平定藩之乱
康熙十二年（1673年）十一月二十一日，平西王吴三桂执杀巡抚朱国治，据云南叛；康熙十三年（1674年）四月，靖南王耿精忠执福建总督范承谟，据福建叛；康熙十五年（1676年）二月，平南王尚可喜之子尚之信据广东叛。自吴三桂发难，至清军平叛，历时八年。
三藩分镇。
顺治十六年（1659年）一月，清军收复云贵后，“其实尚未据守”，李定国以及当地土司的军事抵抗时有发生。十六年三月敕令平西王吴三桂驻镇云南，一年后令靖南王耿继茂“率领全标官兵并家口移镇福建”，征讨以金门、厦门为基地的郑成功。平南王尚可喜仍留镇广东，协助耿继茂遏制郑成功。顺治在给吏、兵两部的谕令中指出，吴、耿、尚三藩对所在省份的，“文武官员”有“甄别举劾”之权，“兵马钱粮一切事务，俱暂著该藩总管”，“内外衙门，不得掣肘”。
国中之国。
三藩中以吴三桂实力为最。吴三桂降清时所携部众四万余，且开山海关投降，位在“孔有德、耿仲明、尚可喜辈右”。在底定云贵、击溃南明永历政权的过程中，吴三桂再立首功，顺治十七年（1660年）五月，仿明初封黔国公沐英例，令吴三桂世镇云南，兼辖贵州，把前明黔国公的庄田七百顷赐为藩庄，云贵两省督抚均受平西王节制。
顺治十七年裁定兵制，三藩保留八十三个佐领（约十万人），其中吴三桂拥有佐领五十三个（五万人以上），所辖投诚兵万余。
吴三桂在云南集军政大权于一身。“郡县吏得自辟署，谓之‘西选’渐乃题用朝臣”，“以别省不相干涉之处及见任京官公然坐缺定衔”，“天下之官，不分内外，不论远近，皆可择而取之”。又择“诸将子弟，四方宾客，与肆武备”，且与西藏达赖喇嘛互市茶马，每年经西藏进入云南的蒙古良马千匹，充作战马。为扩充实力，吴三桂还“广征关市”，“垄断盐井、金铜矿山之利”；“招徕商旅”，“广通贸易殖货财”；遣人至辽东、四川，“就地采运”人参、黄连、附子，“官为之鬻”。
尚可喜、耿继茂各有十五个佐领的兵力，另有投诚兵万余。尚氏所把持的税收，“每岁获银两不下数百万”，令藩属“私充盐商，据津口立总店”，且“牟利子母”，经营高利贷。耿继茂在福建亦“横征盐课”、“勒索银米”。在三藩的盘剥下，云南、广东、福建三省“数十年来，富室空虚，中产沦亡，穷民无所为赖”。
三藩并撤。
康熙即位以后，“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上”，“以三藩势焰日炽，不可不撤”。
康熙十二年三月十二日，年已七旬的平南王尚可喜疏请归老辽东，“量带两佐领甲兵并藩下闲丁、孤寡老弱”启程，并请以子尚之信袭爵，留镇广东。康熙遂令议政王大臣会同户部、兵部以及吏部“确议具奏”。吏部以“藩王见存，子无移袭之例”驳回袭爵之请；议政王大臣会议又以“尚之信仍带领官兵居住粤东，则是父子分离，而藩下官兵父子兄弟宗族亦至分离”为由，作出“既议迁移，似应将该藩家属兵丁均行议迁”的议处，康熙立即批准撤藩之议。
该年七月初三，平西王吴三桂为窥视清朝廷意向，疏请撤藩，内有“今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿恩，冒于天听，请撤安插”等语。康熙对吴三桂之疏批道：“今云南已经底定，王下官兵家口作何搬移安插，著议政王大臣会同户、兵二部确议具奏”。
同年七月初九，靖南王耿精忠疏请撤藩，议政王大臣遵旨会议，作出“应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移”的决定。八月初六，议政王大臣在对吴三桂疏请撤藩一事会议时，出现不同意见：一种认为“应将王本身并所属官兵家口均行迁移，在山海关外酌量安插。云南地方，有土司苗蛮杂处，不得稍疏防御，今既将王迁移，应暂遣满洲官兵戍守，俟满洲官兵到日，该藩起程”。另一种认为“吴三桂镇守云南以来，地方平定，总无乱萌，今若将王迁移，不得不遣兵镇守。兵丁往返，与王之迁移，沿途地方民驿累”，“应仍令吴三桂镇守云南”。两议俱上请旨，康熙作出“著王率领所属官兵家口，俱行迁移前来”的决断。
八月十五日，清朝廷派遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达理前往云南经理撤藩事宜，遗户部尚书梁清标前往广东、吏部侍郎陈一炳前往福建办理撤藩，于是三藩并撤。
吴三桂发难。
康熙十二年十一月二十一日，吴三桂执杀云南巡抚朱国治、扣留折尔肯等特使，据云南叛。吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，国号“周”，以明年为周王昭武元年，蓄发易衣冠，铸“利用通宝”，旗帜易白，发布反清檄文，斥责清朝廷当年“逆天背盟”，“雄据燕京，窃我先朝神器，变我国衣裳”，“将欲反戈北伐，扫荡腥膻”。云南提督张国柱、贵州提督李本深、贵州巡抚曹申吉皆降。云贵总督甘文煜在贵阳陷落后率十余骑逃至镇远，拟扼守镇远，控制滇、黔险隘之地。镇远守将江义叛应吴三桂，甘文馄被叛军包围，十二月初八自尽，云贵两省皆陷。
十二月二十一日，清朝廷始接到吴三桂为叛的奏报，大学士索额图请诛主张撤藩的大臣以平息战乱。康熙深知吴三桂蓄谋已久，“撤亦反，不撤亦反”，拒绝索额图的建议，命前锋统领硕岱率军前往荆州，进驻常德，阻吴军北上；令都统朱满自武昌赴岳州，阻敌东犯；令西安将军瓦尔喀率部进川，扼守由滇入川之路。
吴三桂十二月二十二日，下令停撤平南、靖南二藩，召梁清标、陈一炳还京；二十四日任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率军讨伐吴三桂；二十五日以兖州地近江南、江西、湖广，太原邻近川、陕，调军队驻防兖州、太原以便随时策应湖广、川陕。
康熙十三年（1674年）三月，清朝廷以内大臣希尔根为定南将军，率军前往江西；该年六月任命贝勒尚善为安远靖冠大将军，开赴岳州；未几又任命康亲王杰书为奉命大将军前往浙江督师，任命贝勒董额为定西大将军前往四川督战；同年九月相继任命简亲王喇布为扬威大将军驻江宁；安亲王岳乐为定远平寇大将军坐镇江西。
八省俱陷。
三藩所辖之兵，皆“百战之余，勇健善斗”，“莫有撄其锋者”。清朝廷所任命诸将多畏敌避战，迁延不前。
康熙十二年年底，吴三桂军自贵州入湖南，攻陷沅州，提督崔世禄被擒，“澧辰路梗，楚疆危急”，偏沅巡抚卢震弃长沙奔岳州。常德、长沙、岳州、澧州、衡阳相继陷落，湖南被吴三桂占领。
康熙十三年（1674年）一月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵谭弘、吴之茂等叛应吴三桂，四川陷落。
康熙十三年二月，驻广西将军孙延龄叛应吴三桂，杀都统王永年、副都统盂一茂，自称“安远大将军”，扼守大榕溪隘口，平乐陷；广西提督马雄、左江总兵郭义相继反叛，广西陷。
康熙十三年三月，靖南王耿精忠执福建总督范承谟，据福州叛，自称“总统兵马大将军”，传檄福建州县，令蓄发易服。并令都统马九玉、总兵骆养性等分取延平、邵武、汀州、福宁等地，福建不复为清朝廷所有。
康熙十三年十二月，陕西提督王辅臣发动兵变，在向四川进军途中，袭杀经略莫洛。兴安、延绥、葭州、米脂叛应王辅臣，延安、绥德相继陷。王辅臣被吴三桂封为“平远大将军”，遣兵陷兰州，固原、临洮等地相继为叛。
康熙十五年（1676年）二月，尚之信叛应吴三桂，易服改帜，派兵包围尚可喜住处，尚可喜自杀未遂，数日后病逝。
三藩并叛，云、贵、湘、川、闽、陕、粤、桂八省皆陷；甘肃、江西两省大部亦被叛军占领，以至达赖喇嘛竟建议清朝廷同吴三桂“裂土罢兵”。蒙古察哈尔部首领布尔尼也乘机起兵，进逼张家口，京师震动。
起用绿营。
为扭转战局，清帝决定起用绿营。绿营系清军入关后陆续收编的前明武装，以绿旗为标志，又称之绿旗兵。“天下绿旗兵，无如陕西强壮，而其数较各省部众”，“若用绿旗步兵之力，于灭贼殊为有济”。康熙十四年（1675年）清朝廷授甘肃提督张勇为靖逆将军，令其率部平定王辅臣之乱。康熙特谕负责西部战事的贝勒董额，对于“劳绩甚茂”的张勇等汉将“慎勿轻侮，致滋嫌隙”，“事无划，务期协和持平而行”回。康熙在给张勇的谕令中明白写道：“自古汉人逆乱，亦准以汉兵剿平”，“况我绿旗兵较之贼兵甚强”。
该年四月，张勇部将王进宝克临洮、金县、安定，总兵官孙思克收复靖远卫。宁夏驻军在王辅臣的煽动下杀提督陈福、发动兵变后，张勇立即前往安抚。未几孙思克在虎山墩大败王辅臣，断其饷道，陷入困境的王辅臣遂于康熙十五年（1676年）六月叛而复降，致使吴三桂急令西犯秦陇、欲与王辅臣会师的王屏藩、吴之茂部撤回汉中。旋封张勇为一等候（袭十次）；授王进宝奋勇将军，加封一等伯（袭八次）；授孙思克为凉州提督，并遣内阁学士禧佛等赍敕往陕西，谕令彼等立即“各率所属绿旗兵平定汉中、兴安，恢复四川”。
除陕西外，“浙江及江西袁州、赣州等处绿营兵，奋勇剿贼，固守地方”，为此康熙特谕令兵部“应即议叙，以旌其劳”，“速议具奏”。绿营在平定三藩之乱中战功卓著，安亲王岳乐在攻长沙时，请派绿旗兵两千助战；简亲王喇布则“以调绿旗兵为辞，因循日月”，大有无绿旗即不出战之势。
孤立吴三桂。
虽然三藩并叛，八省俱陷，康熙认定“今日事势，先灭吴逆为要”，对其他叛应吴三桂的藩王、将领竭力争取在王辅臣袭杀莫洛后，康熙立即敕谕王辅臣，赞其“赋性忠义，才勇兼优”，“殚心抒忠，茂建功绩”，并以“莫洛于尔，心怀私隙，致有今日之事。则朕之知人未明，俾尔变遭意外，忠荩莫伸，咎在朕躬，于尔何罪”等为其开脱。且遣王辅臣之子王继贞前往陕西颁谕，“晓以大义，发其悔悟之心”，时为康熙十三年十二月二十三日。在接到王辅臣的疏奏后，再次遣使赍敕往抚，重申“变起情形，皆由莫洛控驭失宜、军心不服所致”，“尔之心迹无他，朕已洞悉，往事一概不究”，“尔所属官兵，俱行宽宥，照旧归伍效用，尔即率领，仍回平凉汛地，照旧镇守。”康熙十五年（1676年）六月初一，康熙在得悉清军已断王辅臣饷道后，第三次颁诏，赦其罪，“招慰之”。
康熙十三年六月，康熙遣工部郎中周襄绪及靖藩旧部陈嘉猷等，赍敕前往福建招抚耿精忠，冀其“革心悔祸，投诚自归”。康熙十五年八月又遣其弟耿聚忠（安亲王岳乐之婿）赍敕赴军前招抚耿精忠。康熙帝在敕书中再次重申“朕犹念尔祖、父前功，终不忍绝，将尔在京诸昆弟及所属人员，概行宽宥，给还官职，恩礼如常”，“朕复念尔变乱，必有所由，或为逼迫所致，故复下敕书，遣尔弟耿聚忠赍至军前，明谕朕意。尔若即悔罪，率众归诚，当复尔王爵，仍旧镇守，所属人员职任俱各如故”，“朕以诚心待天下，断不食言，尔勿听信煽惑之言，终怀疑惧，负朕始终保全至意”。一年后杰书部清军在接连击败耿精忠部将曾养性、马九玉后，入仙霞关，攻陷浦城，江西清军又相继夺取建昌、饶州、广信等地。耿精忠不支，遂有降意。康熙帝得悉后，于康熙十五年九月十八日降谕杰书“以时事晓谕耿精忠速降，以副朕安辑生民至意”。十月二十一日，耿精忠在福州开城迎降的疏奏送抵御前，康熙立即传谕“命耿精忠仍留靖南王爵，率伊所属官兵随大军征剿”。
康熙十五年十二月，清军自江西赣州入广东，尚之信遣使至简亲王喇布军前乞降，康熙敕谕尚之信：“知尔父子不忘报国，念笃忠贞，因事出仓促，致成变异，朕心深为恻悯。今特降旨，将尔已往之罪并属下官兵，概行赦免，倘能相机剿贼。立功自效，仍加恩优叙，尔当益竭悃诚，勉图后效，以副朕始终曲全至意。”
对参与三藩之乱的马雄、孙延龄等清朝廷也竭力招抚。康熙十五年九月，遣马雄之子马承先赴广西招抚。该年年底广西初定。
王辅臣、耿精忠以及尚之信等人的相继倒戈，使得清朝廷得以全力征讨吴三桂。
吴氏败亡。
吴三桂起兵之后，仍有裂土罢兵，割据一方之念，“迫洞庭而不即渡”，“徘徊衡湘间”，期冀与清朝廷议和，保住即得利益，拒不采纳“疾行渡江、会师北向”、“下九江、扼长淮，以绝南北运道”以及“据关东、巴蜀，塞骰函以自固”等建议，“以长子尚主留京为质故”。
王辅臣、耿精忠、尚之信降清后，吴三桂为安定人心，于康熙十七年（1678年）三月初一在衡州称帝。自吴三桂举兵“滇蜀之间，屡岁不登，米一石价六两，盐一斤价三、四百钱”，且“加税田亩地丁”，“怨声四起，故所破州县旋得旋失”。“又于云南丽江等处凿山开矿，采取金银，日役苗夷万人，土司多忿怨”。该年五月，清军水师入洞庭糊，分驻君山、九贵山，切断岳州吴军同衡州、长沙等地联系。同年八月十七，吴三桂得悉其婿胡国柱有降清之意，“大呼曰‘吾势去矣’，即气噎仆地”而死，时年七十五。
吴三桂死后，其部将拥立吴应熊之子吴世瑶柩前即位。吴世瑶不敢留居衡州，遂退居贵阳，拟以湖南、四川、广西为屏障。清军乘势收复岳州、常德、长沙、汉中、保定、顺庆、成都、重庆。
康熙十九年（1680年）十月，清军由平越逼贵阳，吴世瑶奔云南，清军迅速占领贵州全省。翌年二月清军由黔入滇，吴军列象阵迎战，自卯至午激战三个时辰，因象溃而败。吴世瑶恃险固守，令诸将分守五华山宫门（平西王藩府）。康熙二十年（1681年）九月，赵良栋率绿营兵至云南，连越三濠夺三桥，直逼城下，围之数日。该年十月城中粮尽，南门守将开门迎降，吴世瑶服毒而死，时年十六岁。历时八年的三藩之乱被平定。
