克伦威尔凯旋回到伦敦。目睹许多被召集来欢迎他凯归的群众，他有感而发地说，有朝一日恐怕也会有这么多的群众召来看他被处以绞刑。残余国会授予他每年4000镑津贴，把过去的皇家宫殿汉普顿宫赐给他。国会相信他会因留任统帅之职而满足。他提议举行新的选举，把议员增加到400人，但现任议员无须改选就可连任，而且有权决定：须具备何种条件才能享有选举权及选票是否有效。他为了使自己不受批评，严格限制传道和出版的自由。他规定：“不得借传道自由为名而破坏和平及政府的荣誉。”英国国教会的传教士被剥夺工作。虔信天主教者，其财产的2/3被没收充公。告发一个天主教神父，可获奖金。
克伦威尔虽然很慢才下定决心，但他一旦下定决心后，就勇往直前。他耐心地忍受国会内冗长烦琐的辩论造成的政策举棋不定和行政迟滞不前；他同意查理一世的见解，认为行政权应该不受立法权牵制。他开始考虑：如果自己成为国王，是否可能不利？1652年12月，他把这个念头向好友怀特洛克（Whitelocke）暗示，孰料两人因此决裂。1653年4月20日上午，克伦威尔获悉残余国会即将通过使其无须改选就可以成为新国会的主宰，他立即召集了一小队士兵，驻扎在平民院门口，然后由哈里森少将陪同入内，阴郁地默默聆听了一阵子辩论。问题就要付诸表决时，他起身发言，起先语调还温和平静，旋即暴躁盛怒。他斥责残余国会是自封的终身寡头统治，不配统治英格兰。他咆哮：“酒徒！”，暗指某位议员。他又厉声指责另一位议员是“妓院老板”。“你们根本不是国会！我说你们根本不配称为国会！我要勒令你们下台！”他转身回顾哈里森，下令：“叫他们进来！叫他们进来！”他的士兵于是开进议事厅，克伦威尔命令他们清理大厅，把议员们驱逐出去。他们大声抗议：“这是卑鄙行径！”空屋上锁，翌日发现大门上钉着一块告示牌：“吉屋出租，自备家具。”克伦威尔又由两位将领陪同，闯进国务委员会正在开会的会议室，告诉他们说：“如果你们是以私人身份在此开会，将不受打扰。但若以国务委员会的名义开会，你们就不许在此逗留……请各位注意，国会已经解散了。”从1640年以来长期在威斯敏斯特开会，改变了英格兰宪法与政府的长期国会（全体出席议事时以此为名，后来经过大整肃，演变成残余国会），就这样寿终正寝。于是，英格兰已无宪法，仅有一支军队和一位不具有真正头衔的国王。
一般而言，人民很高兴如此处置这个把英格兰动摇到无政府状态边缘的国会。据克伦威尔说，“从来没有这么多只犬吠叫庆祝……对它的解散，也没有任何形诸于色的不满”。虔诚的清教徒认为，解散国会是为“第五王政”（the Fifth Monarchy）——基督复临统治的来临清出道路。保皇派心中默念，互相耳语，传言克伦威尔现在要奉迎查理二世回国，自己只要能受封统治个大公国或当爱尔兰总督就满意了。但克伦威尔不是肯坐着听任摆布的人。他训令其军事助理选出140人，组成“敕命国会”（Nominated Parliament）。这140名议员主要选自英格兰各清教徒聚会所，其中5人是苏格兰人、6人是爱尔兰人。1653年7月4日，敕命国会于白厅（Whitehall）集会时，克伦威尔承认它是由军方所选，但他为它欢呼，认为它是以耶稣基督为元首的真正圣贤政府的开始，而且建议授予它最高权力及起草新宪法的任务。敕命国会在这项任务下，挣扎奋斗了5个月之久，却在长久争辩中纠缠不清，并在宗教信仰与宽容的问题上无可避免地发生分裂。
军方对这些人，与4月被他们驱逐的那批人一样，大为厌烦。军官们扮演着安东尼的角色，建议克伦威尔自立为王；这个“恺撒”婉拒此议。但80个议员在军方授意下，于12月12日向克伦威尔宣布这个新议会无法获致协议，而已投票决定自行解散。军方领袖准备好一份《治理纲要书》（Instrument of Government），建议以克伦威尔为“英格兰、苏格兰及爱尔兰共和政体护国主”；由具有财产资格条件的选民选出一个新国会，保皇派和天主教徒不得参加；由8名文官和7名军官组成一个国务委员会，执掌行政大权，这些国务委员膺选后即为终身制，担任护国主和国会的顾问。克伦威尔接受了，而且签署这份“空前绝后的英国成文宪法”，于1653年12月16日宣誓就任护国主。共和政体结束，而护国主政府开始——两者都以克伦威尔为主角。
很显然，他嗜好权力，这是一种共同的嗜好，也是一种最自然的欲望。他曾经考虑自立为王及建立一个新的王室世系，使子孙世袭罔替。他似乎曾经诚心地把大权奉交给敕命国会，但它的无能使他相信，若要避免紊乱，他非要掌握行政大权不可；如果他倒掉，似乎没有一个人能够获得足够的支持来发号施令、维持秩序。军中的激进分子谴责护国主政府只不过是另一种君主专制政府，换汤不换药；他们攻讦克伦威尔是“一个虚伪、做假证的恶棍”，恐吓他会“比过去的暴君还不得好报应”。这些乱党被送进伦敦塔禁锢，率兵驱散残余国会的哈里森少将也锒铛入狱。克伦威尔为他自己的安全担心，这使他日益走上专制统治，因为他知道全国有一半人乐于目睹他被刺殒命。和其他统治者一样，他觉得需要在周遭营造一种令人敬畏的显赫与庄严；他迁进白厅（1654年），豪华奢侈地重新修缮，并采用皇家朝仪。这种种表现无疑是要令各国大使印象深刻，令老百姓敬畏。
在私底下，他不是趾高气扬的人，生活俭朴，事母至孝，热爱妻子儿女。他母亲钟爱他，时时为他担心，每次听到毛瑟枪一响，就怕爱儿发生事故。93岁临死之际（1654年），她说：“爱儿，我为你祈福！”他本人还在50多岁盛年就衰老得很快；危机四伏，接踵而至，他钢铁般的意志也动摇了；在爱尔兰和苏格兰的征战生活，使他痛风大增；每天都在烦恼焦躁中度过。莱利（Lely）于1650年为他绘制一幅著名的肖像。人人都晓得，克伦威尔警告这位画家说：“莱利先生，我希望你以生花妙笔忠实地为我绘像，要像我，可不要阿谀我；要绘出所有的粗鲁、粉刺、赘疣及一切。否则我可不付分文给你。”莱利领了赏。他仔细地描绘这幅“护国主”画像，不仅如此，他还恰到好处地掌握住克伦威尔坚毅的脸型、个人的意志及濒于崩溃的神经质神情。
克伦威尔平常衣着晦暗、简单——只是一套简朴的黑袍，他因此颇受讥评。但在正式场合，他穿上一件绣金线的袍子。在公众前，他保持一种朴实的庄严；在私底下，他沉迷于玩乐和笑话，甚至是讽刺实事的笑话和日常生活的戏谑。他雅好音乐，风琴奏得很好。他对宗教的虔诚显然颇为诚挚，但他引用太多次“主”的名字（并非冒渎）来支持他的目的，使许多人指责他虚伪不诚。或许他在公开场合的虔诚，有些矫揉造作的虚伪成分在内，不过凡是认识他的人都承认他在私底下的虔诚绝少伪装。他的信函和演讲半是说教传道，而且他也太仰仗上帝。他的私德固然无可疵议，他的公德并不比其他统治者高明；如果他认为其主要目标有需要，则不惜使用诡计和武力。还没有人认为基督教精神与政府能混同一致。
就技术上说，他并未专制。依循《治理纲要书》成立了国务委员会，并选出国会。尽管护国主和军方努力要使顺服的代表回任，但于1654年9月3日集会的平民院中，有若干难缠的共和派，甚至还有一些保皇派。究竟国会或护国主谁应该控制军队？这个问题导致一场斗争。国会建议减少军队人员和饷费开支；军方叛变，迫使克伦威尔解散国会（1655年1月22日）。实际上，英格兰政府自从普赖德于1648年整肃国会以来，已是一种军事独裁政治。
克伦威尔现在被逼走上不用任何伪装，而凭戒严法统治的路子。1655年夏，他把全英格兰划分为12个军区，每个军区由一名少将率领一团士兵驻防。为支持这项建制的开销，他对全体保皇派的财产征课10%的税金。人民抗议，攻讦和叛变四起，要求查理二世复辟之声也甚嚣尘上。克伦威尔报之以严格检查、普设间谍、肆意逮捕，而且不经陪审团，不理人身保护状，径以星室法庭审理案件。哈利文爵士（Sir Harry Vane）是被捕入狱的旧革命派人士之一。革命吞噬了它们的发起人。
克伦威尔迫切需要钱，又不敢多征直接税，只好又召集另一个国会。国会于1656年9月17日集会时，他的国务委员会派了军官在平民院门口，阻止103位合法选出，但有共和派、保皇派、长老会派、天主教派同情者嫌疑的议员进入会场。被排斥在外的议员签署一份抗议书，谴责不允许他们开会是严重违背选民表达意志的行为。他们指责“暴君利用上帝和宗教之名及正式的斋式和祈祷，以掩饰其真相的黑暗”，是卑鄙的伪善行为。通过国务委员会检查的352名议员，有175人是军人，或是克伦威尔的亲戚和亲信。人数减少的这个俯首听命的国会，于1657年3月31日向护国主提出《乞情忠谏书》（An Humble Petition and Advice），请克伦威尔接受王衔。克伦威尔意识到军中反对此举，因此拒绝不受；后来折中授权他有权提名其继承人担任护国主。1658年1月，他同意准许被除名的议员进入国会；他又选派9名贵族和61位平民组成第二院。许多军官拒绝支持这项行动。他们与平民院中的共和派议员达成协议、要限制第二院的权力时，克伦威尔大为震怒，冲进威斯敏斯特宫解散国会（1658年2月4日）。此时在法律上和事实上，英格兰共和终结，又恢复了君主专制。历史再次讽刺性地显示出柏拉图的君主政治、贵族政治、民主政治、独裁政治，而后又是君主政治的循环。
