日本历史的编纂并不如其小说那样引人入胜，而日本历史与小说也难有明显的分野。日本文学最古老的作品为《古事记》（Kojiki），此系太安万侣（Yasumaro）体承天武天皇之意，将稗田阿礼诵习之《帝纪》、《旧辞》加以笔录的，于712年（和铜五年）用中文撰成。由于传说有模有样，使得神道王朝认为《古事记》是日本的历史。645年大化改革后，政府认为应把过去的史实编修，720年左右乃出现一部《日纪》（Nihongi），此书用中文写成，并剽窃中国作品作为点缀，且又包括日本古人口述的史实，然而比《古事记》对事实的记载更为严谨，提供了以后日本历史的根基。此后日本历史的记载，一部比一部更具爱国情操。1334年北畠亲房（Kitabatake Chikafusa）为了一本《神皇正统记》曾称：
大日本乃一神圣国家，唯有我国土之根基才是神圣祖先所缔造。由太阳之神单独地传给她的子孙，外国绝无这种事，因此日本诚为神圣的土地。
1649年本居宣长首次出版以恢复古代日本帝国与信仰的著作。德川家康之孙德川光圀（Tokugawa Mitsukuni）也于1851年编纂《大日本史》（Dai Nihonshi），计240卷，包罗过去帝国与封建时代的图片资料，该书充满尊王斥霸的思想，对其国人日后推翻德川幕府不无影响。
或许最有学者风味并且立论最公正的日本历史学家当推新井白石。他的学识在17世纪下半期的江户时代居于领导地位。他嘲笑正统基督教的神学“非常幼稚”，他同样大胆地嘲笑本国人民对历史的误解。他的最辉煌作品《藩翰谱》（Hankampu）记载了30卷的大名历史，可谓文学的奇书之一。该书仅在数月之间编纂而成，但观其内容必定经过相当长时间的研究。新井从中国哲学家的研究中得到学识与判断，当他在讲述儒家经文时，据说云家信将军在大热天中听得入神甚至连头上的蚊子都忘挥赶，冬天则口涕横流，极其神往。在他的自传里，他画了一帧他父亲的画像，并用最简洁完美的文字表述出来：
自我了解世事以来，记得父亲每天的生活均是同样单调。他每天清晨天亮前一小时起床，然后洗个冷水浴，梳梳头。冬日天寒，家母为他准备热水以便淋浴，但他不允，尽量避免这种仆役之烦。当他年过70，家母也近老迈，偶尔天气寒冷冻得难以忍受，就点火钵，他俩共同把脚放在火钵上取暖睡觉，火钵旁摆着一壶热水以供醒时饮用，二老均虔诚信佛，父亲每当梳理头发、整理衣冠后绝不忘向佛祖致敬……他整衣完毕后就静静地等待天亮，然后离家上班……在我记忆中，父亲从未发怒，就是笑也未忘形。他更不用卑劣的语词去谴责别人。与人交谈则尽可能少说话。他的举止很严肃，我从未看过他表现出惊惶、激动或不耐烦……他的居室保持清洁，墙上悬挂一幅旧画，花瓶里也插些季节性的花。他偶尔也画些黑白画，他不喜欢颜色。他健康状况良好时，从不麻烦仆人，而是事事亲自动手。
