清教徒的胜利涉及一项宗教革命。英格兰教会于1643年因废止主教制度而被破坏。新教徒中的长老会派——其聚会由听命于总会的地区宗教会议（episcopacy）管辖的牧师主持——曾于1646年被定为正式国教，但两年后，普赖德派把长老会派从国会中整肃出去时，长老会的独占优势就结束了。有一段时期宗教似乎不受政府管制或津贴。但克伦威尔（他竟与被他杀害的英王几乎事事意见相同）认为由国会资助的教会是教育和道德上不可或缺的。1654年，他任命一个“甄试委员会”（Commission of Triers）以试验教士们是否合于接受圣职和薪俸，只有独立派（清教徒）、浸信会派、长老会派合于规定。每个教区皆可在有组织的长老会形式和聚会形式（每一聚会皆自行管理主持）中做一选择。清教徒采纳聚会形式，在苏格兰颇为盛行的长老会制度，在英格兰却大部局限在伦敦和兰开夏（Lancashire）。一度大权在握的国教会牧师却被逐出教区，只能和天主教神父一样，在秘密场合向信徒传教。伊夫林因参加国教会礼拜而被捕。天主教依然非法。1650年和1654年，各有一位神父因“诱惑人民”而被处以绞刑；1657年，清教徒国会在克伦威尔的同意下，通过一项法案，依其规定，凡年满16岁而尚未否认其天主教信仰者，其财产的2/3充公。1650年，宗教和社会阶层的衡量相近：穷人倾向不同于国教的各派——浸信会、教友派、第五王政派、天主教等，中产阶级绝大多数是清教徒，贵族和大部分士绅（未有爵衔的地主）则皈依被解散的英国国教会。
不宽容的态度并非放松，反而倒转了。现在不再是国教会压迫天主教，反过来从前一再大声疾呼要求宽容的清教徒，得胜之后却压迫天主教徒。他们严禁使用《公共祈祷书》（Book of Common Prayer），即使在私宅也不许。清教徒国会限制对接受三位一体说、改革论、圣经为上帝圣道及拒绝主教的英国人予以宽容。苏塞纳斯派教徒或唯一神派教徒因此也在不宽容之列。法令规定批评加尔文教派的教义或仪式者，应受严厉制裁。克伦威尔比他的国会较为宽大慈悲。他默许若干国教会仪式，也允许一小批犹太人定居于伦敦，甚至可以建筑一所犹太教教堂。两个再洗礼拜教徒诋毁他是“启示录之兽”（the Beast of the Apocalypse），他竟耐心地容忍他们。他利用其影响力纠正法国对境内胡格诺派教徒及皮德蒙特对境内韦尔多教派的压迫，但法国首相马扎然请他在英格兰宽容天主教徒时，克伦威尔却把他无法控制清教徒的狂热当作借口。
清教徒日常生活中巨细靡遗无不受宗教信仰的影响，这种情形或许只有犹太人差可比拟。事实上，清教徒信仰除了基督的神性这一点外，也和犹太教教义几乎处处相同。他们鼓励识字习文，以便人人能诵读《圣经》。《旧约》特别受重视，因为它提供一种宗教主宰的模范社会。生命的主要事业是逃避地狱的炼火，魔鬼真正存在，而且无所不在，只有上帝的慈悲才能使少数选民获救。《圣经》上的字句和比喻深入清教徒的日常言辞中，上帝和基督（但绝不会是玛利亚）的思想和观点，使他们心灵愉悦和畏惧。他们的衣物平实、俭朴，他们的言辞严肃、缓慢。他们也期望戒绝一切亵渎神圣的娱乐和感官上的享乐。1642年，因战争爆发而关闭的剧院，直到1656年还因为清教徒的责难而大门紧闭。赛马、斗鸡、角力、蓄熊、玩牛皆受禁止，为了确使伦敦的熊不再被人逗弄作乐，清教徒的纽森上校（Colonel Newson）竟把它们全杀了。所有的五月柱（mayploe）都拆倒。美女受嫌弃。女人只有贤妻良母才能受到尊敬，否则她们会被清教徒视为荡妇而声名狼藉，被认为是男性不能进入天堂的原因。除了圣诗，音乐不受欢迎。教堂中的艺术全都摧毁，除了库珀（Samuel Cooper）和荷兰画家莱利的一些精美肖像外，别无其他作品。
清教徒企图制定的道德律法，可能是自摩西律法以来最彻底的。民事婚礼（非举行宗教仪式，而由政府官员证婚的婚姻）被承认有效，也准许离婚，但通奸可处以极刑，不过有两人因通奸罪被斩首后，再没有陪审团判此为有罪。立誓要受罚款，按照阶级递增办法处罚。他们规定公爵的罚款为男爵的2倍、为乡绅的3倍、为平民的10倍，有个人诅咒说“上帝是我的见证人”，也被罚款。每星期三人人都必须斋戒不吃肉，即使凑巧遇上圣诞节也不例外，而且士兵有权进入民宅检查是否遵守斋戒。星期日商店不许开门营业，当天也不许运动、竞赛，不准做世俗工作，若非必要也不得出门远行，甚至当天还严禁“无效用且冒渎上帝的散步”。
许多清教徒法律禁忌和社会禁忌，显示出对人类天性过于严格。据说，克伦威尔时代，大部分人民变成伪君子，和平常一样犯罪，追逐金钱、女色、权力，可是表面上道貌岸然，老是拉长脸孔、鼻子咻咻作响，装腔作势，嘴里猛念宗教用语。然而，大部分清教徒还是以虔诚、勇气，坚信《福音书》。我们应该看到2000名清教徒传道士在王政复辟之下，宁肯赤贫潦倒，而不放弃其理想原则。清教徒制度固然使人心智狭隘，却增强了意志和品格，它使英国人有自治能力。如果说整个国家因为畏惧地狱和清教徒的敕令而阴暗无光，平民的家庭生活却获得秩序和纯洁，而且在查理二世统治时上层阶级虽然道德沦丧，平民的这份纯洁仍保存下来。最可贵的是，清教徒政府的影响可能使得道德优美醇厚——18世纪时循道宗（Methodism）又予以革新和加强——或许英国民族今天道德水准比较高，也要归功于他们。
