拿破仑对被焚毁的莫斯科的美景感到奇异，他告诉拉斯·卡斯：“从任何角度看，它足以与欧洲任何国家的首都媲美，而且有凌驾之势。”莫斯科为俄国最大的城市，既为圣城，又是信仰中心，有340座教堂，高矗的圆顶衬托着天空，五彩缤纷。大半教堂为石造，因此逃过此次火劫。但1.1万户木造住宅被烧毁，其中用防火材料盖的6000户房子也不能幸免。
法军入城时看见一些火烧地区，即赶往扑灭，但新火势又起，而且蔓延迅速，使15日的夜晚光亮如同白昼。负责护卫拿破仑的侍从从火光中惊醒，唤起拿破仑。拿破仑命令随军消防队参加救火后，回床再睡。16日清晨，缪拉和欧仁担心火苗可能燃及军队贮存在克里姆林宫的火药库，请求拿破仑撤出莫斯科。拿破仑虽不情愿，仍与他们一起退至郊外一座皇宫，驿车随之载出档案和装备。18日，火势熄灭，莫斯科城焚毁三分之二，拿破仑回到克里姆林宫。
谁该对火烧莫斯科负责？在俄军撤退前，莫斯科市府当局曾释放囚犯，或许是这批囚犯在掠夺时放火，或许是法军搜刮时不小心所致。9月16日，拿破仑接到许多报告，莫斯科城内到处有人手持火把，故意纵火。拿破仑下令逮捕纵火者并处以极刑。这项命令实施后，一名俄国宪兵在克里姆林宫的一个角楼放火被捕时声称，他是按令行事。经过拿破仑亲自审讯，被带至乡下枪决。部分被逮捕的俄国人证实，莫斯科市长罗斯托普钦伯爵（Rostopchin）在离城时曾下令烧毁该城。
9月20日，拿破仑致函亚历山大：
美丽、壮观的莫斯科已不存在，罗斯托普钦将之烧毁。我们逮捕了400名纵火者，他们都表示按照市长和警长的命令行事。这些人已被枪决。3/4的房屋被烧毁，这种暴行毫无用处，是否想剥夺我们的补给品？这些补给品贮存在火烧不到的地窖内，此外放火焚毁几个世纪的成果及世上最可爱的城市之一是多么轻率的行为！我简直无法相信，依你的原则、同情心及是非观念，竟下令做出这种不值得的暴行。
我与阁下作战毫无敌意可言，无论在最后战役前后，只要收到你的简函，我即停止进军，并愿放弃从莫斯科所获的战利品。如果阁下不惦念一些老交情，请你好好保存这封信，无论如何你必须同意我在报道莫斯科发生的事件时是正确的。
亚历山大没有回信，不过他写信给负责向他禀告莫斯科焚烧的俄国军官，俄皇询问焚烧莫斯科一事是否损及库图佐夫军队的士气。这位官员回称，俄军唯一恐惧的是俄皇与拿破仑和谈。据悉，俄皇曾说：“告诉我勇敢的部下，我只剩下一兵一卒时，仍将身先于贵族和农民，倘若我朝运至此，我将蓄胡远走西伯利亚啃马铃薯，也不会签订丧国辱民的条约。”
俄国人为沙皇的决心欢呼，因为莫斯科的陷落和焚烧已伤及他们的宗教信心。俄国人尊莫斯科为他们信仰的庇护所，视拿破仑为缺乏道德的无神论者，都认为他潜在的蛮习焚烧了莫斯科，他们责怪亚历山大与这种人结交。他们有时恐惧这位恶魔也会焚烧圣彼得堡，并屠杀百万名俄国民众。有些贵族认为拿破仑随时可鼓励农民争取自由，希望与他妥协，让他离开俄境，但大部分围绕亚历山大的人竭力坚持抵抗，围绕在旁的盟友施泰因、阿恩特、斯塔尔夫人及12位流亡者每天恳求他。当战斗持续进行时，亚历山大发觉自己不但是国家的领袖，也是整个欧洲和基督文明的领袖，他拒绝回复三封拿破仑要求和平的信件。数周后，俄国贵族发现拿破仑并无进一步行动的迹象，开始了解到库图佐夫按兵不动的睿智，并改变作风，加入长期抗战。莫斯科皇宫再度出现珠光宝气的淑女和戎装华丽的官员，轻歌曼舞，好像没发生过战争一样。
莫斯科大火被扑灭后，拿破仑命令手下不分种族照顾残存的伤患和饥民，并将莫斯科市民们留下的粮食平均分配。他回复附庸国信使递送的信件及询问，他后来曾夸口他逗留在莫斯科时，虽然他的信使平均每天都有一位，但不曾有人在途中被敌人阻拦。拿破仑重新组织、装备军队，并不时出操保持战斗力，但经过长期行军，士气已无法重振。在莫斯科的法国音乐家和演员为他举行音乐会及演出戏剧。有时他也会起草详细的命令，要在巴黎喜剧院重新准备行动。
一个月后，拿破仑仍未获得亚历山大只字片语，他抱怨说：“我每次都击败俄军，但却未获得任何地方。”那年9月，气温像10月一样冷，寒冷即将提前来临，最后拿破仑放弃寄望沙皇的回音或库图佐夫的任何挑战，他明白往后情形对他愈来愈不利，只好痛下决心空手或者带着一些安慰性战利品，回到斯摩棱斯克、维尔纳、华沙。什么样的胜利能够洗刷这种失败的耻辱？
