哲学与宗教一样，亦由中国传入日本。佛教在传入中国600年后东传日本，而中国的哲学则以宋朝理学的东渡开创了日本文明的更生期。16世纪中叶，日本世家藤原惺窝（Fujiwara Seigwa）因不满做一个僧侣所能获取的学问，醉心于中国圣贤才识，乃暗思远涉重洋前往中国学习。然而1552年以来日本已禁止国人与中国交往，他不惜冒着生命危险，准备偷渡。恰巧在登轮前夕于所宿的旅馆中偶尔听到一位日生朗读儒家著作，欣喜之余乃侧耳倾听，原来该青年书生读的是宋朝朱熹注释的《大学》。他喊道：“这原是我梦寐以求的啊！”于是他把握机会，大肆收集宋朝哲学的典籍，中国之行遂半途而废。他认真研究，几年之后已聚集一批志同道合的年轻学者，他们均视中国哲学家的思维为当代思想的主流。德川家康因见惺窝颇具盛名，乃重金礼聘他至京都解说孔孟之道。但惺窝恃才傲物，仅遣其学生至京城，自己则仍刻意进修，引起德川的不满。惺窝在日本的传统研究外另辟途径，而其极具吸引力的讲学更引起京都僧侣的嫉妒，认为惺窝的讲学是蔑视传统的行为，呼吁所有所谓正统的僧侣也应向民众讲学教导，以免被惺窝所迷惑。这些争执由于1619年惺窝的去世而终止。
被惺窝遣往京都谒见德川将军的学生林罗山（Hayashi Razan）终不负师望，表现突出，其名望与影响力均凌驾其师之上。而德川幕府对他也礼遇有加，授予顾问与发言传达的职位。且自1630年德川家纲亲自聆听讲学后，更激起王公贵族受教的风气。此后他很快激起了群众对中国哲学的研究热情，并使孔孟的道德观念超越了佛教及基督教的信仰，获得人民的支持。他曾批判道：“基督教神学无疑是各种幻想混合组成，而佛教教义的消极颓废，更足以削弱日本民族的民心士气。佛教僧侣曾主张现实世界是短暂的，因此鼓励人们忘怀社会关系，相当于终止了人类应尽的职责与正当的行为。佛教僧侣又主张人之一生充满了罪恶，故应背离父母妻子，谋求神的拯救。但据个人研究所得，人除把握现实的生活，为主尽忠，为父母尽孝外，别无他途可寻。”他曾清享余年，至1657年东京大火，千万百姓罹难。是时，学子曾奔来相告，他只点头示意，仍继续沉醉于书卷中，待火焰已包围四周时，才乘轿离去。三天之后，终因冻寒与世长辞。
在林罗山去世后数年，日本又出现了一位醉心儒教的后起之秀室久操（Muro Kyuso），他年轻时曾在一寺院中潜修，彻夜祈祷深思，坚志追求知识，有似同时期的荷兰哲学家斯宾诺莎。他的座右铭是：
我将每晨6时起床，及至每夜12时方始休息。
除非宾客造访、病痛或其他无可避免的情况下，我绝不偷懒……
我绝不说谎。
我不说废话，即使是对卑贱人。
我将节制饮食。
倘若有邪念，我将立即节制，绝不让其滋长。
思想犹豫势必减低读书效率，我应集中精神，避免草率。
我应克制自己，修养自己，绝不允许名利欲望妨害内心安宁。
这些信条要膺服在胸，时时遵行。神明共鉴。
室久操并不赞同学者出世隐居，但他具有歌德的宽宏大量，把人的特质纳入现世的巨流中。他说：
离群隐居不愧是一种好办法，但独乐乐不如与众乐乐。三人行必有吾师焉，唯有朋友切磋琢磨，才能增进德行。倘若背弃世人而隐居，即有悖于世俗大道……圣贤之辈况且无法脱离世俗而生活……虽然佛教徒断绝其人群关系远离父母妻子而隐居，但他们仍不能去除其爱恶之心……在来世中享福的观念，未免显得自私……不必舍近求远，神灵与心同在。
早期日本儒家人士最引人注意的，即在分类上常不被视为哲学家，就像哲学家歌德与爱默生一样，由于其智慧语句措辞相当优雅，因此文艺界亦把他们归类为文学家。此时有一位出自医生世家的哲人叫贝原益轩，他像亚里士多德一样，因为对医学的精研而产生了一种谨慎的经验哲学。尽管他公务繁忙，但他立志奋发成为当代最伟大的学者。他著作等身，又以浅简的日本文字撰写，容易了解，深得民众喜爱而成为家喻户晓的人物。尽管他有这么高的成就，但他仍非常谦虚地继续作研究。据说，曾经有一位搭船的乘客沿途向其他旅客讲述儒家伦理学，不少日本人均抱着热心好奇的心情前往聆听，但这位讲演者实在讲得单调乏味，令人厌倦，听众拂袖而去，最后仅剩下一人。当这位讲演者讲完之后，他向那位孤独的听众请教尊姓大名，听众平静地答道：“贝原益轩。”讲演者发现一个多小时中，他竟不自量力地试图对当代最负盛名的儒学大师传授儒家思想，因而为之汗颜。
益轩对神学的观念几乎与孔子一样抱着“敬鬼神而远之”的态度，认为宇宙是深不可测的，唯有愚人在做坏事之际，才会假借祷告来求取上帝的谅解，以获取心灵的慰藉。他更认为哲学是融合经验与智慧、欲望与德性所作的一种努力。对他而言，德性的修养远比学问的追求来得重要。他恰当地指出：
学习的目的，不仅是在于获得广博的知识，更重要在于修养品性。道德上的完人较饱学之士对社会有益，这也是教育的目标……今日所要研究的科目繁多，致使往昔被视为学习重心的道德教育遂被搁置一旁。古代圣贤的金玉良言，反被视为陈词滥调。其结果社会上的主从、上下、老幼等关系，遂在假借神谕“个人权利”的口号下丧失殆尽……圣人遗训所以不得伸张的主因，乃近世学人仅一味显夸个人才识，而对古圣哲理则忽略阐扬。
从这些言论来看，极易被当时的青年谴责为陈腐保守之言，因此他又对年轻人训示道：
孩子们，不要对老人的话感到厌烦；当父母、祖父母对你们谆谆教诲时，且勿掉头就走或视为耳边风。或许你们会认为传统过于迂腐，可是那是祖先智慧的结晶，不可毫不顾虑地粉碎它。
他的名著《女大学》（Onna Daikaku）对日本妇女地位有一种保守复古的影响力，这些使他颇受指责。但他绝非沮丧的传道者，企图在人们喜爱的事物上找寻罪恶；他认识到教育家的任务应该是教导人们喜欢环境、了解环境进而控制环境，他说：
若非过着愉快的生活，绝不让日子轻溜……不要因旁人的愚笨行为而使你感受折磨痛苦……请记住宇宙自古以来即充满了愚笨的行为……让我们不要自寻烦恼，不要丧失生活情趣，纵使是亲子、兄弟、亲戚等偶尔也有私心，忽略我等谆谆教诲的最大努力……酒乃上帝的恩赐。饮喝少许酒量足以振奋心胸、消弭沮丧的精神、消愁解闷与增进健康。是故酒能使人或其友人享受乐趣。但暴饮足使人丧失尊严、语无伦次、有似疯人……饮酒应适可而止，才能得到快乐，暴饮徒伤身心，实为最愚笨的行为，更糟蹋了上帝的恩赐。
与多数哲学家一样，他认为人的生活应融入大自然中，才能得到真正快乐，他说：
倘若我们以心为快乐的源泉，以耳目为得到快乐的孔道，摒除诸欲，快乐将源源而至；因为我们融快乐于山、水、花、月之间。快乐并非属于某人专有，我们不必求诸他人，也不必花费分文。能够享受大地景致的人，等于拥有无比的财富，何必觊觎他人奢侈的生活……况乎大自然的景致是千变万化的。世上绝无两个相同的景致……有时心中会偶感美景已逝。但每当大雪飘零，山野笼罩银白一片，渐渐地冬去春来，枯树再度长叶开花……冬天犹似黑夜长眠，但它使我们恢复了青春活力……
喜爱花朵，匆匆早起，
偏好月色，迟迟就寝。
……
人生来去如同流水；
惟明月与天地同在。
一方面儒家哲学思想的影响力压倒了其他学派，一方面日本的儒者也成为一种不可思议的理想主义者，在日本，这种情况远较中国显著。惺窝是所谓的朱熹学派，林罗山与益轩更承袭宋朝朱熹的衣钵，以正统与保守的态度解释中国的经书。不久之后，阳明学派抬头，此即源自中国明朝王阳明的学说。日本的哲学家也像王阳明一样，主张以个人的良知来辨是非，而不是以昔日圣贤或社会传统来辨是非。一位信仰阳明学说的日本哲学家中江藤树（Nakaye Toju，1608—1648年）曾说：“我本精研朱熹学说有年，及阳明学说东传，若非受阳明学说的教导，我将会感到生命空虚。”于是中江乃致力于阐扬唯心主义的一元学说，认为宇宙系出一元，上帝为一元主体，宇宙万物为其躯壳，自然法为其灵魂。中江也像王阳明、斯宾诺莎及欧洲学者一样，接受了自然法的理论，并说明善恶仅为人类的一种关系，且人类的偏见被认为是不客观的实体。他也如斯宾诺莎一般，发现了个体精神与自然法结合的不朽性：
人心除有感觉的领域外，尚有所谓良知存在。良知本身即为理性，不必假于后天的修养而得，良知是无限的与永恒的。良知即只有一个且与理性并存，自无始末可言。倘若我等能遵循良知或理性行事，则肉体的生命即能转变成无限的与永恒的，亦即能得永生。
中江为人德行高洁，但他的哲学思想并不能获得朝廷与人民普遍的爱戴。当时的幕府深恐个人若依其良知分辨是非，独行其是，社会可能缺乏共同准绳。适值另一位阳明学派的支持者熊泽藩山（Kumazawa Banzan）从研究形而上学更进而批评时政及武士道，幕府遂乃乘机予以逮捕。后来熊泽俟机逃至深山，在森林中度过残年。至1759年，幕府颁布敕令禁止传播阳明哲学。至此阳明学说乃销声匿迹，本为温顺的日本民心渐朝军人本色发展，一改传统对佛教的和平信仰而成振奋人心的爱国武士。
日本学者对中国学术的研究，不仅得自宋朝学者对古代经典的诠注，而且直接从孔子的著作中得以了解，因此像伊藤仁斋（Ito Jinsai）与荻生徂徕（Ogyu Sorai）等人对日本学术的发展均主张建立日本思想的古典学派，并坚持应超越各代评注者而直接对孔子言行加以研究。伊藤仁斋的家人并不赞同他研习儒道，讥骂他的研究是不切实际的，并预言如他继续研究学问将会贫贱至死。因为他的家人认为：“研究学问是中国人的专长，对日本人来说却毫无用处，即使很有学术也卖不出去，倒不如学当医生好赚钱。”伊藤对家人这些劝告听而不闻，不顾家庭的地位与财富，舍弃物质享受，将其房屋财产让给小弟而隐居山野，继续潜研学术。他相貌英俊，时常被误认为皇太子；他衣着朴素有似农夫，并常潜居以逃避大众的眼光，曾经有位历史学家对他描述说：
仁斋晚景贫困，甚至过年亦无做糕之米，但他坦然处之。其妻在此困境下曾伏跪于侧倾诉道：“尽管环境困苦，我尚能安贫乐道，唯有一点使我难以忍受，那就是我们的幼孩因不解贫穷处境，对邻居小孩的年糕常起嫉妒之心，虽然我谴责了小孩，但我内心无比心酸。”仁斋并没回答，继续注视他的书。随后，他又脱下了暗红色的戒指交给妻子并说道：“把它卖掉，买些年糕给小孩吃。”
仁斋在京都创立了一所私人学府，在该学府讲学40余年，训练从事哲学研究的学生计达3000余人。他偶尔亦讨论形而上学，他认为宇宙乃是一个有机体，生命应凌驾于肉体的死亡之上。但他仍与孔子相同，赞同现世的实际生活。
学问贵在经世致用，如舍弃人伦关系，仅谈经略国家，那是毫无益处的；研究学问不可死背理论或推理……学问之道应于日常生活中得之……舍弃人伦关系而欲得学问之道犹似捕风捉影……平凡之道才显得伟大；此外世上实难有伟大可言。
仁斋去世之后，其子伊藤东涯（Ito Togai）承其衣钵。东涯也淡泊名利，他曾说：“人死后很快即被遗忘，但有些人为求死后留名，著书立说俾便流传千古，这实在是一种错误，因为到头来流传千古者究有几人？”在他有生之年，著作繁多计达242卷。他为人谦恭，天资聪慧。论者曾称赞他的著作远胜于法国作家莫里哀的《道德的催眠》（Virtus Dormitiva）。东涯的学生也指出其师在242卷著作中未尝对其他哲学家有中伤之言，诚属难能可贵。在东涯去世后，其学生在墓碑上铭刻着下列词句：
他不道人之短……
他终生献身于学术研究。
他度过平静无事的一生。
继之而起的最伟大的儒家学者荻生徂徕，曾经自豪地说：“自日本第一个天皇——神武天皇以来，绝少学者的成就能与我分庭抗礼！”荻生与东涯不同，他喜欢辩论，并常对历代及当代哲学家加以批判。曾经有一位年轻人向他问道：“您除读书之外是否别有嗜好？”他答道：“人生之乐趣莫过于吃烧豆及批判日本历代伟人。”波川天人（Namikawa Tenjin）曾说：“徂徕诚可谓日本伟人，但他自认已通晓所有应被了解的事物，这种习惯未免不太好。”荻生虽然骄狂，但也有谦逊的时候，他曾说：“日本人包括他自己都可说是野蛮人，只有中国人才够资格说是文明人；而所有真理名言，都早已为孔子及儒家诸贤所道破。”他的言论曾激起了武士及学者的不满，所幸当时的幕府吉宗将军欣赏他的勇气而对他加以保护，他才得幸免于难。就像中国儒学大师荀子攻击墨翟的兼爱学说，及英国哲学家霍布斯驳斥卢梭性善思想一样，徂徕设立讲坛于江户，并对仁斋的性善理论加以驳斥。他认为人性本恶，唯有透过人为的法律限制、道德观念以及教育的实施，才能培养良好的公民。他说：
人之欲望，与生俱来。我等对无穷的欲望如不知节制，即起斗争；斗争一起，混乱也随即将至。先王因厌恶混乱，乃制定礼节与正义之准绳，用以节制庶民欲望……道德乃帝王用以御制人民之工具，非与生俱来，亦非为人心所趋，而仅是某些圣贤之构思，作为国家统制之准绳。
犹似在证明荻生徂徕之悲观属实，其后一世纪的日本思潮竟放弃效法孔子的中庸之道，并在中国信徒与日本本土崇拜者的痛苦笔战中迷失了方向。在此保守与维新之役中，维新派终以极度赞许日本固有典章制度而获得胜利。汉学者或仰慕中国学者认为日本野蛮无文化，主张智慧学术无不来自中国，并以翻译及评述中国文学与哲学为己任。日本民族学者认为一味学习中国的态度，是阻碍日本进步的绊脚石，同时也是不爱国的行为，并呼吁全国放弃学习中国的一切，在自己的诗与历史的渊源中创新并发扬光大。贺茂真渊曾攻击中国人为本性邪恶的民族，推许日本人是天性善良的民族，并将日本缺乏早期或土生文学与哲学归因于日本人无须德性或智慧上的教训。
有一位年轻的医生叫本居宣长，因访问贺茂真渊时受到鼓舞，尽其34年光阴写成44卷《古事记》评论——该《古事记》系日本传说，特别是神道、传说之古典集。在此评论中有力地对日本国内外一切关乎中国的东西加以攻击。该评论大胆地主张日本三岛、天皇及日本民族起源神圣的故事全部是真实。据德川摄政之特殊看法，该评论在日本学术界激起了恢复自己语言、生活方式与传统的运动，进而复兴神道反对佛教，并恢复天皇至高无上的权威。本居宣长指出：“日本系太阳女神的出生地，此一事实证明日本较其他国家更优越。”至本居宣长死后，他的学生平田笃胤（Hirata Atsutane）亦作主张如下：
日本系众神之国，其居民系神之后裔，这方面有两个基本理论证据竟一直惨遭忽视，真是太可悲了。日本民族与中国、印度、苏俄、荷兰、泰国、高棉及全世界其他民族，仅有种族的差异而无地位的不同。日本国人视其国家为众神之国，绝非出自虚荣心。盖创造各国之众神毫无例外均属神圣时代（The Divine Age）出生于日本者。因此，日本乃是其出生国，全世界均承认日本国名，可说是名实相符。韩国人首先熟谙此一真理，经由他们传布遂遍于全世界，而为世人所共认……外国人当然也是造物者神力所创造，但他们绝非伊弉诺尊与伊弉冉尊所创造，它们更非产生太阳女神的国家，这就是它们地位低落的原因。
以上即创造尊皇攘夷（Sonno Joi）运动，力主尊天皇攘外夷的代表人物及其主张。19世纪，此运动鼓动日本人推翻幕府，并重建神圣皇室之最高权威。20世纪该运动扮演重要角色，促成狂热的爱国主义，直到其所谓“天子”能统治复活东方沃野千里的土地时，才会满足。
