12世纪末，反神职主义（Anticlericalism）汇成一股洪流。信仰时代，存在着一种逃避、憎恶有组织、有神职体系的基督教的宗教神秘主义和情绪。可能随着十字军的归来，东方神秘主义的新浪潮开始流入西方：从波斯由小亚细亚和巴尔干半岛传来摩尼教的二元论和玛兹达教的共有主义；从伊斯兰教传来对偶像的唾弃、晦涩难解的宿命论和对教士的厌恶。十字军的失败，使人对基督教会的起源与支持是否出于上帝暗自怀疑。圣保罗派信徒受拜占庭帝国的逼迫，被逐西迁，由巴尔干半岛，带给意大利和普罗旺斯对偶像、圣礼及教士的蔑视态度；他们将宇宙划分成上帝所创的精神世界和撒旦所创造的物质世界，并认定撒旦即《旧约》中的耶和华。鲍格米勒（爱上帝者）派承其衣钵，正式成立并定名于保加利亚，流传于波斯尼亚一带。13世纪，他们屡遭战火的洗礼，仍然不屈不挠地奋力抵抗，却最终于1463年屈服于伊斯兰教，而非屈服于基督教。
约1000年，在图卢兹和奥尔良两地出现一个教派，从根本上否定神迹的真实性、浸礼令人重生的效能、圣餐中基督同在的说辞，及向圣人祷告的功效。有一段时期，他们并不受重视，继而被定罪。1023年，其中的13个教徒惨死在火刑柱上。类似的异端也在各地蔓延，并导致了康布雷及列日（1025年）、戈斯拉尔（1052年）、苏瓦松（1114年）、科隆（1146年）等地的叛乱事件。依据雷根斯堡的贝特霍尔德的推算，13世纪共有150个教派存在。其中有些团体只不过是在没有教士的聚会中，互相以方言朗诵《圣经》，自行解释疑窦丛生的经文，基本上并不乖离。其他如意大利的谦抑派（Humiliati），低地国家（Lowland）的贝吉安女修会（Béguines）、培进会（Beghards），大体上都与正统的主张吻合，所不同的一点在于它坚持教士应该清贫度日。主张此说的圣方济各修会，几乎也被视为异端。
瓦尔多教派不幸，难逃异端的劫数。约1170年，里昂富贾彼得·瓦尔多与数位学者合作，将《圣经》翻译成法兰西南部的方言。悉心研究译著的结果是，确认基督徒应模仿使徒诸贤的生活方式——个人无私产。除了部分财产给予其夫人外，其余的均分赠给贫苦无依的穷人，以传播安贫乐道的福音。他召集了一小群自命为“里昂的贫民”（poor men of Lyons）的人，让他们着类似僧侣的服饰，赤足或穿拖鞋，过着淳朴的生活，并互通有无地奉献出个人的所得。起初教士们并不介意，尚允许他们在教堂内诵经唱诗。但当彼得因过度地实践福音所言，而侵犯到别人的领域时，里昂大主教严厉地提醒他，唯有主教才有传道的权利。彼得于是在1179年前往罗马，恳求亚历山大三世准予其传道。亚历山大首肯彼得在当地教士的同意与监督下，得以继续传播福音。然而，彼得未征得当地教士的同意，便恢复他的传教事业。他的门徒皆是《圣经》的虔诚信仰者，对《圣经》中大部分的教义更是服膺于心。渐渐地，这种运动现出一种反教士的倾向，拒绝所有的教士职位，否认罪恶多端的教士们主持圣礼的效力，公认每位虔诚的信徒依本身禀赋赦免罪恶的权利。部分人士反对赎罪券、炼狱、化体论及向圣人祷告；有一团体认为“凡物必须公用”，另一些人更明白指出教会即是《启示录》中的“大淫妇”（scarlet woman）。至1184年，此教派终被定罪。其中一部分，称为“贫苦的公教”（Poor Catholics），在1206年为教会所招抚；但是，绝大多数的人仍信守不渝，此派由法兰西而传入西班牙和日耳曼。可能为了限制他们的蔓延，1229年，图卢兹会议明谕一般平信徒不应拥有《圣经》，除了拉丁文的《诗篇》及《定时祈祷诗文》外。这两卷书的其他方言译本因未经教会审查合格一概不准阅读。教会对异端采取高压手段，上千名瓦尔多派教徒殉道于火柱上。1217年，瓦尔多死于波希米亚。
12世纪中期，西欧的各城被许多异端教派败坏。1190年，一位主教称，“都市里充满着蛊惑众人的假先知”。单就米兰一地而言，新的宗派即有17种之多。其中最引人侧目的莫过于命名源于米兰贫民窟巴塔里亚（Pataria）的巴塔里亚教派（Patarines）。这一运动原是抗议富者而发，后来转变为反教士主义的一股力量，极力谴责教士买卖圣职、聚敛财富、结婚及私下纳妾的罪状。他们的主张可以一位倡议者的言论为代表：“教士的财富应该没收，财产则应公开拍卖；倘若他们抵抗，则任人抢掠教士的房宇，并将教士及其私生子逐出所居住的都市。”类似这种反教士的举动，先后发生于维特尔波、奥维埃托、维罗纳、费拉拉、帕尔马、皮亚琴察、里米尼等地。有时，这派人士控制人民的集会，占据市政府，并以公共事业的名义课征教士税收。教皇英诺森三世无奈，只得谕令伦巴底的特使，迫令市政官员宣誓不得委派异端人士。1237年，米兰的暴动“出言亵渎，恶言相向”，数座教堂受到“无以名状的猥亵”。
最具影响力的异端包括源于希腊文“纯洁”的清洁派（Cathari）；源自巴尔干的保加利亚教派（Bulgari）；源于法兰西阿尔比的阿尔比派。蒙彼利埃、纳邦及马赛等市由于经常与穆斯林和犹太人接触，外加来自波斯尼亚、保加利亚及意大利等异端中心地的商人不绝于途，变为法兰西异端的中枢。以朗格多克和普罗旺斯为主要据点，再伴随着商贾的足迹，逐渐流传至图卢兹、奥尔良、苏瓦松、阿拉斯及兰斯。法兰西中古文明已臻巅峰状态。主要的宗教表现得优雅大方，和睦相处，妇女装饰得十分华丽，道德规范已趋松弛，抒情诗人到处散播浪漫的气氛，所以与腓特烈统治下的意大利一样，文艺复兴的花朵已含苞待放了。1200年，法兰西南部的诸侯，除了理论上仍臣属于国王外，实际上已全然独立。区内图卢兹的伯爵是最大的领主，其所拥有的领地多于王畿的面积。清洁派的教义及仪式，一方面返璞归真地追求早期基督徒的信仰和方式，另一方面是受到西哥特人统治下法兰西南方阿里乌斯派的影响，同时综合摩尼教及其他东方思想而成的。他们有着黑袍的神父及主教称之为“完成者”（perfecti），于接受圣职时须宣誓离开父母、配偶、儿女，一生致力于“上帝及其福音……不接触女性，不杀生，除鱼类与菜蔬外，其他肉类、鸡蛋，或牛乳类食物均戒绝”。这些内容得自宗教裁判官萨切乔尼（Sacchoni）的报告，因清洁派本身所有的文献均已失散或遭毁；有关其教义与仪式，我们只得通过其敌对者的报告间接了解。一般“信徒”日后也须如此宣誓；然而他们仍可以食荤和结婚成家，但是为求得“圆满”的生活，必须脱离公教教会，而且向任何“完成者”致以问候时，也得虔诚地跪拜三次。
依照摩尼教的理论，清洁派将宇宙划分成善良（Good）、上帝（God）、灵（Spirit）、天堂（Heaven）、邪恶（Evil）、撒旦（Satan）、物质（Matter）及物质世界（material universe）。目光所能及的世界是撒旦所创的，并非上帝的杰作。所有的物质皆属邪恶，包括耶稣殉难的十字架、圣餐上的圣饼。耶稣提到饼时，只是用比喻的方式说道：“这是我的身体。”所有肉体都属物质，凡与它接触过的即是不洁净的；一切性交均为罪恶；亚当和夏娃所犯下的罪状即是交媾。据反对阿尔比派的人士所描述，此派弃绝圣礼、弥撒、偶像崇拜、三位一体说及童女生子说；基督是一位天使，但与神原非为一。据说他们反对私产，赞成共享。伦理上以基督的“登山宝训”为依归。对敌人应该友爱，对贫病者应加体恤，不起誓，保持和睦。武力总是缺乏道德的根据，甚至使用武力对付异教徒，也是不可容忍的事；极刑即为死刑；每个人均应确认，上帝虽不使用卑鄙的手段，终将胜过恶魔。此派的神学理论否认地狱与炼狱的存在；每个灵魂都将得救，其间只不过须经过多次灵魂净化而已。一个人清净无垢地逝世，才得登上天堂。因此，在离开世间之前，必须接受清洁派神父最后的“慰灵复手礼”（consolamentum），涤除灵魂上一切罪污。清洁派教徒于病入膏肓时，方接受此礼。圣礼后而告痊愈的教徒，很容易再感染上新的不洁，此生再也不能获得洗礼。因此，行礼后而告病愈是莫大的不幸。为避免这个悲剧的产生，有人控诉说：阿尔比派神父常说服康复的教徒，以绝食了此残生而入天堂。有时，甚至征得病人的同意，直截了当将病人窒息而死。
若是清洁派不主动抨击教会，教会人士可能不加理睬，任其自生自灭。此派教徒否认教会是基督的教会；圣彼得未曾驾临罗马，更没有创设教皇统治；教皇是皇帝的继承者，而非基督使徒的衣钵者。基督在没有枕头的地方休息，教皇却生活在皇宫中；基督一文不名，而基督教的高级教士则腰缠万贯。清洁派教徒认为这些养尊处优的大主教及主教、属世的神父、肥胖愚钝的修道士，尽是昔日法利赛人的再生。罗马教会简直是巴比伦大淫妇，教士团体乃撒旦的会众，教皇则是反对基督之人。他们谴责十字军的鼓动者为刽子手，其中许多人更取笑赎罪券及圣徒遗物。据称，一群教徒造了一座丑恶、独眼、残废的圣玛利亚雕像，并佯装行了许多奇迹，取信于民后，才表露出其为捏造之事。当时的抒情诗人不满教会的伦理观念，对于新教派也未全然苟同。然而，清洁派的许多观点常出现于他们所著的许多诗歌中。著名的抒情诗人，除了两位之外，都被认为是偏袒阿尔比派的。这些抒情诗人对朝圣、忏悔、圣水及十字架都极尽讽刺之能事，将教堂称为“贼窟”（dens of thieves），教士为“叛徒、骗子、伪君子”。
法兰西南部的天主教教士和民间团体，曾经宽宏大量地容忍清洁派的存在，人民得以依其心愿，自由选择新旧宗教的信仰。天主教与清洁派的神学家曾数次公开辩论，其中一次发生在1204年的卡尔卡松，双方在罗马教皇特使与阿拉贡国王佩德罗二世御前公然辩论。1167年，来自多个国家各支派的清洁派教士聚首一堂，讨论并制定清洁派的教义、戒律及行政措施，休会期间并未受到任何干扰。然而，当时的贵族蓄意打击朗格多克的教会，因为教会富贵无比，土地绵延千里；而贵族们反显得捉襟见肘，因此铤而走险，开始掠夺教会的财产。1171年，贝济耶子爵罗杰二世洗劫一座修道院，并将主教下狱，同时派遣一位异教徒随时就近监视。当阿莱特（Allet）的僧侣推选一位不合子爵心意的僧院院长时，他立刻焚毁修道院，监禁修道院长。修道院长逝世后，称心快意的子爵将其尸体移置讲坛，要求僧侣们推举一位合意的继承人。弗瓦（Foix）伯爵雷蒙·罗杰驱逐帕美修道院的院长和僧侣；听任马匹进食圣坛上的燕麦；其属下甚至以耶稣受难像的手足充作杵来捣辗五谷，又以耶稣雕像为鹄的，一较射术的高下。图卢兹伯爵雷蒙六世夷平数座教堂，迫害穆瓦萨克（Moissac）的僧侣，终被处以破门律（1196年）。然而，被处破门律对法国南部的贵族而言，简直是无关痛痒的芝麻琐事，他们更加毫无顾忌地皈依清洁教派。
1198年，英诺森三世继任教皇时，认为邪说的蔓延，危及天主教和国家的生存。他对教会组织赋予崇高的希望，同时认为教会是对抗人类暴乱、社会不安及皇室不法的主要堡垒。现在教会的根基正面临挑衅，财产遭受劫掠，尊严扫地，被蓄意曲解与讽刺，虽然其中有部分事实存在，他也不可能无动于衷。国家难免有贪官污吏等冗员及其他弊端，但仅因此而否认它的存在价值，是拙不可及的愚行。长期的社会秩序如何能建立于禁止婚嫁与劝导自杀的础石上？任何经济如何能于崇尚贫穷与放弃私产的刺激因素下繁荣呢？若是婚姻制度付诸阙如，两性之间及子女的抚养关系，如何能避免倾轧的危险？教皇认为清洁派教义原为极无意义之论，只因一般民众的无知，致使其产生极坏的影响。正当十字军远征巴勒斯坦的异教徒时，阿尔比派却在基督教世界中心倍加成长，试想十字军们心中的感觉如何？
英诺森三世接任教皇两个月后，谕令加斯科尼（Gascony）地区奥士（Auch）的大主教：
圣彼得的扁舟屡遭暴风雨的吹袭而在海上颠簸不止。但是最令人惋惜的……乃是我们面临着史无前例的逆境，可恶的异端传教士，百般地诱惑着愚昧无知的人民的灵魂。凭借他们所制定的迷信，故意曲解《圣经》的本意，图谋破坏天主教会的团结统一。由于……加斯科尼及其邻近地区的邪说方兴未艾，我们期望你及其他主教能全力抗拒这股逆流……我们严令你竭尽所能，扑灭一切异端，并将所有邪说的信徒逐出你的管区……必要时，呼吁贵族与人民揭竿而起，阻遏异端的流传。
奥士的大主教，生性宽大，对人对己均是如此；对于教皇的谕令，阳奉阴违。教皇派遣特使强制执行谕旨，而纳邦的大主教和贝济耶主教皆抗命，拒绝与其会晤。其时六位贵妇在弗瓦伯爵妹妹的领导下，公然于贵族环立的典礼中，皈依清洁派。教皇只得改派精明能干的西多会会长阿尔诺德为特使，调查法兰西全境，同时委以赦免协助清剿清洁派教徒的法兰西国王和贵族的权力。教皇同意以其他按兵不动的贵族的土地，转让给“奥古斯都”菲利普作为他攻击阿尔比异端的交换条件。“奥古斯都”菲利普刚从诺曼底凯旋归来，兵疲马困，需要时间休养生息，而加以婉拒。图卢兹的雷蒙六世只答应设法说服异端，不愿干戈相对。教皇愤而处其破门律，他被迫应允，待教皇赦免他后，再度拒绝。一位受罗马教皇特使命令负责扫荡清洁派教徒的骑士称：“我们怎能下得了手？他们曾经与我们一起生活，有些又是我们的亲戚，何况他们的生活并无不当之处。”来自西班牙的圣多米尼克（St.Dominic）以身作则，以圣洁的生活说服民众，令人心悦诚服地皈依天主教。本来以这种方式和教士的革新可能轻而易举地化解这个问题。不幸，罗马教皇特使皮埃尔·卡斯特劳（Pierre de Castelnau）被杀，凶手骑士投奔雷蒙。教皇十年怀柔的耐心尽付诸东流，一改而采高压政策。首先将雷蒙及其同路人处以破门律，终止他们领有土地的权利，转让给任何有能力占有的基督徒。更招募各国基督徒组成十字军，共同讨伐阿尔比派教徒及其保护者。“奥古斯都”菲利普允许属下的男爵应征，其他来自日耳曼和意大利的军队也不绝于途。这些军队比照巴勒斯坦十字军，享受免罪的权利。雷蒙为求宽赦，不惜当众忏悔（袒胸露背于圣吉列斯教堂中受惩），在接受教皇的赦罪后，又参与1209年的圣战。
朗格多克的居民，不论贵族或庶民，全都识穿北方贵族和士兵打着宗教的旗帜、骨子里却热衷于攫取他们的土地的诡计。因此，他们同心协力抗拒北方的南侵，甚至正统基督徒也不例外。十字军迫近贝济耶时，通告交出天主教主教列出的异端教徒，避免战争的浩劫。城中将领们答以宁愿死守，无意交出异端教徒。十字军攀登城堡，攻占贝济耶，不分皂白地屠杀20万男丁、妇人及小孩；甚至躲藏在教堂里的也没能幸免。20年后，一名西多会的僧侣海斯特巴赫的恺撒里乌斯写道：当人民问及罗马教皇特使阿尔诺德是否赦免天主教徒时，他回答道：“全部杀死他们，上帝知道他自己的子民。”这或许是他担心有些俘虏可能暂时伪称天主教徒所致。贝济耶被夷为平地，十字军在雷蒙的率领下，继续指向雷蒙的侄儿罗杰伯爵的最后据点卡尔卡松。城堡终被攻破，罗杰死于痢疾。
此役中表现最英勇的是孟福尔（Simon de Montfort）。他1170年诞生于法兰西，是巴黎附近孟福尔侯爵的长子；由于他母亲的英格兰血统，终于继承列斯特（Leicester）伯爵的封地。如同当时的许多人士，他也会虚张声势地寓虔敬于战争之中，天天弥撒，仁心昭彰，而远征巴勒斯坦时却又功名显赫。在罗马天主教特使的唆使下，他率领一支4500人的小队伍，转战各地，攻无不克，并给予人民宣誓信仰罗马天主教或为其异端信仰而殉道的机会。其间上千的人宣誓成为天主教徒，然而成百的人甘愿殉道。四年的征伐，除图卢兹外，几乎征服雷蒙伯爵所有的领地。1215年，图卢兹也慑于雄威，开门投降；蒙彼利埃高级教士会议，罢黜雷蒙伯爵，并将其头衔和大部分的领地转封给孟福尔。
教皇英诺森三世对此深不以为然。对十字军任意夺取无辜人士的财产，海盗般地掠劫与杀戮，他感到十分震惊。他体恤雷蒙的苦楚，赠给养老金，并且在教会的监督下，以其固有领地的一隅转交其子继承。等雷蒙七世成年，收复图卢兹城。孟福尔不幸于率兵攻城中阵亡（1218年）。教皇适于此时驾崩，十字军告终。阿尔比派教徒在新任图卢兹伯爵宽宏大量的统治下，再度复苏过来。
1223年，法兰西路易八世提议，只要教皇洪诺留三世同意他占有雷蒙的领地，他愿肃清雷蒙七世领地内所有的异端邪说，并罢黜雷蒙七世的官禄。我们不知教皇如何回复。但是，另一支十字军再告风起云涌，路易突然逝世于蒙特蓬西尔（Montpensier），功败垂成。雷蒙眼见卡斯提亚的布朗歇代理路易九世摄政，便乘机提议以其女儿珍嫁予路易的兄弟阿尔丰斯（Alphonse），并且同意雷蒙逝世时，他所辖领地由女儿珍及女婿继承。布朗歇正苦于应付叛离的贵族，因此欣然接受雷蒙的和议。教皇格列高利九世也因雷蒙保证镇压所有异端而予以批准。1229年，终于在巴黎签订和约，30年来阿尔比派所带来的倾轧与战争，得以告一段落。正统教派获得胜利，容忍的作风也告终止。纳邦会议禁止平民保有《圣经》的任何部分。法兰西南部封建制度蔚然成风，城邦自由为之没落，抒情诗人浪漫时代也烟消云散。雷蒙驾崩，领地当然由珍及布朗歇继承；他们于1271年逝世，图卢兹广大的土地自然地并入路易九世法兰西王国的领土。法兰西中部于地中海拥有自由商港，法兰西统一更迈进了一大步。
