1644年8月13日，长老会教士帕尔默（Herbert Palmer）在国会两院讲道，提议将弥尔顿关于离婚的论文公开焚毁。若不是帕尔默这顿埋怨，也不会惹起伦敦书商、印刷厂、装订商、文具商公会向国会表示，许多书籍和小册子均违反应在注册许可后才能出版的法律规定。该法的存在与伊丽莎白王朝一样悠久，但国会仍在1643年6月14日另订条例增强该法的效能，规定：
任何……书籍、小册子、报纸或出版物的任何部分……将……不得付印……或出售……除非首先从国会两院或一院……指定负责发照许可的那类人……的手中得到出版许可和执照，然后依古代惯例在印刷厂注册，才得为之。
违反该法规定者，其作者和有关印刷人将受逮捕拘禁的处罚。
弥尔顿的诗作经常不照章注册。虽然《离婚的原理和规矩》是在该条例公布两月后出版，他仍不理会该法的规定。或许因为他支持国会对抗国王，是国会欢迎的人物，情形特殊。无论如何，国会并不干涉他的违法。但该条例对他一直有效，而且一直是对英国作家的有效管理法。对于弥尔顿来说，在这种著作检查的制度下，文学似乎不可能欣欣向荣地发展。假如国会和教会继续调查英国人的言论，那么放逐一位国王和吹毛求疵的主教又有什么用呢？1643年11月24日，未经注册和许可，他发表了其散文中最优美的作品《司法者：约翰·弥尔顿先生为无照出版自由对英国国会的演说》（“Areopagitica：A Speech of Mr.John Milton for the Liberty of Unlicensed Printing，to the Parliament of England”）。 此处已见不到强烈的措辞，也无谩骂，《演说》所用的言辞和所含的思想极为高超。弥尔顿不断请求国会重新考虑书籍检查的条例，因该法“阻碍和扼杀宗教和民间智慧可能产生的进一步发现，打击各种学问的研究”。继而，他写下了一篇著名的文章，措辞高雅：
我不否认书籍与教会和国家的关系太密切，因此他们必须时时保持警戒，注意书籍会不会水准太低和贬低作者的身份，并因而视作者为罪犯，加以监禁、下狱或绳之以严刑峻法。因为书籍绝非死物，它具有生命的美感，是作者的子孙，像作者一样有活力。不，它们就是保持在小瓶子里的那种活生生的创作智慧，是最纯真的效力与精华。我知道它们是活泼、极有生命力的，犹如寓言的龙牙一样，而且在播种耕耘以后，有可能会产生生机勃勃的一群人。但在另一方面，也应力加慎重，把阻止一本好书出版视同几乎杀了一个人那样严重。杀人等于杀害上帝的偶像，即杀害有理性的生物。破坏了一本好书等于杀害了理性，即杀害了上帝的偶像，因为它是让人看的。许多人活在世上简直多余，好书却是伟大人物的宝贵精血，是刻意铭记和珍藏在超越生命的生命当中。诚然，没有一个时代可以恢复一个人的生命，也许这个生命并没有白活。时代的改革不一定常能补救真理受到拒斥的损失，缺少这种真理，整个国家都要蒙受其害。因此，我们要谨防对一般人在世的努力的迫害，及对在储存人类有用生命的打击。我们曾看到这类杀害，有时只是少数人的殉道，假如它扩展至整个印书行业，那就是集体屠杀了。这样做的结果不是杀害一个基本生命，而是打击了理性。事实上，它杀害的不是生命，而是永生的元素。
他引述古代雅典学术之所以发达，是因只有倡议无神论及毁谤的作品才受检查的缘故。“普罗泰哥拉的书籍被雅典最高法庭法官下令焚毁，其本人则被逐出雅典本土，这是因为他在供认不知世上究竟有神还是无神。”弥尔顿赞扬古代罗马政府给予作者自由，然后扼要说明罗马帝国和天主教教会检查制度的发展情形。他觉得这种出版许可证的条例含有“天主教式”的味道。“假如我们已避开了教鞭，现在却又要受到”出版许可证的刁难，“那么成年男人到底比学童好在哪里呢”？政府和发证者都易犯错，别让他们推销他们的偏爱给一般民众。还是让人民自己去选择和学习，即使会因此多费工夫或发生错误也在所不惜：
我不能赞许一味逃避、不肯面对现实的行为，那意味着从来不肯面对敌手，只会避开应有的竞争……除了其他自由外，让我有依据良心去学习、讲话和争辩的自由……虽然世界上存在许多空洞无聊的理论，但也存在真理，我们通过许可证和禁止出版的手段，伤害真理的力量。真理与虚假应该并存，在自由与公开的对抗中，谁知道真理对虚假有何影响呢？
不过，弥尔顿不要求完全宽容一切出版物。他相信倡议无神论、毁谤和黄色出版物均属违法，不得予以出版，而且他拒绝宽容天主教的出版物，因为那是国家的敌人，其本身即已具有不能宽容的性质。除此之外，凡具有思想和言论自由的国家，任何方面将臻于伟大的境界：
在我的心中好像已看到一个高贵的强国，像一个强壮的人从睡梦中醒来，摇动其无敌的头发。我看到她好像一只鹰，鸣叫着显示她的年轻有力，目光炯炯凝视着中午盛开的花朵……
国会对弥尔顿的请求置之不理，反之，又制定日益严苛的法律（1647年、1649年、1653年）对付无照印刷品。伦敦书局、印刷厂、装订商、文具商公会会员抗议弥尔顿未将《司法者》注册，贵族院指定两名法官审问他。我们不知结果如何，显然他并未受到处罚，因为他是胜利的清教徒有用的代言人。
1649年2月，查理一世被杀两周后，弥尔顿出版小册子《论国王和地方法官的任期》（The Tenure of Kings and Magistrates）。该书采纳民约的理论，即政府的权力来自拥有主权的人民，而“任何有权力者皆可谴责暴君或邪恶的君王，一经定罪即可予以贬逐或置之死地，完全合法”。一个月后，革命议会邀请弥尔顿担任“对外事务秘书”。他暂时搁置其史诗著作，在以后的11年内，献身为清教徒政府和克伦威尔的护国主政权服务。
