为什么基督徒和犹太人彼此仇恨？毫无疑问，最偏颇也最长久的原因是宗教教义上严重的冲突。犹太人一直是基督教基本教义永恒的考验。
这种宗教上的仇恨引起的种族隔离先是自愿的，后来是强制执行。1516年发布第一个设立犹太人居住区的命令。这种隔离强调了服饰、风度、容貌、崇敬对象及语言的不同，这些不同又促成了彼此的不信任与恐惧，而这种恐惧造成了仇恨。犹太人转而视不与基督徒通婚为荣耀，他们夸言自己是早于基督之前1000年即统治以色列的诸王之后。他们鄙视基督徒，说他们是怀疑心重的多神主义者，反应迟钝，口口声声所说的尽是包藏祸心的温文伪善，一面崇拜“和平的王子”，却一再引起阋墙的战争。基督徒则耻笑犹太人是外邦人，惹人厌的不忠之人。托马斯·莫尔叙述过一个故事，说有一个虔诚的淑女知道“圣母”竟是个犹太女人时颇为震惊，她还坦白地说，从那次以后她无法再像从前一样炽热地爱着“上帝的母亲”了。
圣餐的理论造成了犹太人的悲剧。基督徒被迫相信，教士祝福过的无酵面包做成的圣饼化为基督的肉和血。有些基督徒，如洛拉兹等人就怀疑这种说法。神圣化的圣饼在碰到刀尖或针尖时会流血的传说坚定了信仰。除了犹太人之外，还有谁会做出这么残忍的事？在中古时代后期极流行“圣饼”的传说，如在瑙堡（帕萨德附近）1338年就有过，布鲁塞尔在1369年也有过。这种断言造成了谋杀犹太人，烧毁其家园的事情。布鲁塞尔圣古杜尔（St.Gudule）大教堂里就曾建造一座礼拜堂来纪念1369年“圣饼”流血，而这种奇迹每年都以节日庆祝，这个庆典后来成为一个专门的活动佛兰芒庙会（Flemish Kermess）。瑙堡城的某职员就承认，他先把未神圣化的“圣饼”浸在血液里，然后把它藏在教堂中，再指控犹太人用刀戳它。附带说明一下，像库沙城的尼古拉等开明的教会人士，也指责这种犹太人触犯“圣饼”的传说为可耻的事。
宗教的仇视背后隐藏着经济方面的对立。基督徒尊重教皇禁止放息的规定，使犹太人在基督教世界里几乎垄断了贷款行业。基督徒的银行家不顾禁令，如佛罗伦萨的巴迪·皮蒂（Bardi Pitti）和斯特罗齐（Stroi）等商号，奥格斯堡城的维尔塞斯、赫斯泰特和富格尔等行号起来向这种垄断挑战时，新的冲突已告形成。基督徒和犹太人的银行家都索高利，反映出在不安定的经济中贷款的风险。抬高物价使货币贬值，造成更不稳定的经济。犹太放款人所冒的风险比与他们竞争的基督徒为大：因为基督徒欠犹太人的钱很可能收不回来；十字军东征期间教会当局就宣布过延期偿付；国王可能，事实上的确也曾经向犹太人课征没收税，或强行向他们“贷款”，或放逐犹太人、赦免欠债人，或在许可的款项中强分一份。在阿尔卑斯山以北的地区，除了商人以外的各阶层人士都认为利息即高利贷，尤其在向犹太银行家贷款时更是如此责骂他们。一般说来犹太人理财最富经验，因此有许多国家的国王雇用他们来管理国家财政。眼看犹太富翁霸占厚利的职位来向人民课税，人民普遍地感到不满。
虽然如此，某些基督教社区仍欢迎犹太银行家。法兰克福给他们某些特权，条件是利息不得超过33％，他们对别人则是43％。这个数字看来吓人，但是我们也听说过基督徒贷款予人的，索取266％；纽伦堡城的霍茨库赫尔（Holzschuhers）在1304年就要过220％；布林底希（Brindisi）城的基督徒贷款时索要240％。我们也听说某些城镇呼唤犹太银行家回去，因为他们比基督徒同行更宽大。拉文纳（Ravenna）在与威尼斯签订的条约中规定，为了发展农业与工业，必须把犹太籍的财政专家送返该城开办贷款银行。
民族主义是这种仇恨的另一个因素。每个国家都认为自己需要在种族和宗教方面统一，因而要求犹太人皈依。有许多教会委员会，还有许多教皇，仇恨的态度达到侵略性的程度。维也纳公会（1311年）曾禁止基督徒和犹太人的一切往来。札摩拉公会（Zamora，1313年）规定犹太人必须臣服、受奴役。巴塞尔公会（1431—1433年）重新规定禁止基督徒和犹太人交往的教规，同时禁止为他们服务或用犹太人为医师，指示世俗的有关当局把犹太人约束在特定范围内，强迫他们佩戴醒目的徽章，并且确保他们参加宗教聚会，以使他们皈依。教皇尤金四世在与巴塞尔公会发生纷争时也没有放松对犹太人的限制：他确认该公会规定的无资格的项目上，更加上一点，即犹太人不得任任何公职，不得继承基督徒的遗产，不得增建犹太教聚会所，必须留在家中，关起门窗来度过复活前的第二周（对于基督教的暴行来说，这一条款规定得妙极）；更有甚者，犹太人不利于基督徒的任何见证在法律上一概无效。尤金埋怨说有些犹太人在谈到耶稣和玛利亚时极不恭敬，这也许是事实：恨上加恨。其后的教皇敕令中尤金下令，意大利境内的犹太人若被发现阅读犹太法典的文献，其财产将被没收。教皇尼古拉五世也委托凯皮斯特拉诺城的圣约翰（1447年）负责确实监督他这严苛的立法的执行，授权给他，把任何为基督徒治病的犹太医师的财产充公。
虽然许多这样的规定，一般基督徒民众对犹太人还是极为友好的，这是人类以及动物在彼此利益不相冲突时发自内心的本性。在大多数社会中，总有少数不反对施酷刑的人，虽然这种行为大部分人不屑为之。以向“圣地”出发为目的而组成的牧人帕斯托瑞克斯（Pastoureaux）在途经法境而惹流氓注意（1320年），他们决定格杀不愿被施洗的犹太人。图卢兹城有500名犹太人到一个塔中避难，一群狂怒的民众包围他们，要他们挑选施洗或死亡。该市市长设法营救，却归无效。在发现自己无力抵挡时，这些逃难的人要求他们中力气最大的把其余同行杀死。据说，就这么死到只剩一名，而这名生还者虽答应受施洗，也被群众撕成肉块。法国南部和西班牙北部120个犹太人社区就以同一方式被毁，只剩下极少数的幸存者。1321年，在一项井中下毒的指控下，有120名犹太人被烧死在希农城附近。1336年，一名德国狂热分子宣称他得到上帝的启示，命他杀死犹太人为基督之死报仇。他集合了5000名农夫，这些人手臂上佩戴皮环，自称“阿姆勒德”（Armleder）。他们从阿尔萨斯到莱茵河区，把看得见的犹太人悉数杀光。谋杀狂蔓延至巴伐利亚、波希米亚、莫拉维亚和奥地利等国（1337年）。教皇贝尼狄克特十二世阻止无效，只有在拉蒂斯邦（Ratisbon）和维也纳两地的犹太人才有效地被保护，其他各地数以千计的犹太人被凌迟、屠杀。
对于基督教世界里的犹太人来说，黑死病是他们最大的悲剧。同一场瘟疫在亚洲也使蒙古人、穆斯林和犹太人死去，却没有人责怪犹太人。然而，在西欧，有一大堆因瘟疫的蹂躏而疯狂的百姓指控犹太人为了想赶跑所有基督徒，所以在井里下毒。狂热的想象力更是把事情说得活灵活现：说托利多城里的犹太人派遣大批人马，携带一盒盒用蜥蜴、基督徒的心脏研制成的毒药，到欧洲各处，把这些粉末投入井中或泉水里。查理四世认为这种指控太过荒谬，教皇克莱门特六世也持同样看法，许多市镇长和城市议会也持相同见解。基督徒之间流传着一种骗人的说法，说犹太人只有极少数感染瘟疫。某些城市中——或许是由于保健法规和医疗服务的不同——他们受到疫病侵袭的程度没有基督徒严重；但在许多地方——维也纳、累根斯堡、亚威农、罗马城等——犹太人得病的机会也跟基督徒一样大。然而，有些犹太人在被施刑之后招认他们散发毒药。基督徒封闭井、泉，饮用雨水或融化的雪。法国、西班牙和德国都发生过惨绝人寰的悲剧。法国南部某镇整个犹太社区全部化为灰烬。萨伏依城里所有的犹太人、利曼湖畔所有犹太人及伯恩、弗里堡、巴塞尔、纽伦堡、布鲁塞尔等城的犹太人也全被烧死。克莱门特六世再度公开指责这种恐怖和指控，宣布犹太人无辜，同时指出，没有犹太人居住的地区瘟疫也跟其他地区同样严重。他要求各教会约束该教区的居民，并将杀死犹太人或诬告犹太人的人驱出教会。不幸，斯特拉斯堡城的主教加入指控犹太人的行列，并劝那些不情愿的市议会驱逐所有犹太人。老百姓认为这个手段太过温和，便把议会解散改组，新议会下令逮捕市内所有犹太人。有些逃到乡下，其中有好多被农人打死。留在市内的2000名犹太人被捕入狱，被迫接受施洗；有一半答应，其余一半因不答应而被烧死（1439年2月14日）。共有510个犹太社区在基督教统治下的欧洲被毁灭，更多的社区被大肆破坏——在萨罗戈萨城里，黑死病的瘟疫后每5个犹太人之中只有一名得以幸免于死。据估计，欧福城有3000名犹太人被杀，巴伐利亚则更高达1.2万名。在拉比乔纳的劝告下，维也纳城里全部的犹太人聚集在聚会所里自杀；沃姆斯、奥本海姆、克雷姆斯和法兰克福等地也发生过类似的集体自杀事件。一股逃亡的恐惧把数以千计的犹太人从西欧带到波兰或土耳其。在我们这个时代之前，实在很难在所有屠杀的记录中，找到一个比黑死病期间犹太人被集体屠杀这件事更野蛮的了。
德国在黑死病中幸存的犹太人缓慢地爬回遗弃过他们的城市，重建他们的聚会所。不幸的是，他们在被亏待之后被恨得更深。1385年，斯华比亚联盟的36个城镇都狱禁镇上的犹太人，只有在取消他们欠犹太人的债这个条件下才答应释放他们。这对于纽伦堡来说是个好消息，因为他们向犹太人借过7000镑。1389年，有一大批犹太人因被控亵渎神圣化了的圣饼而被集体屠杀，波森（Posen）城内的14名犹太人也以同一种理由被烧死（1399年）。借着各种理由，犹太人被迫离开科伦（1424年）、施派尔（1435年）、奥格斯堡（1439年）、符兹堡（1453年）、欧福（1458年）、美因茨（1470年）、纽伦堡（1498年）、乌尔姆（1499年）诸城。马克西米里安一世正式下令把他们逐出纽伦堡，理由是“他们人数极众，而且他们的高利贷，他们已把许多值得尊敬的百姓的全部财产占去，使他们既小气又不名誉”。1446年，所有勃兰登堡的犹太人都被囚禁，他们的财产被充公，其理由据该城大主教史蒂芬所说的是用来掩饰贪婪：“由于无限度的贪婪心的驱使，那些王子的行为极不正当，无正当理由就抓了某些犹太人，把他们扔入牢里，并且拒绝补偿他们从犹太人手中抢来的财物。”1451年，库沙城的红衣主教尼古拉——15世纪最开明的人士之一——强迫经他审判过的犹太人佩戴徽章。两年后，约翰接管卡皮斯特拉诺城，身兼教皇尼古拉五世驻德国、波希米亚、莫拉维亚、西里西亚和波兰诸国的特使。他在那极具影响力的布道中控告犹太人杀婴，并亵渎“圣饼”——这些指控先前诸教皇都认定是谋杀性的迷信。巴伐利亚诸公爵在这场“清除犹太人”运动的驱使下，把所有希伯来人赶出他们的公国。在法兰哥尼亚（Franconia），曾经给过他们完全的特权的符兹堡主教如今也驱逐他们，一镇接一镇地，犹太人被逮捕，欠他们的钱也都被赖掉。布勒斯劳（Breslau）城里有许多犹太人在卡皮斯特拉诺令下入狱。他亲自监督行刑，迫使有些犹太人招认罪名。根据这些供词，共有40名犹太人在柴堆上被活活烧死（1453年6月2日）。其余的犹太人也遭放逐，子女被强行抢去施洗。
累根斯堡城里犹太人的困境可作为这个时期的代表。一个名叫汉斯·沃格尔（Hans Vogel）皈依基督教的犹太人谣传说一个名叫伊斯雷尔·布拉纳（Israel Bruna）75岁高龄的犹太教牧师曾向他买过一个信基督教的小孩，然后杀死他，取其血在某次犹太人的庆典中使用。百姓都相信这一指控，并大喊处他死刑。该市议会为了从群众当中挽救该老者，便把他拘入狱中。腓特烈三世皇帝下令释放。市议会不敢从命，却逮捕沃格尔，对他说他非死不可，并要求他认罪。他承认布拉纳确系无辜，因此该牧师即被释放。不幸消息传到累根斯堡城，说被拷刑的某些犹太人承认他们在特拉特城杀过一个小孩。相信沃格尔的指控的人又起来说话。于是市议会下令逮捕了累根斯堡城内所有犹太人，并没收全部财产。腓特烈过问此事，对该城处罚金8000基尔德。市议会同意释放犹太人，条件是由他们来付这笔罚金，加上1万基尔德的保证金。犹太人答称他们财产的总和也不足1.8万基尔德，他们根本筹不出这笔钱。因此他们又被关了两年，然后才获释放，释放时还得发誓不离开累根斯堡城，也不寻仇。教会人士又不满于犹太人被放逐，并威胁道，任何售物给犹太商人者即将之逐出教会。1500年，只剩24家犹太人，这24家人到1519年又被驱逐出境。
犹太人被驱出西班牙的情形已如上述，对该国的影响至关紧要。在葡萄牙境内，克莱门特七世在查理五世驱使之下允许葡萄牙教会的高级人士设立宗教裁判所（1531年）来强制这些“新基督徒”——大多数是非自愿地被施洗的犹太人——信奉基督教时，行刑之风再度吹起。他们采用严苛的托尔克马达（Torquemada）律法，派奸细监视这些皈依者是否举行犹太教的宗教仪式，使数以千计的犹太人被关入牢里。犹太人不得移民，因为葡萄牙依旧需要他们在经济方面的贡献。为了防止逃亡，基督徒不得向犹太人购置恒产，而数以百计的犹太人因企图逃离国境而被烧死在柴堆上。这些措施使克莱门特极感惊讶，也许因他收受犹太人的礼物而动摇了心志，废止了葡萄牙宗教裁判所的权力，下令释放其中的囚犯，归还充公的财物。在他1532年10月17日所公布的敕，对皈依的人订了以下比较人道的原则：
由于他们是以武力强行施洗者，因此不得认为他们是教会的一员。仅凭道听途说之言就处罚他们，违背了公正、和平的原则。至于最初的马拉诺斯（Marranos）的子女，情况又不同，他们是自愿加入而属于教会的成员。然而，由于这些人由其亲戚在犹太教世界中养大，而不断目睹这种例子，仅因他们保留犹太人的风俗与信仰就以教会的法令来处分他们，未免太残忍。这些人应该好好对待才是，应该把他们纳入教会的怀中。
从他于1534年7月26日发布的那份简短的文告中，我们可以看出克莱门特的态度极为诚恳，那份文告指示教廷驻葡萄牙特使尽速释放那些被拘禁的皈教者。
教皇保罗三世继续努力协助葡萄牙境内的犹太人，前后释放了1800名囚犯。不幸，查理五世远征突尼斯获胜归来时，他下令重设葡萄牙的宗教裁判所，以为酬劳。保罗勉强同意（1536年），但是附带的条件使约翰三世国王认为是抵消了他的同意：条件是被告与原告对质，被判罪者有权向教皇申诉。某个狂热的皈依者在里斯本大教堂钉上一块布告来帮助宗教裁判官，布告上有一段挑衅性的文字：“弥赛亚仍未出现；耶稣并非弥赛亚；基督教是谎言。”因为这种文字显然是为了害犹太人而写的，我们可以很合理地怀疑某煽动者。保罗派大主教组成的委员会去调查葡萄牙宗教裁判所的情形，该委员会报告说：
假基督徒被谴责时——通常都因作假见证——宗教裁判官就把他拉到一处幽暗、不见天日的地方，不许和朋友交谈，以免他们援救他。他们以模糊的证据控告他，也不告诉他被控告犯法的地点与时间。然后，他获许请个辩护人，而这个辩护人往往不但不为他争辩，反而促使他走向行刑的柴堆。就这么让这个不幸的人承认他是坚信基督的人，而坚决否认他被控告所犯的罪，再判决应烧死，再没收他的财物。让他承认他犯了如此这般的罪，虽然并非出于故意，他们也用同样的方法来对待他，所借的托词是他故意否认他的恶意。让他自由地完全承认他被控告的罪名，他可免除死刑，却被关入永无翻身之日的水牢里过凄惨的日子。而他们竟称之为慈悲、同情与基督教的仁慈对待被告！就算他果真能证明自己的清白，也被判缴纳罚金，以免人家说无缘无故地逮捕了他。被关进牢里的被告都因吃不消各种刑具而承认被指控的罪名。好多人都死于囚中，而被释放的人，连同他们的亲戚，一辈子都得背着不名誉的罪名。
保罗虽然在政治发展上受到阻挠，冒着如利奥丧失德国、克莱门特丧失英国一样丧失西班牙与葡萄牙的危险，也尽力缓和宗教裁判所。然而恐惧与日俱增，在葡萄牙境内的犹太人总算发现，不管所用的方式成功的机会多么渺茫，他们仍可以逃离他们的主人，和西班牙的犹太人一道去寻觅基督教世界或伊斯兰世界里容许他们保存他们的“律法”，也容许他们活下去的角落。
