和南部意大利地区，结束教皇们世俗的权力。弗朗索瓦一世同样害怕德意志的和解，指责孔塔里尼羞耻地向异端投降，并保证全力支持教皇，若教皇愿意坚定地拒绝与路德派和解——弗朗索瓦向他寻求联盟。保罗似乎已经决定了，即宗教的谅解可能招致政治上的毁灭。1538年，以聪明的外交手法，他将查理和弗朗索瓦联合在尼斯签订停止敌对的协定。查理在西面安全了之后，保罗促使查理向路德派进攻，查理在接近胜利时（1546年），保罗收回了曾给予他的教皇的领域，因为他害怕一个没有新教徒问题的国家，会企图征服全意大利。教皇暂时变成了新教徒，并视路德主义为教皇国的保护者——如同苏里曼曾经是路德主义的保护者一样。同时他的另一面盾牌反对查理——弗朗索瓦一世联合土耳其人，他们几次威胁进攻意大利和罗马。对于一个受困扰和被包围的教皇，他的一些犹豫是可以被原谅的，他仅有一小部分军队，被一种仅有弱者才珍视的信仰保护着。据说查理得知保罗正向法国求助时，这位皇帝如此说道：教皇在老年得了一种传染病，那通常是年轻人才得的法国病。
保罗没能停止新教，也没造成任何重大的改革，但他使教皇权力复生并恢复了他的伟大与影响力。他到最后一直都是一位文艺复兴教皇。他鼓励并资助米开朗基罗和其他艺术家，他以新建筑美化了罗马，以萨拉·雷吉亚（Sala Regia）和卡佩拉·保利纳（Cappella Paolina）美化梵蒂冈，参加盛大的宴会，欢迎淑女们到他那一桌，在他的宫廷中接见音乐家、滑稽演员、女伶和舞蹈家；甚至他80多岁时，这位法内斯也不是个扫兴的人，提香以一系列逼真传神的绘像把他留传给我们。最好的一幅（藏在那不勒斯博物馆）表现出这位75岁高龄的教皇仍然健壮，他脸上的皱纹映着国家与家庭的问题，但他的脑筋没有向时间低头。3年后，提香绘了一幅预言性的画像（也在那不勒斯），记录了保罗和他的侄子奥塔维奥和亚历山德罗：教皇，弓着身子，焦虑，似乎怀疑地询问奥塔维奥。1547年，保罗的儿子皮耶路易吉被暗杀；1548年，奥塔维奥反抗了他的父亲，并与保罗的敌人缔结协定使帕尔马成为帝国的采邑，这位老教皇被他的孩子们击败，向死亡投降了。
尤里乌斯三世取错了名字，他本身并没有尤里乌斯二世具有的男子气概、权势和伟大的目标。然而，他宁可恢复利奥十世的捷径，奢侈地享受着教皇权，如同改革已随路德之死而去。他狩猎、维持宫中弄臣、豪赌，钟爱斗牛，把照顾他的猴子的一个仆从提升为红衣主教，给罗马带来文艺复兴时异教艺术新道德的最后尝试。在波尔塔·德罗·波波洛（Porta del Popolo）之外，他有维尼奥拉，而其他的人为他建造了美丽的维拉·帕帕·朱利奥（Villa di Papa Giulio，1553年），并使之成为艺术家、诗人和宴会的中心。他平和地适应查理五世的政策。他不合时宜地患了痛风，试图以斋戒治疗；这位美食主义者似乎死于饮食的节制，或如有人所说死于放荡。
教皇马尔塞鲁斯二世几乎是一位圣者，他的道德生活无懈可击，他的虔敬是深厚的，他的起用人员可为后人模范，他为教会改革的努力是真诚的。但他死于任职后第22天（1555年5月5日）。
接着，红衣主教们选出了教会中改革运动的灵魂和代表人物，禁欲的乔万尼·彼得罗·卡拉法为教皇，并取了保罗四世之名（1555—1559年）。已经79岁的他，固执己见，并以坚定的意志和热烈的情绪执行。这几乎是不适合他的年纪的，一位佛罗伦萨的大使写道：“这位教皇是一个铁人，他走过的每个石头都会迸出火花。”他出生在贝内文托附近，在他的血液中带着南意大利人的热情，而火焰似乎永远在他深邃的眼中燃烧，他有如同火山般的脾气，而只有西班牙大使，受到阿尔瓦军团的支持，敢于同他意见相左。保罗四世憎恨西班牙曾统治过意大利，如同尤里乌斯和利奥十世曾梦想驱逐法国人，这位精力充沛的80岁老人的第一个目标是将意大利教皇国由西班牙帝国的统治下解放。他谴责查理五世为一个秘密的无神论者，是一个疯母亲的狂儿子，是一个“身心俱残”的人，他给西班牙人民烙以闪族的废渣之恶名，并发誓永不承认菲利普为米兰的总督。1555年12月，他与法国的亨利二世和费拉拉的埃尔科莱二世缔结将所有西班牙或帝国的武力逐出意大利的和约，若胜利，教皇国将可获得锡耶那，法国人可以得米兰并保有那不勒斯为教皇的采邑；而查理和斐迪南将因为在奥格斯堡接受了新教的条件，被解除职位。
菲利普二世这位最热心支持罗马教会者，发现自己不得不与教皇权交战。他勉强地命令阿尔瓦公爵率领他的那不勒斯军队到教皇国，在数星期之内，这位公爵连同1万名熟练的部队，推翻了教皇弱小的力量，占了一城又一城，劫掠了阿纳尼，攫夺了奥斯蒂亚，威胁了罗马（1556年11月）。保罗批准了法国和土耳其间的条约，而他的大臣卡尔罗·卡拉法红衣主教呼吁苏里曼攻击那不勒斯和西西里。亨利二世派遣了一支由吉斯率领的军队进入意大利。它征服了奥斯蒂亚使教皇欢欣，但法国在圣昆丁的战败迫使吉斯带着他的部下匆匆回到法国，而阿尔瓦在没有抵抗下，行进到罗马城下。罗马人发出恐惧的呻吟，希望他们那鲁莽的教皇死不安枕。保罗看到这进一步的敌对可能重蹈恐怖的罗马之劫的覆辙，甚至可能迫使西班牙脱离罗马教会。1557年9月12日，他与阿尔瓦签订和约，后者提供宽大的条件，对他的胜利表示歉意，而且吻了这位被征服的教皇的脚趾。所有夺取到的教皇土地都归还了，但西班牙统治那不勒斯、米兰和支配教皇权柄被肯定了。王权战胜教皇权如此彻底，因而斐迪南由查理五世（1558年）取得帝国头衔时，他被选帝侯们加冕，没有教皇的代表被允许参加典礼的任何部分。这终止了教皇加冕神圣罗马帝国皇帝的仪式。
不管是否愿意解除战争的重担，保罗四世在他教皇的剩余任期内，致力于宗教和道德的改革。他慢慢地解除了放纵的秘书卡尔罗·卡拉法红衣主教的职务，并放逐他两个辱及其教皇职位的侄子。一世纪以来盛行的偏袒亲戚之风终于被逐出了梵蒂冈。
