德国卓越的浪漫主义哲学家谢林尝试以理性而非诗篇，将科学上的普罗米修斯和静止（immobility）结合起来。他主张宇宙万物具有人类所无法了解的统一性。事实本身最多只是真理的一部分；我们所感知到的，也只是连续变化的宇宙的片断。谢林因此下结论：大自然是有生命的，她是一个有创造力的灵魂，能够把进行认知的人和被认知的事物结合起来，并且随着理性了解和心灵感受的不断扩充，朝着彻底实现自我的最终状态迈进。
在美国，德国的哲学浪漫主义有新英格兰地区的先验主义（transcendentalism）与之相互辉映。其中最著名的哲学家是爱默生和梭罗。先验主义者极其反对杰克逊任上充斥美国社会的商业主义。在他们的想象中，心灵世界完全建立在个人的性情和气质上。和欧洲的同僚相比，他们和科学较为投趣。在梭罗所写的《种子的信仰》（Faith in a Seed）和其他著作中，从博物学的角度描述了许多对自然界的准确观察。先验主义者中，甚至包括一位成熟而地道的科学家——阿加西。他是哈佛大学比较动物学博物馆的馆长、美国国家科学院的创建委员，是一位地质学家兼动物学家，同时也是极具才气的演说家。这位伟大人物所采用的形而上学推演与谢林的类似，他推得宇宙是神心目中的形象。出现在他宇宙观中的科学神明，基本上和神学家讲的神明相同。1859年，阿加西正当事业的高峰，却因为达尔文的《物种起源》（Origin of Species）一书的出现而遭受诽谤。《物种起源》提出了自然择汰（简称天择）机制的生物进化论，认为生命的多样性是一种自行集合（self-assembling）的过程。阿加西当然是到大西洋沿岸的各大城市，在为他着迷的观众面前为神做辩护。他认为神不可能以恣意的突变和适者生存为依凭，来创造这个世界。我们的生命观一定不能从宇宙般的宏伟壮阔降格为池塘和树林里那些污秽的细节。他争论道，即便是以这样一种方式来思考人类处境，都是无法容忍的。
自然科学家在启蒙运动中遭遇了强大的反对势力后，多半都放弃了，不再探讨人类的心灵生活，而把这个领域让给哲学家和诗人，给予他们另一个世纪的时间来自由发挥。实际上，科学家的让步对科学发展而言是一个健全的抉择，因为它驱使研究人员脱离形而上学的陷阱。在整个19世纪，物理学和生物学知识以指数级的速度增长。社会学、人类学、经济学和政治理论等社会科学，也像暴增的公爵和伯爵头衔般相继兴起，企图占领介于基础科学和人文学科之间的领域。自然科学、社会科学和人文学科——目前所存在的学术三大分支，是在17、18世纪统一的启蒙思想中产生的。
启蒙运动虽然源自神学，并且对神学十分关注，但具有彻底背逆的世俗性，并借此将人类心智引入了自由的新境界。它把其他所有的事物都搁在一旁，包括各种形式的宗教信仰、政治权威和所有可想象的恐惧，将优先权让给自由探究的道德理念。在启蒙运动所描绘的宇宙内，人类所扮演的角色是永恒的冒险者。在这两个世纪当中，神似乎采取一种新的口吻对人类说话。这一新口吻早在1486年就已经预示了，见于文艺复兴时期的启蒙哲学先驱米兰多拉的祈祷文中：
我们所认识的你，不在天堂也不在人间，不会死亡也不会永生。你仿佛是自己的创造者和塑造者，以自由的选择和崇高的尊严，依照自己的爱好塑造自我形象。
但是到了1860年代早期，这个辉煌的影像逐渐消失。理性遭受挫折，知识分子对科学的领导地位失去了信心，而知识具有统一性的可能也急遽下降。但是，启蒙运动的精神继续存活在政治理想主义和个别思想家的期望中。在之后的数十年，新兴的学派蓬勃冒出，就像从倒伏的树干上萌发出来的新芽，例如边沁和穆勒的效益主义伦理学（utilitarian ethics）、马克思和恩格斯的历史唯物主义以及皮尔士、詹姆斯和杜威的实用主义（pragmatism）。然而，启蒙运动的中心进程似乎不再能继续了。前两个世纪根深蒂固地镶入思想家脑海的崇高观念，已经失去了大半的可信度。
科学却有它独特的发展。从1700年代早期开始，科学研究人员、科学发现和技术期刊的数目，每隔15年就会增加一倍，直到1970年前后，速度才开始平缓下来。科学不断地成功，使人们对“有规律、可以理解的宇宙”这个想法重新建立起信心。这原本是启蒙运动的基本前提，首先由培根和笛卡儿提出，接着在数学、物理学和生物学上逐渐成长茁壮。但是，化约主义成为启蒙运动的主要科学方法并带来无比的成功后，阻止了复兴启蒙运动中所强调的知识“整体性”。正因为科学的信息是以几何级的速度在增加，大多数研究人员并不关心知识统一的问题，更不在乎哲学思维。他们认为会捉老鼠的猫就是好猫，为什么还需要在这些事情上做深入的沉思？对于1700年代末出现的一种充满了禁忌、有关心智物理基础的学说、一种被高呼为由生物学进入社会科学的渠道的论调，他们更是迟迟不予置评。
