定西藏
自宗喀巴创立新教格鲁派（亦称黄教）以来，西藏喇嘛教内新教与旧教（亦称红教）之争便开始产生。明清之际，黄教与红教的矛盾日趋尖锐，掌握西藏政务的藏巴汗与信奉红教的青海却图汗结成反对黄教的同盟。黄教三大寺（色拉、哲蚌、甘丹）遣使赴乌鲁木齐，与和硕特部顾实汗联络，请其出兵援助。1636年（清崇德元年，明崇祯九年）顾实汗进军青海击败却图汗，占领青海。顾实汗应达赖第巴之邀，于1641年（清崇德六年，明崇祯十四年）进军西藏，生擒藏巴汗，建立由和硕特部蒙古贵族与黄教联合统治西藏的体系——达赖居前藏、班禅居后藏，庶务由顾实汗长子达延及达赖的第巴联合执掌。顾实汗成为青海、西藏地区的实际统治者。翌年（1642年）顾实汗与达赖、班禅即遣使盛京，与清朝廷建立联系。
五世达赖圆寂所引起的风波。
康熙十八年（1679年），达赖五世任命心腹桑结嘉错出任第巴。在此之前，达赖喇嘛通过扩建布达拉宫和增建黄教寺院，不断扩大实力，同统治西藏的和硕特部贵族抗衡。康熙二十一年（1682年）达赖五世圆寂，桑结嘉错匿丧不报，以达赖代言人自居，“伪言达赖入室，居高阁不见人”。直至康熙三十五年（1696年）六月，昭莫多之战后，清朝廷才从被俘获的西藏人处得知达赖已去世多年，桑结嘉错“阳奉宗喀巴之道法，阴与噶尔丹比欺”。在受到清朝廷责问后，桑结嘉错于康熙三十六年（1697年）发丧，并宣布达赖喇嘛的转世灵童仓洋嘉措已经坐床（喇嘛教活佛继承仪式，转世灵童升座后才成为合法继承人）。仓洋嘉措时年十五岁，并未得到顾实汗之子达赖汗（达延汗之弟）的认可，达赖汗之子拉藏汗屡将其“行为不端”之处向清朝廷汇报，并将硕特部贵族与西藏上层人物之间的矛盾公开化。
康熙四十三年（1704年），拉藏汗统兵从西藏北部直逼拉萨，经色拉、哲蚌、甘丹三大寺调解，达成桑结嘉错退位（由桑结嘉错之子出任第巴）、拉藏汗退兵的协议。时过一年战事又起，藏兵战败，桑结嘉错被杀，拉藏汗将达赖六世仓洋嘉措废黜，解送北京，并于西藏另立伊喜嘉措为六世达赖。拉藏汗此举，激起青海蒙古王公的抵制，彼等拥立在里塘出生的噶桑嘉措为真达赖。为避免矛盾激化，清帝康熙令噶桑嘉措暂居西宁塔尔寺，并派侍郎赫寿入藏解决达赖灵童转世所引起的争端。
策妄阿拉布坦派兵入藏。
策妄阿拉布坦系僧格长子，在噶尔丹统治时期，因受逼迫“带领七人潜逃至吐鲁番”，在噶尔丹东征喀尔喀后返回伊犁，“收其父旧属及噶尔丹余众，复成部落”。策妄阿拉布坦把一部分维吾尔族人迁往伊犁，从事农业生产，伊犁河流域、额尔齐斯河流域以及乌鲁木齐一带，大片沃土得到开垦。在他的统治下“历十余年，部众繁滋”，实力大增。
为了向青海、西藏扩张，策妄阿拉布坦一方面同拉藏汗联姻；一方面同黄教三大寺的喇嘛来往频繁，暗中结成一个反对拉藏汗的同盟。康熙五十五年（1716年）策妄阿拉布坦派其弟策凌敦多布领精兵六千，绕戈壁滩，越大雪山，“涉险冒瘴，昼伏夜行”，从西藏北部腾格里山入藏，击败藏兵。康熙五十六年（1717年）十月准兵攻入拉萨，拉藏汗逃往布达拉宫，布达拉宫驻军迎降，拉藏汗在突围时坠马被杀。准噶尔军遂“虏其妻子，搜各庙重器送伊犁”，又将拉藏汗所立达赖六世伊喜嘉措囚禁。据一位在拉萨的外国传教士记载：“策凌敦多布一踏入王宫，就下令洗劫拉萨……他们拿着武器，闯入民房”，“还冲入寺庙，进行洗劫，抢掠庙宇积存和藏匿的财物”，“把一些人背绑着吊到粱上折磨，逼使他们讲出财富埋藏的地方，这种洗劫连续两昼夜，直至每件有价值的东西都被取走为止。”
清军入藏。
在准噶尔部入侵西藏之后，拉藏汗恳请清朝廷“速发救兵并青海之兵即来策应”。康熙五十七年（1718年）二月清政府令“西宁、松潘、打箭炉、噶斯等处各预备兵马”，令青海派兵六千，又令从“西宁满洲兵内选二百名，绿旗兵内选二百名及土司之兵一千带至青海地方，会同青海王、台吉等商酬行事”。
康熙在得悉拉藏汗遇害、准噶尔部占领并洗劫西藏后，任命皇十四子胤禵为抚远大将军，前往西宁，指挥入藏作战。胤禵于康熙五十八年（1719年）三月十一日抵达西宁，从征诸军驻扎索诺木。为入藏作战，“自阿什罕至索诺木设驿十五站，自索诺木之旁通柴旦之路设驿五站，每驿设兵二十，马十五”。
暂居塔尔寺的“真达赖”噶桑嘉措活佛，在清军抵西宁后，发表告示，号召西藏人民配合入藏清军“扫除准噶尔人，收复藏地，以兴黄教”。鉴于噶桑嘉措得到西藏、青海僧俗的拥戴，康熙谕令胤禵在入藏作战的同时，护送噶桑嘉措入藏地，“令登达赖喇嘛之座”。为了牵制准噶尔的兵力，康熙命傅尔丹等从巴里坤、阿尔泰出兵。
根据康熙的部署，西征大军于康熙五十九年（1720年）六月，兵分两路向西藏推进：北路军由平逆将军延信率领从青海出兵；南路军由定西将军噶尔弼率领从四川出师。噶尔弼采纳部将岳钟琪的建议，以土司兵为前驱，沿途招募藏兵七千，以皮船渡河，迅速切断准噶尔军的饷道。延信所率北路军在卜克河、齐嫩鄂尔、绰马喇等地多次大败策凌敦多布，策凌敦多布“计穷力竭，狼狈而逃”仅带数名随从逃回伊犁。
清军在占领拉萨后，在各寺庙抓获准噶尔喇嘛一百零一人，把策凌敦多布所任命的五名总管喇嘛斩首，其余尽行监禁。该年九月十五日，平逆将军延信为噶桑嘉措活佛举行隆重的坐床大典，确立其作为西藏宗教领袖的地位。同时把拉藏汗所立六世达赖伊喜嘉措，送至北京安置；封第巴阿尔巴布、康济鼐为贝子，封第巴隆布奈为辅国公，令彼等管理前藏；封颇罗鼐为一等台吉，令其管理后藏，此即四噶隆共治。
鉴于“西藏屏藩青海、滇、蜀”，防务尤属重要，清朝廷采纳大将军胤禵的建议，从西征军中抽蒙古兵一千五百人、绿旗兵二千、八旗兵五百人驻守西藏，由公策旺诺尔布、将军延信统之，其余西征军从康熙五十九年年底陆续撤回。
驻藏大臣制度的确立。
雍正年初（1727年）副都统鄂齐从西藏归来，向朝廷汇报前藏情况：达赖喇嘛偏袒其父索诺木达尔礼；索诺木达尔礼娶隆布奈二女，遂与隆布奈结为一党；阿尔巴布行事阴险；康济鼐居功自傲，为隆布奈等所仇。清朝廷遂于正月三十，作出遣内阁学士僧格、副都统马喇携谕旨入藏的决定，令将隆布奈解任，谕达赖喇嘛、阿尔巴布、康济鼐和舟共济。
该年六月十八日，阿尔巴布、隆布奈发动叛乱，执杀康济鼐，当时钦差一行尚未抵藏，主持后藏事务的颇罗鼐一方面聚集后藏兵马同叛军作战，一方面疏报清朝廷，亟请发兵进藏，剿灭叛军。十一月初一，雍正帝令左都御史查郎安、副都统迈禄统兵一万五千，于明春草青时入藏。
雍正六年（1728年）八月初一，清军抵达西藏。在此之前阿尔巴布、隆布奈等所发动的叛乱已被颇罗鼐所平定，清朝廷晋封颇罗鼐为郡王，令其协助达赖处理全藏事务。诏令入藏兵两千留守，两位钦差分驻前藏、后藏，是为设置驻藏大臣之始。
《西藏善后章程》的制定。
乾隆十二年（1747年），颇罗鼐病故，由其次子珠尔墨特那木札勒承袭郡王。珠尔墨特那木札勒为实现大权独揽，派人暗杀在后藏的长兄策布登，进攻策布登的军队，派人监视驻藏大臣。同达赖喇嘛屡屡发生冲突，“潜结准噶尔为外援”。
乾隆十五年（1750年）十一月，新任驻藏大臣傅清、拉布敦抵藏后，珠尔墨特那木札勒为叛已迫在眉睫，二大臣遵照“相机擒戮”珠尔墨特那木札勒的密谕，以宣旨为名把珠尔墨特那木札勒引至驻藏大臣衙门处死，其党羽遂发兵围困驻藏大臣衙门，“枪炮齐发，环攻之”，因“墙高而固，不能入，贼乃积薪楼下，烈焰四起”，两位驻藏大臣相继遇难。
在清军入藏之前，达赖喇嘛即已率领僧俗民众，平定珠尔墨特那木札勒党羽所发动的叛乱。
乾隆十六年（1751年），清朝廷制定《西藏善后章程》，明确规定：
地方政府的噶隆仍为四人，凡事要四人“公共办理”；
噶隆办理政务应在噶厦衙门，不得“于私宅办事”；
重大事务须“请示达赖喇嘛并驻藏大臣酌定办理”；
任命第巴以及革除治罪，均须“公司禀报达赖喇嘛并驻藏大臣酌定”；
各寺院之堪布喇嘛，“或遇缺出”，均由“达赖喇嘛酌行”，各噶隆不得“专擅办理”。
《钦定西藏章程》的制定。
乾隆五十七年（1792年）清军在驱逐侵入西藏的廓尔喀军队后，命将军福康安会同达赖、班禅共同起草西藏善后章程，共拟定一百零二款，经清政府修改订为二十九款，归纳起来主要有驻藏大臣权限；达赖、班禅及活佛转世；建立西藏常规部队等方面内容。
根据钦定章程规定，“驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”；遇有西藏地方官员缺出“统归驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，分别奏补拣放”；对外交涉“俱由驻藏大臣主持”，境外写给达赖、班禅的信件，均须“报明驻藏大臣译出查验，并代为酬定回书”；西藏地方财政“统归驻藏臣稽查总核”。
达赖、班禅以及活佛的转世，均须在驻藏大臣的监督下，抽签决定，此即“金瓶掣签”（亦称金奔巴）制度。由驻藏大臣将各地呈报的转世灵童的姓名、出生时辰等交驻藏大臣汇总，用满、汉、藏三种文字写在牙签之上，放入清政府所赐金瓶之中，在大昭寺宗喀巴像前抽签抽中者即为新的转世活佛。新活佛长大后，须在驻藏大臣的主持下，举行坐床之典。“金瓶掣签”制度的确立，打破了“吹忠”（巫师）对转世一事的把持。
鉴于廓尔喀两次入侵所造成的混乱，《钦定西藏章程》规定在前藏、后藏各增设“番兵一千名”，并在“冲途要隘之定同，江孜地方安设番兵各五百名”，由清朝廷放发“钱粮口粮，加以训练”。
驻藏大臣制度的建立以及《西藏善后章程》、《钦定西藏章程》的相继制定，加强了清王朝对西藏地区的统辖。
