教会遭遇攻击：来自外部的挑战
对当时公认的《圣经》阐释的质疑并非全都来自教会内部。人类知识的迅速发展和新发现宣告了中世纪的终结，这本身也挑战了过去被宣称为是包罗万象的权威世界观。这首先是因为，新土地不断发现，一批旅行家的故事广泛传播，它们都揭示出《圣经》世界观在地理方面的局限性。人们发现了整个的新大陆，但在根据《圣经》对世界所作的种种描述中，人们做梦也想不到还会有这些大陆存在。即便强有力的传教活动能把这些土地纳入到基督教世界，但仍然存在这样一个问题：怎样理解那些新近皈依者的先辈们在上帝普世救赎计划中的位置？
而且，历史科学的发展也清楚地表明，《圣经》的历史观远不够全面。历史研究削弱了《圣经》年表的威信，揭示出不为《圣经》作者所知的更早文明存在的证据。再者，《圣经》中的历史纲要并没有包括之后的历史。《但以理书》第7章述及四个王国，这是宗教改革时代普遍接受的世界历史框架。这些王国被确认为迦勒底帝国、波斯帝国、亚历山大大帝的帝国和罗马帝国。问题在于，罗马帝国后来怎样了？德国皇帝号称自己是神圣罗马帝国皇帝；这样一来，又将法国国王置于何处——是德国皇帝的永久臣属吗？不难发现，对于那些寻求基督降世前最后一个（因此在人间是难以攻破的）帝国的政治安全的人来说，这个问题颇具吸引力。然而，如同所有试图使历史时钟停摆的企图一样，寻求这样一个帝国也很难经得起时间的检验。一个个的帝国盛衰更迭，《但以理书》所勾勒的历史纲要还不够复杂或者说是灵活，不能将这些帝国的历史纳入其中。
如果说《圣经》构建的历史观易受攻击，那它的宇宙观也是如此。哥白尼（Copernicus）指出，各个行星，当然包括地球在内，都围绕着太阳运行。在《约书亚记》第10章那个异乎寻常的追杀残敌的血腥故事中，当亚摩利人的五王联军被交付给约书亚时，他向上帝祷告道：“日头啊，你要停在基遍；月亮啊，你要止在亚雅仑谷”（10：12）。祷告应验了：太阳、月亮果然停止运行一日，让约书亚的队伍杀死残敌。显然，故事中的宇宙观与哥白尼对行星运行的理解有冲突。甚至路德及其门徒梅兰希顿也以《圣经》故事为依据来拒斥哥白尼的见解。一如朔尔德所言，在那个时代，除了拥有大量数学知识者，在所有人看来，哥白尼有关天体的革命性理论似乎只是当时流行的诸多推测之一。梅兰希顿从《圣经》中广征博引（其中就有《约书亚记》10：12—13），以毋庸置疑的口吻驳斥哥白尼道：“我们由于这些神圣的证据而坚强。要固守真理，不允许自己被那盲目之见引入歧途。那种人把荣耀归之于心智，意在曲解自由的本能”（朔尔德，第49页）。神学家安得烈亚斯·奥西安德尔（Andreas Osiander）着手编辑哥白尼的著作，并于1543年在纽伦堡出版。但他对哥白尼挑战的重要性看得更清楚，并试图化解这种挑战。他辩称哥白尼的见解只是假设，有助于预测行星的位置，但并不能用来表述宇宙运行的实际状态。奥西安德尔认为，哥白尼的计算结果具有重要价值，但人类是不可能知悉天体运行的真正原因的。
随后在19世纪，达尔文主义者和创世论者的论争延续了相同的主题。达尔文主张，人类源自哺乳动物，经由类人猿进化而来。此说明确提出一种与《创世记》全然不同的人类起源论。虽然《创世记》第1章和第2章的记载相去甚远，存在着种种内在矛盾，但许多基督徒仍然主张，《创世记》关于上帝直接创造人类的说法应被视为权威之论。另一些基督徒则逐渐将《创世记》故事视作创世神话，他们认为，这些故事与古代近东世界流行的其他同类神话或许有某些关联。这无疑会引出一些涉及这类神话与科学世界观关系的重要问题。
