·在欧洲
迭戈·雷恩斯（Diego Laynez，1565年）逝世之后，耶稣会选择弗朗西斯科·布乔亚（Francisco Borgia）为总会长，他的性格与事业是当代最热心的。他家庭富有，是教皇亚历山大六世（Alexander Ⅵ）的孙子，后来成为甘迪亚公爵、加泰罗尼亚（Catalonia）总督、诸王的朋友。他在1546年加入新教团，把个人财产全部捐出，以一生苦修虔诚被谥封为圣徒。埃韦拉德·墨古利安（Everard Mercurian）继他成为总会长，在历史上未留下事迹，但卡兰迪奥·阿夸维瓦（Clandio Aquaviva）以智慧与圆滑引导此会度过了艰苦的34年（1581—1615年），因此很多耶稣会修士都把他列为自罗耀拉（Loyola）以来所有会长中最崇高的一位。当他接掌该会时，大约有5000名耶稣会士，他死时已达1.3万名。
在他指导下，一个耶稣会学者组成的委员会拟定成立（1584—1599年）“设计研究会”，这个组织继续到1836年以决定耶稣会大学中研究的程序与方法。（这些学校）招收11岁到14岁的男孩，6年的课程中3年学希腊文、拉丁文和文学，其余3年学习最广义的哲学，包括自然科学、理则学、形而上学和伦理学。舆论认为这些科目都教得非常好。哲学是经院学派的，但是目前还没有为人所接受的代替品。生物和现代俗世史，正如当时所有的学校一样，颇被忽略，也许因为动物为求生存而竞争的惨状，和人间几乎不间断的战争史实都违反纯洁的信仰。整体说来，“设计研究会”是中世纪和文艺复兴之间很有技巧的妥协。令人惊讶的是，耶稣会士欢迎戏剧的再生。他们翻译、写作并排演剧本，且发觉对学生而言，戏剧是训练演讲与口才的好方法，在舞台安排与布景方面他们走在时代前端。他们用辩论来训练机智和推理能力，但是他们不鼓励老师和学生思想的独创。他们的目的显然是产生一个受过教育却保守的优秀分子，可以在智慧和行动上领导，但是不被教条中的疑点困扰，且坚信天主教教规。几乎在所有例子中，耶稣会学校都是由世俗的权威人士、教会领袖或有钱的个人所建立或供养，但是耶稣会却有完全的控制权。虽然有几个大学是特别为贵族子弟建立的，大部分（几乎全部）免费对任何有资格的学生开放，无论其贫富。教师们通常都是教团会员，执教方面比新教的教师优良。他们是奉献的，不收报酬的，他们的教士服与苦修使他们具有宗教权威，不必运用恐惧及肉体的惩罚而能维持其纪律。很多新教徒把子弟送往耶稣会大学，希望他们不仅在古典学科方面得到良好的教育，也在道德、礼仪和性格上得到高超的训练。“至于教学法方面，”弗朗西斯·培根写道，“最便捷的规则就是‘请教耶稣会学校’，因为从来没有其他更好的方法。”1615年耶稣会有372所学院，1700年增至769所学院以及24所大学，遍及全世界。在天主教的国家中，中学教育几乎完全落入他们手中，使他们在形成国家心智方面具有很大的影响力。
在天平的另一端，他们也对国王们进言。阿夸维瓦禁止他们担任皇家的听告解的神父，也不鼓励他们参与政治。然而，就在阿夸维瓦活着的时候，皮埃里·科顿（Pierre Coton）神父曾接受亨利四世的邀请，成为他的宗教导师。后来耶稣会还同意了他们最杰出的学生伏尔泰的看法，认为塑造一个国家最好的办法就是塑造该国的国王。到1700年他们已担任了好几百位显贵的告解神父。女人尤其有感于他们良好的仪态以及他们对世界容忍的态度。由于担任重要女人的告解神父，这些聪明的神父便成为重要的人物。
他们坦白宣称他们想与人类打成一片，而不想在修道院中孤立自己，于是他们使道德观念适应俗人根深蒂固的风尚。根据他们的判断，严格的基督教伦理只有隐士和圣人可能实践，人性的本质要求对于完美的规则有缓和的余地。这种伦理教条的调整已有先例，亚里士多德对柏拉图的完美主义进行修正，犹太法学家也曾使古老的希伯来法律适应都市生活的新情境。虽然在他们自己的教规中——通常在他们的实际生活中也如此——耶稣会轻视肉体，但他们了解肉体，所以给予肉体道德上的余地，以免罪人被迫反叛而不再效忠教会。为了减轻基督教规与人类本性之间的紧张，耶稣会和其他神学家发展出是非论——道德规条应用于各种特殊情况的理论。
大体说来，耶稣会在神学上倾向于自由观点。某些人如莱斯神父和卢万的哈姆（Hamel）神父（1585年）等，认为不必尽信《圣经》中的每一个字及每一规条都是上帝启示的结果。几乎所有耶稣会修士都强调经院哲学的信条，认为俗世政府的权力是由人民得来的。而不少人如胡安·马里安纳（Juan de Mariana）和布森鲍姆（Busenbaum）等则布道说，人民有权通过合法的代表，罢黜甚至杀死一个“坏”国王，但是这种情形下所谓的“坏”是指异端而言。对民主的强调，可能源于耶稣会修士的欲望，对罗马表示“教皇绝对权力主义者”的效忠，要提高教皇统一、神圣的至高权威。与马丁·路德相反，耶稣会修士提倡努力工作的目的在于获得解脱，反对强调原罪，而且他们以重新肯定自由意志来补偿圣保罗、圣奥古斯丁、路德、约翰·加尔文和詹森·科尼利斯（Jansen Cornelis）等人的黑暗宿命论。一位葡萄牙的耶稣会修士卢斯·莫里那（Luis Molina）曾掀起一阵神学狂热，因他力言人类经由自己的意志及努力可以决定他永恒的命运，而人的自由选择可以与神意并行，甚至克服神意。圣多米尼克修会神学家谴责他为异端，耶稣会起而为他辩护。论战愈演愈烈，克莱门特八世下令双方保持冷静（1596年）。
耶稣会较合人情的伦理观，加上他们的基本概念，他们保守的组织及遍布各地的力量，使世俗的天主教教士不欢迎他们，新教派更痛恨他们。博罗梅奥·圣查理教士控诉他们对于有权势的罪人过分宽大。沙比说，如果圣彼得曾受到某位耶稣会告解神父的指导，他可能摒弃基督而仍没有罪。继阿夸维瓦担任耶稣会总会长的马迪奥·维特里斯基（Mutio Vitelleschi）警告他的教团说，该团急于积聚财富已引起广泛的指责。英国的新教牧师，他们承认君主以神权统治国家，而震惊于耶稣会所主张的人民主权及在特殊时机可弑君之观念。罗伯特·菲尔默（Robert Filmer）指斥枢机主教贝拉尔米内的意见，“世俗的权力……在于人民，除非他们把它赋予某一位君主”。德国新教派攻击耶稣会是“地狱吐出来的魔鬼产物”，有些人要求把他们当作女巫钉在火刑柱上烧死。1612年波兰出现《秘密检查》（Monita Secreta）一书，其主旨在于秘密指导耶稣会赢得财产和政治权力。这到1700年已印行22版。现在几乎仍有人相信那，但一般把它归类于聪明的讽刺或无耻的伪造文件。
·在异教区
在天主教人士眼中，耶稣会的错误远超过他们教育方面的功勋以及他们布道的勇气。其他宗教团体也参加了虔诚的传教历险，但是有什么能比得上耶稣会修士在印度、中国（the“Middle Kingdom”）、日本和美洲等地的大胆进取的精神所建立的事业和殉道呢？在印度，莫卧儿（Mogul）皇帝阿克巴（Akbar）邀请一些耶稣会修士到他费特珀·西科里（Fatehpur Sikri）一地的朝廷（1579年）。他好奇而同情地倾听他们的布道，但拒绝放弃他的女眷。一位意大利贵族罗伯托·诺比里（Roberto de’Nobili）进入耶稣会，到印度担任传教士（1605年），学习印度教的教规和教仪，仿效婆罗门（Brahmin）阶级的衣服和规则，在桑斯科里特（Sanskrit）开展工作，使许多人改信基督教。其余耶稣会修士成为瑜伽信徒（Yogis），在低阶层中进行工作。1624年左右，耶稣会传教士横越喜马拉雅山（the Himalayas）进入中国西藏。
早在1549年耶稣会修士便进入日本。到1580年他们宣称有10万人改宗为教徒。1587年他们被迫离开这个岛屿，1597年他们与圣方济各修会修士同样受到激烈的迫害，教士、僧侣和数千日本基督徒都被钉死在十字架上——刽子手宣称这是学自《福音书》的新技巧。1616年左右一组新的耶稣会修士进入日本，并又培育了相当数量的教徒。但是荷兰与英国商人相信耶稣会修士正在为葡萄牙或西班牙贸易铺路，挑拨政府再施迫害，31个教士被处死。到1645年基督教在日本完全绝迹。
到中国传教是一个很富挑战性的冒险，因为中国的皇帝们曾表示要处死任何敢于进入“中国”的基督徒。我们曾在别处得知，耶稣会修士弗朗西斯·哈维尔（Francis Xavier）几乎只看到了他决心传道的中国就死了（1552年）。1557年葡萄牙商人在中国的澳门（Macao）建立了殖民地。有些耶稣会修士在那儿潜心学习中国方言与习惯。最后他们之中有两位：利玛窦（Matteo Ricci）与米切尔·鲁奇里（Michele Ruggieri）进入广东省，带着语言、天文、数学、钟、表、书、地图和器具等装备。该省督军迷上了这些新玩意儿，而利玛窦和鲁奇里改用中国名字与服装，淳朴地生活，辛勤地工作，行为端庄谦和，他们终于获准留下来。利玛窦住在广州，以科学和地理知识使中国人留下深刻印象。他建立日晷，画出方便而可靠的地图，还做了艰深的天文计算。他写了一本问答教学法，引用东方古典经籍来解释与支持基本的基督教信仰，开始引导他的朋友们成为基督徒。他因为受到宽容而壮胆，搬到京城郊区（1601年），并送了一座钟给明神宗。当钟停了，而没有中国学者能发动它的时候，“天子”便召请捐赠者。利玛窦前往修钟，并介绍其他的科学器具给这位好奇的统治者。不久利玛窦和其他耶稣会修士便在明朝朝廷奠立基础。这位亲切的皇帝不阻止上层阶级改变信仰。利玛窦死后（1610年），另一位耶稣会修士汤若望（Johann Adam Schall von Bell）接下了他科学与布道的使命。他改革中国历法，为中国军队造优良的大炮，变成皇帝亲密而忠诚的朋友，穿中国丝袍，住宫殿，玩弄政治手腕，被贬入牢狱，获释后一年内死去。
进入18世纪，在中国的耶稣会修士擅长科学，放弃了神学的教条主义。他们研究中国古典经籍，被其中的高度智慧所感动。中国人对祖先的崇拜似乎令人钦佩地引导了道德与社会的安定，孔子思想的确有不少值得崇敬之处。但是其他传教士对罗马宗教裁判所抱怨（1645年）说，耶稣会轻视十字架与教规，说是会吓坏中国人，因他们不习惯于人类杀死神祇的思想。耶稣会修士不以拉丁文而以中文做弥撒，他们允许教徒保留很多当地宗教的仪式。耶稣会传教士担任将军与皇帝的医生、外科医生、商人、放款人以及顾问，得到不少财富。耶稣会修士方面却惊讶于圣多米尼克修会及圣方济各修会坚持告诉中国人，基督教是逃避永恒神谴的唯一方法，而他们所崇拜的祖先正在地狱受焚。英诺森十世（Innocent Ⅹ）下令耶稣会修士禁止教友用肉与酒祭祀祖先。同时耶稣会神父们也向欧洲描述在18世纪时干扰基督教归于正统的中国生活、宗教与思想。
在南美洲，耶稣会修士开办学校、医务中心，努力缓和西班牙主人的野蛮，赢得当地人的尊敬与信赖。他们编纂字典与文法，探勘危险的内部，大量增进地理知识。他们把秘鲁的金鸡纳皮，也就是奎宁，送到欧洲，成为治疟疾的标准药品。而在巴拉圭（Paraguay），他们更建立了共产主义式的理想国。
在那儿，在乌拉圭河（Uruguay River）界的南美草原与树林里，在殖民者裹足不前的危险的瀑布之上，他们组织了自己的印第安殖民地。在西班牙的菲利普三世许可下，他们把耶稣会修士与殖民官员以外的白人都赶走。他们发现居民纯真而友善——“20万个各方面都适合上帝王国的印第安人”。他们学习土著的语言，但不教他们西班牙语或葡萄牙语，他们劝阻人民和殖民者来往。他们以慈善、人道与音乐来劝诱人们信仰基督教。他们建立音乐训练学校。他们组织管弦乐队，以所有主要的欧洲乐器演奏各种音乐作品，甚至也演奏意大利歌剧选曲。不久土著就唱弥撒圣剧，保证千个声音的合唱团中听不到一个错误的音符。音乐家组成的乐队领导土著工作与休息，也陪着他们在店铺或田地里工作。基督教的节日以歌唱、舞蹈与运动比赛来庆祝。耶稣会神父谱写喜剧，再教群众演出。
经济与政府完全受耶稣会修士控制。土著在复制欧洲产品方面颇具天赋，连复杂的钟表、精致的花边与乐器都不例外。工作是强迫性的，但年轻人可以选择自己的行业，闲暇时间则有娱乐和文化活动。平均一天工作8小时。耶稣会修士决定工作、睡觉、祈祷和游戏的时间。部分土地归个人所有，大多数是公有财产。公共工作的产品付给政府，部分留下播种或以备荒年之用；部分用来付人头税给西班牙国王；大部分依照需要分配给两万家庭，可能有一部分用来维持150位担任指导员、监工、医生、教师和神父的耶稣会修士，使他们维持中等水平的生活。在耶稣会修士的建议下，皇家的法律禁止他们分享经济利润，要求他们定期清数省内的人数。法律由土著法官与警察执行。惩罚包括鞭笞、下狱和驱逐，但是没有重罚。每一个社区有自己的医院、学院、教堂和为老人与病患所设的机构。那是一个神权的共产国：土著得到食物、安全、和平与有限的文化生活，相对地也接受基督教与训练。
耶稣会修士从哪里得到这个令人注意的政体之概念呢？也许部分来自托马斯·莫尔（Thomas More，英国政治家及作家）的《乌托邦》（Utopia，1516年），部分得自《福音书》，部分也得自他们自己会团的组织，因为会团正是沟通许多独立海洋的岛屿。无论如何这种组织被证明颇受土著欢迎，那是不用武力而用说服所建立的，维持了130年（大约1620—1750年）。当它受到外来攻击的时候，其奋死抵抗令侵略者大为震惊，甚至连法国启蒙运动的怀疑论者都大受感动。阿朗贝尔写道：“耶稣会修士仅仅基于他们说服的力量以及政府的宽大措施，以宗教在巴拉圭建立了王朝（？）权威。这个国家的主人啊，他们使治下的人民快乐。”伏尔泰描写这个实验是“人道的胜利”。
由于无法与外界人类隔绝，它终于在灾难中结束。西班牙贸易商指责耶稣会修士从事商业，西班牙殖民者因被逐出可以剥削资源和人力的地区而怀恨在心。奴隶贩子的团体一再攻击耶稣会的殖民地。神父及他们的属民撤离他们最易受到攻击的地带。攻击愈渐深入，耶稣会修士得到西班牙国王的许可，用欧洲武器武装土著，后来他们总算挡住了袭击。使这个殖民区更危险的，是欧洲的政治和思想路线，耶稣会修士在法国、西班牙和葡萄牙不断的政治阴谋，与自由思想及反教权主义的兴起，导致18世纪下半期几乎所有国家皆驱逐教会。掌葡萄牙统治权的大臣波姆巴尔（Pombal）侯爵尤其积极参与反对耶稣会的运动。1750年他制订一项条约，葡萄牙将位于拉普拉塔河（Rio de la Plata）河口的圣萨克拉门托（San Sacramento）殖民地割让给西班牙，换取西班牙较北的土地——包括7个耶稣会殖民区，有3万印第安人。同时有谣言说，这些土地内有金子，由耶稣会修士密藏着。葡萄牙政府下令神父与土著在30天内离开这7个殖民区。耶稣会修士（一名除外）主张顺服，印第安人宁愿抵抗，他们拒斥葡萄牙的攻击整整5年。1755年葡萄牙军队配备了炮兵，数百名印第安人被杀，其余的人逃入森林或投降。耶稣会修士在他们的欧洲长官命令下回返西班牙。马拉托里（Muratori）所称的“欢愉的基督教义”（Cristianesimo Felice）的实验终告结束。
耶稣会传教士在北美的故事我们比较熟悉，只需要完成这个时代耶稣会活动的透视图就可以了。他们在1572年进入墨西哥，对于迅速把土著变成基督徒的工作也有功劳，但是该事业的主要担子还是由圣多米尼克修会及圣方济各修会担任。最后这一派从墨西哥到以其创办者为名的迷人城市，一路上留下可爱的传道与行乞布施的痕迹。很多耶稣会修士为了使印第安人变成基督徒而受酷刑至死。伊萨克·乔格斯（Isaac Jogues）被残伤、奴役然后杀死。布雷伯夫（Jean de Brébeuf）、加布里埃尔·拉利曼特（Gabriel Lalemant）、安东尼·丹尼尔（Anthony Daniel）和其他耶稣会修士在1648年到1649年这两年内被烧死于火刑柱上或入锅煮死。我们也许不同意这些人所教诲的神学，但是我们必须敬仰他们的人道与奉献精神。
