明朝末年，李自成率领的农民起义军摧毁了明王朝的统治。清兵乘机入关，建立了清王朝。作为一个以少数民族为统治集团的封建王朝，满清为了巩固自己的统治，采取了比汉族统治者更为严酷的专制政策，对中国科学技术的发展产生了巨大的阻碍作用。首先，清兵入关后对东南沿海一带商品经济比较发达的地区实行大规模破坏，严重摧残了原本就十分脆弱的资本主义萌芽。清朝在稳定了局面之后，用了一百多年才赶上明代中期的手工业生产水平，大大延缓了技术发展的速度。其次，清朝因害怕汉族知识分子造反，大兴文字狱，对知识分子实行残酷镇压。一次大案所牵涉的不仅有著书人，还有刻书、印书、卖书之人，受牵连的数十人甚或数百人，不是被杀头就是充军。这种高压政策使得知识分子很少再关注现实问题，而宁可埋头故纸堆，做死学问。此外，因东南沿海反清力量强大，清朝长期实行海禁，严禁海上通商。这种闭关自守的政策严重阻碍了西方科学知识在中国的传播，使中国科学技术陷于越来越落后的境地。
清朝所维系的新的大一统中央政权虽然保持了中国社会的稳定，使传统科学技术有可能在原有模式下得以发展，但是发展的速度已大大减慢。闭关自守的政策使中国人未能及时接受西方越来越先进的科学，从而将中国与西方的差距越拉越大。
