这部书的全部内容几乎都被受他帮助煽动的学术革命取代。该部书引起我们兴趣，因为其在思想史上是一件大事，及被哲学家在与他们知道的唯一基督教的冲突中用作武器。像我们已经见过的，这种攻击很少以直接的方式进行。《耶稣》与《基督教》这两篇由狄德罗执笔的文章，本质上属于正统思想；第二篇还受到一位意大利神父的推崇。好几位教士曾提供文章，伊冯神父写了《无神论者》一文。《百科全书》支持的不是无神论而是自然神论。然而，的前后对照有时具有诱惑性。这些对照附在正统派的文章之后，时常指向暗示怀疑的其他文章。因此，论上帝的范文与《证明》一文相比，就可以看出后者立下证据的原则，对奇迹与神话是致命的打击。有时，基督教义最不合理的成分以公然接受作为解释，但这一方面也激起质疑。可能由霍尔巴赫执笔的《教士》一文，直言无隐地怀着敌意，因为这群哲学家痛恨教士是自由思想的敌人和迫害的督促者。这位作者假装在论异教僧侣：
迷信繁殖了各种不同教派的仪式，而主持这些仪式的人不久也各形成不同的教团。人们相信这些人完全献身于神明，因此教士也分享了赋予神明的礼敬。世俗的行业似乎在这些教士之下，而人们也相信自己负有供给他们生活的义务……视他们为神意的受托者与阐释者，及介乎神人之间的媒介者。
为更稳固地建立他们的主宰权，这群教士把神明形容为残酷、报复而难和解。他们将仪式、入教、奇迹介绍进来，这些东西的凶暴性可以在人们心中滋养对狂热的帝国大为有利的那种阴沉忧郁之感。这样，人类之血便汇聚成河流过祭坛；为恐惧所吓并为迷信弄呆的人民认为一切代价都可为神明的善意而偿付。母亲不滴一滴眼泪地将她们柔嫩的婴儿投送到吞噬性的火焰堆里，成千的牺牲品倒在牺牲的利刃之下……
如此受敬的人物很难长久留在维持社会秩序必需的臣属的界限内。为权力陶醉的教士阶级，时常争论国王的权利……狂热与迷信将利刃虚悬在王室头上，每当国王想要压服或处罚本身的利益与众神的利益相混杂的那些神圣人物之际，王座便为之震撼摇动……想要限制他们的权力即等于削弱宗教的基础。
一般而言，对旧信仰的战争大都采取称赞科学与哲学的新信仰与新方法这一形式。以科学代宗教，哲学家代教士——至少在教育阶级里——是这群哲人的梦想。各门科学都占很长的篇幅，如《解剖学》占了56栏。在《地质学》这一项下，各有长文分论矿物、金属、地层、化石、冰河、矿场、地震、火山与宝石。采取新观点的哲学完全建立在科学之上。这种哲学将不建立“体系”，避免形而上学，不武断地倡言世界的起源与命运。《学说》一文正面攻击经院派的哲学家，认为他们放弃了知识的寻求，转而屈服于神学，并安然地迷失在逻辑的蛛网与形上的云雾中。
狄德罗撰写一连串论述哲学史的著名文章。这些文章虽颇倚重布吕克写的《哲学批评史》一书（1742—1744年），仍表现法国思想具有创造性的探求工作。论伊利亚特派与伊壁鸠鲁之论著阐明了唯物主义，其他文章则推崇布鲁诺与霍布斯。就狄德罗而言，哲学已变成一种宗教。“理性之于哲学家犹如恩典之于基督徒。”“让我们赶紧地哲学大众化吧。”他大声喊道。在《百科全书》一文中，他像一位使徒一样写道：“今日，当哲学大步迈进，当它把关涉到的一切东西附属在它帝国之内，当它的呼声成为主宰的呼声，及开始打破权威与传统的桎梏，并遵持理性的法则……”这里是勇迈的新信仰，具有不常显现的年轻信心。也许着眼于俄国境内的帝国女保护者，他像柏拉图似的补充说道：“结合一位统治者（叶卡捷琳娜二世）与这样的哲学家（狄德罗），你便会拥有一个完美的统治权。”
如果这样一位哲学家能够取代教士而为国王的向导听忏者，则他首先将敦劝传播自由，尤其是言论与出版自由。“没有任何人从自然取得指使他人的权利”，国王的神圣权利也同样如此。至于革命：
凭暴力取得的权力只是篡夺，其势力只延续到指挥者驾凌服从者的力量告终为止……如果这些服从者随后变得强大起来并摆脱他们的桎梏，他们也会像前者所加于他们身上的那样，以同样的权利与正义来如此行事。造成这一权威的同一法则也会废除这一权威；这是强者的法则……因此，真实而合法的权力必须具有限制……王子从他臣民那里拥有统治他们的权威，而这一权威受到自然法则与国家法律的限制……不是国家属于王子，而是王子属于国家。
这部《百科全书》既非社会主义，也非民主主义；它接受君主政治，而排斥卢梭1755年曾强烈阐明的平等这一观念。若古的《自然平等》主张法律之前人人平等，但补充说：“对各种不同的情况、等级、荣耀、地位、特权与臣属必然行之于所有的政府，我再懂得不过。”狄德罗这时视私有财产为文明不可分离的基础。《人》这篇文章具有共产主义的色彩：“社会的净利，如果平等地分配，也许比不平等地分配及由于这一净利而将人民分成各阶级更为有利。”他还谈到救济院——“努力防止贫困比为贫困者广设庇护所，更有价值的多。”
哲人王将定期检查封建领土的所有权状，并废除对农民或国家的服务不再有功的封建特权。他会找寻人道的办法以代替强迫劳役、禁止奴隶的买卖，并就权力所及，终止王朝敌对或贪婪的战争。他也清除审判庭的腐败，禁止官职的买卖，减轻刑法的严苛，终止审讯的折磨，不会帮助迷信的确立与不朽化，而会奉献力量以促进黄金时代的来临。在那个时代，政治家将与科学结盟，以不断地对抗愚昧、疾病与贫穷。
大体而论，《百科全书》的经济观念是大部分哲学派人士所属的中产阶级的观念。这些经常是重农派的观点，这一派在奎奈与米尔普瓦的领导下主宰了法国18世纪中期的经济理论。自由企业——连带的自由商业与自由竞争——对自由人士至关重要。因此，对这一切构成障碍的同业公会，遭受谴责。这些观念在杜尔哥的内阁执政期间（1774年），注定要占据历史的舞台。
《百科全书》精明而热诚地注意到开始改变英国与法国经济外貌的工业技术。机械技艺，狄德罗主张说，该受尊崇为科学的运用，而这运用也的确与理论同样宝贵。“我们的判断多么荒谬！我们一面劝诫人们做有用的工作，一面却轻视有用的人士。”他希望使《百科全书》成为技术的完备宝藏。如果这种机械技艺由于某一悲剧而遭摧毁，这时便可凭某卷残存的《百科全书》予以重建。他写下长篇而仔细的有关钢、农业、针、青铜、钻孔机、衬衫、长靴、鞋子与面包的文章。他称赞发明家的天才与工匠的技艺；他亲身或派遣代理前往农场、商店与工厂研究新的作业与产品；他监督版画几乎达1000次，使11卷的底版成为当时同类中的奇迹；政府当局颇为得意地将皇家默许权延伸给这些卷书。有55张有关纺织工业，11张有关铸造，10张有关军事技艺，5张有关火药制造及3张有关别针制造的画面；后者为亚当·斯密论述分工合作的名著的信息来源——为了制造一根别针而分成“18种显著的工作”。为了获得这种知识，狄德罗说：
我们求教于巴黎一城及整个王国境内最能干的工匠。我们不厌其烦地……问他们问题，照他们讲述的记载下来……学习他们各个行业使用的术语……与一群工人长期会谈，以纠正其他工人解释得不完整、晦涩抑或有时不确切的东西……我们已经派出雕版师到各商店画取各种机器、工具的图案，凡是能使眼睛清晰看到的东西都无遗漏。
1773年奥斯曼苏丹要求托特男爵为达达尼尔各城堡制造大炮时，这位贵族即使用《百科全书》论大炮的文章以为随身指南之一。
完成本文的工作之后，狄德罗经受一种几乎使他精神崩溃的懊丧之苦。在无意中审查一篇文章时，他发现他已改正与赞许的校样的许多部分，都省略未印。再检视其他文章也发现相同的删节出现在第九至十二卷。删除的部分通常是可能进一步激怒教士或议会的段落，而且删除并不顾虑到剩余的部分是否合乎逻辑，或显得连贯。布雷东承认他在做这一外科手术，以免《百科全书》受到进一步的困扰，并使自己免于破产。格里姆报道这些结果说：
这一发现使狄德罗陷入我绝难忘怀的狂怒中。“几年来，”他向布雷东喊道，“你一直在卑鄙地欺骗着我。你已屠杀了……20位善良人物的著作，他们由于爱好正义与真理而奉献了他们的时间、才能与祈祷、礼拜，只单纯地希望他们的观念能传播给大众，并从而收割丰盛赚来的一点关怀……你因而将被提到是犯上背叛、恶劣无耻的一位人物，世上发生的任一件事都无法与之比拟。”
他从未宽恕布雷东。
回顾这一伟大的事业，我们觉得从其历史与内容而言，都可算是法国启蒙运动的显著成就。由于狄德罗作为这一事业的核心人物，他在18世纪法国学术全景中的地位，仅次于伏尔泰与卢梭。他担任编辑的勤勉遍及每一部分而耗心竭力。他编订前后对照，改正错误，并参与校对工作。他跑遍巴黎，寻找并督促撰稿人。如果撰稿人找不到或不称职，他便亲自撰写数以百计的文章。其他人失败时，他便成了最后的求救处。因此，我们发现他在撰写有关哲学、油画、基督教、巨蟒、美丽、玩牌、酿酒与圣礼面包方面的文章。他论《不容忍》这篇文章先于伏尔泰的论文，可能已提出其中多个观念。他的许多文章充满了错误，其中有些，如论耶稣会的文章，不分皂白地表现了敌对与不公正的态度。他是一位暴躁的战士，备战、追逐，并随手拿起任何武器反击回去。
现在，战役的刺激既已消退，我们能认识这部《百科全书》的缺点。有1000处事实及错误，粗心的重复与不可饶恕的删略；也有像耶稣会的学者指出的那些实质的抄袭；有些文章属于“借来的镶嵌细工”。贝尔捷在3期的《特里武杂志》中，以确切的参考与相同的引述指出第一卷中100处以上的抄袭。这些偷窃的大部分——如定义——均简短而不重要，但有几处几乎逐字抄袭，长达三四栏。
《百科全书》具有严重的学术缺点。撰稿人对人性的观点过于单纯，对理性诚实的估价过于乐观，对人性脆弱的了解过于模糊，对人们将如何利用科学赐予的知识这一远景过于乐观。这群哲学家，尤其是狄德罗，缺乏历史意识；他们很少停下来探问他们与之战斗的信仰如何兴起、人类的何种需求，而不是教士的发明，在孕育着这些思想并形成制度化。宗教对社会秩序、对道德品格、对音乐与艺术、对贫穷与痛苦的减轻所做的巨大贡献，他们完全视而不见。他们反宗教的偏见强烈得绝对无法具备一部优秀的百科全书所应具备的公平无私。与贝尔捷一样，有些耶稣会信徒虽然时有允当之批评，但这部《百科全书》的大部分批评家，仍跟这群哲学家一样偏私。
狄德罗敏锐地感到这部著作的事实错误。他于1755年写道：“一部百科全书的初版必然是编排拙劣与不完整的编纂。”他期待这部书不久即被取代。即使如此，这部庞大的著作仍然深入欧陆思想的核心。这28卷书在瑞士印行3版，在意大利印行2版，在德国、俄国各印行1版。盗印版更多。总而言之，在25年里一共印行了43版——就如此昂贵的一套书而言，可说是一项突出的纪录。许多家庭在晚上共同览读其各篇文章，热心团体也组织起来予以研究，杰斐逊劝告麦迪逊购买一部《百科全书》。现在，与神话的福音对抗的理性的福音，与独断的信条对抗的知识，与死亡的退缩冥思对抗的通过教育而至进步的福音，统统像满载花粉的风扫过欧洲，干扰了每个传统，激发了思想，最后煽动了革命。这部《百科全书》是大革命之前的革命。
