此时（400年），基督教在东方几乎得到了完全的胜利。埃及当地的基督徒或是科普特教派（Copts）——科普特（Copt）是阿拉伯文克伯特（Kibt）欧化了的形式，而克伯特源自希腊文“Aigyptos”，即埃及人之意——已在人口中占绝大多数，供养着数百间教堂和修道院。总共有90位埃及主教遵从亚历山大城大主教的权威，主教的权力几乎可与法老和托勒密诸王抗衡。有些主教并不是讨人喜欢的教会政治家，例如狄奥菲勒斯（Theophilus）曾经将塞拉皮斯的异教庙宇及图书馆夷为平地（389年）。较令人喜爱的是普托勒马西斯（Ptolemais）的一位谦虚的主教叙内西乌斯。他生于昔兰尼，曾经在亚历山大城师从希帕提亚（Hypatia）研究数学和哲学；终其一生，他都是她的忠诚的朋友，他称她是“真正哲学的真正解说者”。他曾访问雅典，并在那里坚定了异教信仰；但是，403年，他娶了一位信仰基督教的女人，并且接受了基督教。他觉得可以很容易地将他所信奉的新柏拉图派的上帝、理性和灵魂的三位一体，转换成圣父、圣灵和圣子的三位一体。他写了许多令人喜爱的信札及一些不很重要的哲学作品，其中除《赞美秃头》（In Praise of Baldness）一文外，在今天看来都没有什么价值。410年，狄奥菲勒斯请他担任普托勒马西斯的主教。他这时是一位乡下绅士，拥有财富，但已没有什么雄心；他谦虚地说自己不适合，而且他不相信肉体的复活（如《尼西亚信经》所要求者），再者他已结婚，无意放弃他的太太。但是对于狄奥菲勒斯而言，教条只不过是工具而已，他对这些置之不理，而在这位哲学家下决心之前便宣布他为主教。最足以代表叙内西乌斯的，是他最后一封信，这封信是写给希帕提亚的，最后的祷告是对基督。
叙利亚的异教庙宇，都被以狄奥菲勒斯的方式毁灭——放火焚烧。皇帝下令将这些庙宇关闭，余下的异教徒虽然抗拒这项命令，但是发现他们信奉的诸神对庙宇被毁坏似乎漠不关心，只好接受失败的命运。亚洲方面基督教的领袖要比埃及的头脑清醒些。圣尼古拉于4世纪时，担任吕西亚省米拉的主教，他绝未想到会成为俄罗斯小偷、男孩和女孩等的保护神，最后成为半个基督教世界中圣诞节神话的一部分。在短短的50年生涯中，伟大的巴西勒在君士坦丁堡跟从利本纽斯学习修辞学，在雅典研究哲学，拜访埃及和叙利亚的隐士。但是，反对他们内向的苦修，他成为卡帕多恰省恺撒里亚（Caesarea）的主教，在其国内组织基督教会，修订典礼仪式，建立自给自足的修道生活方式，并且拟订一套修道院规章，直到今天仍然为希腊及斯拉夫世界的修道院所遵行。他劝导门徒不要效法埃及隐士们那种夸张的苦修生活，而应以有用的工作为上帝、健康及心智健全而努力。他认为耕地是一种很好的祷告。今天在信奉基督教的东方，他的思想仍然发挥着很大的影响。
在君士坦丁堡几乎见不到一点异教信仰的痕迹，基督教本身却因冲突而分裂。阿里乌斯异端仍然势力强大，新的异端思想继续出现，人人均有自己的神学。巴西勒的弟弟，尼亚沙（Nyassa）的格列高利，在约380年写道：“这个城市到处都是工匠和奴隶，他们都是学问高深的神学家，在商店和街道中讲道。如果你要找个人，将一块银子换成零钱，他会告诉你圣子和圣父之间的差别在何处；如果你问一块面包的价钱，他会告诉你圣子地位低于圣父；如果你问澡堂何处有？你得到的答复是圣子不是由什么东西做成的。”在狄奥多西一世在位时，叙利亚的以撒（Isaac）在新都建立了第一所修道院，类似的机构如雨后春笋般纷纷成立。到400年时，修道士在城里不但是一支势力，简直是令人恐怖的力量，在主教与主教之间，以及主教与皇帝之间的冲突中，担任着一个喧嚣的角色。
当格列高利接受君士坦丁堡正统基督徒的要求，去担任他们的主教时（379年），他终于认清了教派仇恨的厉害。这时皇帝瓦伦斯刚刚去世，但是他所支持成立的阿里乌斯教派仍然控制着教会，并在圣索菲亚教堂举行礼拜。格列高利只好将其祭坛和会众安排在一个朋友家里，但是他给他的教堂取了一个充满希望的名字“Anastasia”（复活）。他是位既虔诚又有学问的人，他曾与同乡巴西勒一同在雅典读书，只有他的第二位继承者才能在口才上与他相比。他的会众人数越来越多，直至超过了官方教堂的人数。379年复活节前夕，一群阿里乌斯派信众以石头攻击复活教堂。18个月之后，正统教派的皇帝狄奥多西，在胜利和壮观的气氛中引格列高利走进圣索菲亚教堂。但是教会政治不久便结束了他的宁静生活，嫉妒的主教们宣称他的任命无效，而要他出席宗教会议为自己辩护。出于自尊，他不愿为地位而争斗，格列高利便辞职（381年）返回卡帕多恰的纳济安祖斯（Nazianzus），安详地度过一生中最后的8年。
格列高利平庸的继承者去世后，宫廷邀请安提阿的一位祭司主持圣索菲亚大教堂，这位主教史称圣约翰·克里索斯托姆，意为“金嘴的”。约345年他出生于一个贵族家庭，曾跟从利本纽斯学习修辞学，并且熟悉异教文学和哲学。大体而言，东方的主教要比西方的更有学问且更好辩。约翰有敏锐的智力和暴烈的脾气。他对基督教的态度严肃，并且公开指斥当时不公平和不道德的现象，这使他的新会众感到不安。他斥责戏剧是淫荡女人的展览，也是渎神、诱惑和阴谋的学习场所。他诘问首都的富有基督徒，何以将大量的财富花在放荡的生活上，而不听从基督的训令，将大部分财富给予穷人呢？他奇怪为什么有些人拥有20栋宅第、20间浴室、千名奴隶、象牙门、镶嵌的地板、大理石的墙、黄金天花板。他警告富人说，如果他们以东方的舞女招待客人的话，死后便会入地狱。他指责手下教士懒惰而奢华的生活，以及他们在住宅中雇用女人服侍。他治下13位主教，因为淫佚的行为和买卖圣职而被革职。他也谴责君士坦丁堡的修道者，在街上的时间要多于闭门苦修的时间。他言行一致，他教区的收入不像通常东方的主教们那样用于外表铺张，而是用于建立医院和帮助穷人。君士坦丁堡的信徒从未听到如此有力、精彩和坦诚的布道。他的布道不是神圣的抽象名词，而是基督教的箴言，有针对性而且尖锐：
有谁比地主更会压迫人？如果你看看他们对待其可怜佃农的样子，你会发现他们比蛮族更为野蛮。他们对于那些因饥饿和劳苦而终生身体瘦弱的人，还强收令人难以忍受的长期的税，他们还要求佃农服各种劳役……他们强迫佃农整个冬天在寒冷和雨中工作，他们剥夺了人家的睡眠，让他们回家时双手空空如也……
他们从地主那里所受到的折磨、鞭打、掠夺，以及对劳役的残暴要求更甚于饥饿，地主们利用他们以获利然后又欺骗他们的手段，真是罄竹难书！他们的劳力推动了地主的橄榄油压榨机；但是他们被迫去做装瓶的产品，自己却一点都得不到，他们仅得到少许金钱作为工作的报酬。
会众喜欢被叱责，而不愿被改造。女人们仍然继续使用香水，富人仍然继续宴饮，教士们仍然使用女仆，剧院仍然继续宣泄欲念。不久，城里除了毫无权力的穷人以外，每个团体都起而反对这位金嘴。皇后尤多克西娅（Eudoxia），即阿尔卡狄乌斯（Arcadius）之妻，率先领导整个城市的享乐主义者过奢侈的生活。她将约翰的一篇布道解释为是针对她，于是要求她懦弱的丈夫，召开一次教会会议以审讯大主教。403年，东方的主教们在卡尔西登召开会议。约翰拒绝出席，他的理由是他不应被他的敌人审问。这项会议终将他免职，他默默流亡异地。但是人们的反对声浪太大，惊惧的皇帝又将他召回其教区。几个月后他又再度指责上层阶级，并且就皇后的一座雕像进行批评，尤多克西娅再度要求将他赶走。亚历山大城的主教西奥菲勒斯正等待时机，准备随时去削弱一个能与自己相抗衡的教区人物，因此提醒阿尔卡狄乌斯说，卡尔西登会议对约翰的罢黜仍然有效，可以强制执行。于是皇帝派兵逮捕约翰，他被带到博斯普鲁斯海峡以外，放逐到亚美尼亚的一个村庄（404年）。他的忠实信徒听到这一消息后，便发动了暴乱。在混乱中，圣索菲亚教堂和附近的元老院均被纵火。约翰从被放逐的地方写了信向霍诺留皇帝及罗马主教求援，阿尔卡狄乌斯又下令将他送到遥远的本都省（Pontus）皮图乌斯（Pityus）的沙漠中。在押解的途中，精疲力竭的主教，终于在科玛纳（Comana）去世，享年62岁（407年）。从这以后，除了短暂的时间里，教会成了国家的仆人。
