欧洲理事会与理事会
理事会由代表成员国的部长组成，其最高层是由国家或政府首脑与欧盟委员会主席组成的欧洲理事会。国家首脑被包括在内是因为法国与芬兰的总统行使着在其他国家由政府首脑执行的某些职能，所以他们与其总理一起参加欧洲理事会。
欧洲理事会一年会晤三或四次，以作出需要在这一政治级别来议决或推动的决定：有时候是因为部长们无法在理事会内就某些问题作出决议，有时候是因为必须制定涉及诸多问题的某个一揽子计划，例如《马约》或《阿约》。欧洲理事会还必须“确定总的政治指导方针”。无论是为有效处理当前事务，还是为启动新的计划，欧洲理事会的轮值主席都起着很重要的作用。
图91979年的欧洲理事会：朝着不同的方向。
欧洲理事会会议本身的规模不大，只有两位总统（法国与芬兰总统）、1位主席（委员会主席），以及15位政府首脑；陪同他们的有各国外长，有时还包括财长。他们身后跟着大批媒体记者，以截然不同的各种方式，将会议结果传递给各国民众。因此，如果英国报纸的读者认为，1999年12月的赫尔辛基欧洲理事会所讨论的主要是英国与法国间的牛肉争端，以及英国与其他成员国间可能影响到伦敦城金融利益的税务建议争端，那也是可以理解的。事实上牛肉问题并未列入议程，税收问题也只是稍微讨论了一下。其他国家的许多记者，则大幅报道与另外6个国家开始进行加入谈判的决定，以及建立维和快速反应部队的问题。
每次会议之后都要发布“主席结论”，通常是一份冗长的文件，有时还有众多的附件。当然，国家与政府首脑本身只提出他们的一些决议，没有时间也没有兴趣对摆在他们面前的所有问题作透彻的讨论。他们确实发起一些重大计划，例如由英国与法国联合倡议的快速反应部队，但大多数细节以及“政治指导方针”则是由欧盟机构与欧洲理事会轮值主席办公室提出。
部长理事会是一个更加复杂的机构。哪些部长参加哪一会议，取决于会议议题。理事会以二十几种方式会晤，包括经济与财政部长理事会（Ecofin）、农业理事会、司法与民政事务理事会，以及卫生、旅游、青年事务理事会等等。还有一个由外长组成的一般事务理事会，负责协调其他理事会的工作，但事实上它很难控制由强势政府部长组成的理事会。部长理事会这一结构的不协调性已引起欧洲理事会的注意，使之在1999年作了个根本算不上彻底改革的决定，即将理事会数目减少至15个以下。每个理事会均由任期半年的轮值主席国的代表主持。
图10部长理事会：并不亲密的秘密会议。
与欧洲理事会不同，出席理事会会议的人数众多。每个国家都有几名官员陪同部长出席，相关的委员会委员也在场，还包括委员会官员和理事会秘书处成员——秘书处保证了轮值主席交替的连续性，因此成为一个相当重要的机构。另外不同的是，理事会的工作大部分是立法性的，但有些是执行性的。
理事会的会议程序更像是外交会议中的谈判，而不像一个正常民主立法机构中的辩论。大多数立法会议不对公众开放，但也远非滴水不漏；消息主要是通过各个部长会后向媒体吹风透露出去，因此有时说法迥然不同。
理事会会议与国际谈判的相似性在20世纪80年代中期之前更加明显。那时单一市场计划刚刚启动，特定多数表决（QMV）开始取代全体一致议决成为立法决策的通常程序。尽管条约规定只有委员会提出的立法文本可以成为立法，但一致议决程序给予每位部长以否决权，使之可以迫使委员会按其要求修改提案；而且虽然条约规定在一系列事务上实施特定多数表决，但“卢森堡妥协”所赋予的否决权事实上适用于几乎所有立法中。成员国的常驻代表委员会（Coreper）就委员会提案预先寻求各国政府的共同立场；考虑到取得全体一致同意的困难性，确实得感谢许多这些官员的奉献，才使共同体得以运转。但被委员会确定为事关普遍利益并获得大多数支持的措施，却常被概括为“一般性事务”，在长期拖延后才得以通过。
这就是为什么单一市场长期进展甚微，直至《单一欧洲法令》改变表决程序。在此之前，单一市场措施的通过速度约是每月1项，只能勉强应付经济的新发展，更不用说在25年内完成整个计划了。但《单一法令》为绝大多数单一市场立法规定了实施特定多数表决，将通过速度提高到约每周1项，使大多数立法在1992年前到位。
在成员国为15国时，特定多数为总计87加权票中的62票。加权取决于国家大小：法国、德国、意大利和英国各为10票，卢森堡为2票，其他国家在2票和10票之间。由于26票即可阻止一项决议，只要4个最大国中的任何3个反对，法律就无法通过。即将被接纳的十来个新成员国大多数是小国，这使大国担心这种均势将对它们不利。因此《尼斯条约》规定了新的加权数：从2005年1月1日起，加权票从4个最大国的每国29票到卢森堡的4票不等；特定多数为超过237票的70％，只要任何3个最大国反对仍可阻止决议。随着欧盟继续扩大，此情况将维持不变，不过英国、法国与意大利要阻止一项决议还必须取得至少一个小国的支持。作为人口最多的国家，德国取得了一个额外的优势，即特定多数必须至少包括欧盟人口的62％。同时，为了保护较小国，特定多数还必须包括国家的简单多数。
虽然特定多数表决旨在保证大多数国家所希望的法律能被通过，理事会仍然尽力避免置处于少数的一国政府所认为重要的某件事情于不顾。这部分是因为在一个多元化的政体中——就像在瑞士联邦政体中那样——必须谨慎对待少数群体；而这种考虑在欧盟中更有其必要性，因为一个心怀不满的政府，可能会在其他仍需要全体一致议决的事务上采取报复而使工作陷于停顿。另外，这也反映了理事会中盛行的外交文化。这与“卢森堡否决”有所不同，因为前者还是常常付之表决的；但对于处于所谓的“表决阴影”下的议案，部长们更愿意达成妥协，以避免表决得出的结果对他们更为不利。主席在认为问题已获解决后，常常会提议已达成共识；若无异议，理事会将不经正式投票而通过相关立法文本。
随着特定多数表决在单一市场立法中的实施，“卢森堡否决”开始淡出。特定多数表决成为更大范围事务决策的既定程序，《马约》、《阿约》和《尼斯条约》则将其适用范围进一步扩展至所有立法的五分之四左右。余下的约五分之一仍需要实行全体一致议决的立法，分属各种不同的情况。英国与一些国家，出于观念形态和辅从性原则的缘故，坚持要对与就业相关的一些社会政策事务实行全体一致议决。而那些反对对有关结构性基金的目标、任务与组织实行特定多数表决的国家，其动机是钱而不是观念。英国还坚持在税收协调上实行全体一致议决，这部分是出于主权考虑。提高欧盟税收收入上限的条约修正案，以及加入条约，甚至联系条约，都被认为与主权密切相关，必须经各个成员国批准。尽管《尼斯条约》规定在委员会主席与其他委员以及理事会秘书长的提名上，实行特定多数表决，各国依然对其他重要任命保持否决权，例如法院法官与欧洲中央银行执行理事必须由各国政府“共同协议”任命。在其他两个支柱中，如《尼斯条约》第七章与第八章所示，也主要实行全体一致议决。
成员国数量愈多，达成全体一致协议就愈困难。因此在可能继续扩大的背景下，尽管不是要求完全废止全体一致议决，但要求缩小其实施范围——正如《尼斯条约》所规定的那样——的呼声在增加，并成为倾向联邦主义者和反对联邦主义者之间的冲突之源。同样的争论也发生在理事会的执行功能上。
与大多数民主国家的立法机构不同，理事会还行使重要的执行功能。尽管按莫内的构想，委员会是共同体的主要执行机构，但条约许可理事会对委员会执行法律的方式方法“施加要求”，甚至规定可由理事会自己来负责执行。理事会安排了大量由成员国官员组成的小组委员会来监督委员会的执法，并安排“工作组”来审议委员会的立法议案，整个体系则由常驻代表委员会管理。每个小组委员会专司共同体的某项事务，有时是委员会与各国政府间的有效联系渠道，因为共同体政策的执行事实上大部分是委托成员国政府来完成的。但理事会为某些小组委员会规定的议事程序，使少数派国家的官员可以阻止委员会的行动，直至问题被提交给理事会讨论，而理事会则可能会批准停止行动。这致使人们抱怨说，这一被讥讽为“小组委员会制度”的体系破坏了共同体的效率。欧洲议会则在其有权进行共同立法之处，最大限度地减少小组委员会的阻力。为防止委员会在特定情况下采取某些行动，小组委员会或许很有必要存在。但总的说来，将执行各项共同体政策这样规模庞大和极其复杂的事务，实际上交由15个或更多政府的代表组成的小组委员会负责，似乎很难令人信服。
