以发现与惩治异端为目的的西班牙宗教裁判所（Inquisition）或宗教法庭（Holy Office）的建立，成为斐迪南和伊莎贝拉辉煌统治投下的一个阴影。它早期的主要受害者是犹太人。伴随着宗教法庭的庄严宣判产生了被称为会审判决仪式（Auto-da-fé）或信仰判决（Act of Faith）的公开仪式。仪式在某个教堂或广场举行，那些判处死刑的人将于次日在城墙之外被处以火刑，尤其是因为这一最终处决，“会审判决仪式”一词才开始被广泛应用。
宗教裁判所确保了西班牙宗教信仰的统一，但只通过压制思想自由的方式，便削弱了西班牙人民的力量与活力。任何充满希望和活力的事物都难逃枯萎与凋零或被逐的命运。1492年犹太人被驱逐出境，据估计有二三十万人被迫背井离乡到其他国家寻求庇护。
