他从弹奏风琴与唱歌中获得一些自慰，奥布里称他有“温润和谐的嗓子”。1661年他迁居一次，1664年又迁居一次，这一次是其最后定居的住所，在艾帝勒利道（Artillery Walk）。那里有一所私人花园可供他散步，除靠手脚摸索外，无须导游协助。他的外甥已忘却从前挨的打，经常来看他、协助他。朋友们也不时过访，代为笔记其口授著作。他的3个女儿颇不耐烦地服侍他，但也相当费心。大女儿安妮跛脚、残废，说话有缺陷。戴布拉充任其笔记口授的秘书。她和玛丽学会用拉丁文、希伯来文、法文、意大利文和西班牙文读书给他听，虽然她们不了解自己在读什么。事实上，她们3人都未曾上学。她们接受了一些私人教育，但所受的教育实在太有限了。由于他的孩子根本不重视书本，弥尔顿死前把多数的藏书卖了出去。他抱怨，她们秘密卖掉他的书，她们不顾他的需要，与仆人共谋在家庭采购方面剥削取利。她们在严肃、要求甚严、善怒的父亲的管理下，觉得在这个阴沉的家庭中并不快乐。玛丽听说他计划再娶时说：“他的婚礼没有新闻价值，但假如听到他死亡的消息，那就另当别论。”1663年，弥尔顿年已55岁，又娶了第三位妻子，24岁的伊丽莎白·明夏尔（Elizabeth Minshull）。直到他老死为止，她一直忠心耿耿地服侍着他。在与继母同居7年后（奥布里称她是“一个温柔、平静，颇具幽默的女人”），这3个女儿终于离开她们的父亲外出，花弥尔顿的钱学习各种生意。
复辟使他损失惨重——几乎损失生命，但也使其《失乐园》（Paradise Lost）一诗的写作成为可能。若无复辟，他可能在战意浓厚的散文中耗尽一生精力，因为他具有的斗士气质犹如其诗人气质一样强烈。虽然如此，在笔战中他从未放弃写出英国人在未来几个世纪中一直极为欣赏的作品的希望。1640年，他列出一首史诗或一出戏剧的题目表。除了亚瑟王的传奇外，亚当堕落的故事赫然列在表中。他对究竟使用拉丁文还是英文来写作迟疑难定，甚至他决定以《失乐园》为主题时，他还想以希腊悲剧或中古神秘剧的形式来表达。他不时写几行诗或几段诗，其后均塞入《失乐园》全诗中。直到克伦威尔死后，弥尔顿才有闲暇每天写史诗，接着是他的全盲（1658年）——
失意艰险的日子，只见恶言交加；
黑暗中，周遭都是危险。
他无助、失望地躺在床上时，许多佳句便浮上脑中。诗兴大发时，他找来笔记人，声言“要挤出脑汁”。写作的狂热临身，他会“一口气”口授四十行诗，然后在旁人重读给他听时，用心地加以改正。或许没有人会用力这样勤，用这么多的勇气来写诗。弥尔顿觉得他正在对英国演述荷马史诗和《以赛亚》（Isaiah），因而显得生气勃勃。他相信诗人就是上帝的声音，是天意授命教导人类的先知。
1665年，瘟疫侵扰伦敦，一位尚在狱中的教友派朋友艾伍德（Thomas Ellwood）安排弥尔顿到白金汉郡查尔方特（Chalfont St.Giles），住进艾伍德在该地的十房“小屋”中。在这座“漂亮的厢房中”，诗人完成其《失乐园》（1665年6月）一诗。但谁来印行呢？1665年至1666年，伦敦一片混乱，紧跟着瘟疫来的是大火。大家还感兴趣的是复辟的喧闹取乐，对写原罪的10558行诗则毫无胃口。弥尔顿的《辩护书》一书曾赚取1000镑。现在（1667年4月27日）他把《失乐园》全部权利以5镑现款售与西蒙斯（Samuel Simmons），并订契约依出售情形每次另得5镑，他共得到18镑。该诗印行于1667年8月。出版的前两年共售出1300份，前11年出售3000册。或许直到今天，任何一年皆无太多的读者。
该诗与《埃涅阿斯记》一样有作于荷马诗之后的缺点，因而关于战场和超凡战士的描写，均因模仿而失其力量。荷马无疑也模仿了以前的典型作品，但我们已经无从考据了。约翰逊认为《失乐园》“就其主题本质说，显然较优于其他作品，其内容有一贯普遍的趣味”，但他承认：“没有人希望它会那样冗长。”其主题是：
人类首次不服从神命，及
禁园树上的果实，那致命的味道
给人间带来了死亡和烦恼。
这个主题在弥尔顿年轻时极为流行，当时创世记的故事被当作信史，大家天天都会想到天堂与地狱、天使与魔鬼。但到了此时，这个题目成为诗人最大的障碍，全诗共有12篇咏诵神仙的故事。现在述说这篇冗长、严肃、古老的宗教故事，必须从头到尾，特别费尽心力。但从来没有看过把这样无意义的事也能写得这样高贵典雅的。场面极为庄严伟大，包括天堂、地狱和人间在内。无韵诗严肃高贵地流动前进，复杂剧情的操纵自如，对自然新鲜柔和的描写，亚当和夏娃的实在感及个性的塑造极为成功，时时出现雷霆万钧的段落——这些都是《失乐园》成为英语最伟大的诗篇的理由。
故事的开始是在地狱中，撒旦被描写成“身材壮硕”、“双翼宽广”的一只鸟，向堕落的天使力劝不必绝望：
一切皆非无望；但凭无可征服的意志，
学会报复，及永恒的怨恨，
和永远不会萎靡或屈服的勇气；
……向人低头请求施恩
用乞求的膝盖，和崇拜他人的权利，
……那真是太卑鄙，
那等于堕落之余，
还要加上羞耻与侮辱……
此时我们的心理与精神都该保持
威武不屈……
这首诗听起来很像克伦威尔反抗一个查理，而弥尔顿则反抗另一个。许多描写撒旦的诗篇令人想起弥尔顿：
我们的心不该随时空而浮沉。
心灵自有它的境界，它的本身
可使天堂成为地狱，地狱成为天堂。
在较早的诗篇中，弥尔顿的滔滔雄辩诱导他几乎同情地把撒旦描绘为反叛现存专制政权的领袖。诗人终于没把撒旦写成史诗的英雄，只因他本人后来已化身为“说谎之父”，其人“蹲下来就像一只蟾蜍”，或像一条蟒蛇似的在泥土上弯弯曲曲地滑行。但在同一诗篇中，撒旦宛然成为知识的保护人：
知识该禁止吗？
……为什么他们的主
会羡慕他们的知识？知识有罪吗？
有知识该死吗？他们（亚当与夏娃）只配
无知下去吗？他们最幸福的是无知，
借以证明他们的服从和信仰吗？
……我要挑拨他们的心灵
用更多求知的欲望……
因而他像一位唯理主义者一样与夏娃辩论，攻击反启蒙主义的教会：
那么为何这也要禁止？为何只要使人敬畏，
为何要使你们低下和无知，
你们不是他的崇拜者吗？他知道在当日
你们在那里吃下禁果，你们的眼睛好像很明净
但有些朦胧，到了此时却要完全
张开和明亮，而你们就像神那样……
不过，天使拉斐尔促请亚当别对宇宙有好奇心。人类如果想知道生命以外的范围，那就太不聪明了。这就是说信仰还是比知识重要。
我们或会预期弥尔顿把“初罪”解释为指性交而不是求知欲。事实不然，他反而作出反清教徒的诗歌，主张在结婚的许可下求得性交快乐完全合法。他还把亚当与夏娃描写为他们仍在“无罪的状态”时，已知道利用触觉取乐的价值。但在“堕落”以后——吃下了知识之树的禁果——他们开始感觉性交的可耻。现在亚当把夏娃当作万恶之源，“其肋骨天生弯曲”，并痛心上帝会创造女人：
哦！为什么上帝
……终于在世上创造
这个怪物，这个
自然美丽的缺憾；而不使人间只充满了
男人，就像天使无女性一般，
或另寻其他方法来产生
人类？
弥尔顿几乎忘了亚当的身份，在诗篇中重述其在散文著作中重男轻女的观念。他将在《力士参孙》（Samson Agonistes）中重诵这些诗句，那是他最喜欢的梦。而在秘密的小品文《基督教义》（De Doctrina Christiana）中，他建议恢复多妻制度。《旧约》不是鼓励这个制度吗？《新约》不是没有废止有益健康和重视男性的法律吗？
无论如何解释，“人类第一次不服从”这个主题太狭窄，根本不足以写12首诗。一首史诗需要的是情节、情节、情节，但故事开始、天使反叛完毕后，剧情只能通过回忆往事入诗，那等于枯萎无力的回声。战场的描述倒极逼真，有手臂互撞的响声，还有手脚裂开的声音，但我们不太会因想象的打斗而产生痛苦或狂欢的感觉。与法国的戏剧家一样，弥尔顿纵容其演说的热情，从上帝到夏娃，每一个人都在演讲，而撒旦发现地狱之火无阻于其虚饰的言词。我们很不耐烦地发现，在地狱中还要听人教训。
在这部史诗中，上帝并不是但丁在《神曲》中感到的那种无可描述的一团灿烂光辉，而是经院学派的哲学家，他提出令人无法信服的冗长理由，说明为何全能的他会容许撒旦的存在，并准许诱惑人类，还经常预见人类会屈服于其诱惑，给人类带来几个世纪的罪恶和不幸。他辩称没有犯罪的自由即显不出道德，没有考验即显不出智慧。他认为人类勇敢地面对诱惑和加以抵拒比毫无诱惑来得好，他根本未预见，基督的祷词会请求上帝不要使人类受到诱惑。谁肯同情撒旦反叛这位难以置信的虐待狂呢？
弥尔顿真的相信这种宿命论带来的恐怖吗？显然如此，因为他不但在《失乐园》中加以阐述，而且还在秘密小品《基督教义》中予以释述。在造人以前很久，上帝即已决定哪些人该获救、哪些人该下地狱。不过，那篇秘密小品包含一些异端邪说，弥尔顿从未加以付印，要到1823年才被发现，到1825年才付印。
这是一篇很奇特的文章。开始时他很虔诚地假定，《圣经》中每个字都来自神示，毫无疑义。弥尔顿承认《圣经》经文有很多“讹误、伪造及割裂”，但即使是现今的形式也是上帝的著作，因此他只容许逐字加以解释。假如经文说，上帝休息，或恐惧或悔恨，或愤怒或悲伤，这些文字均应照其字面加以接受，不得随便解释为暗喻，甚至关于上帝身体各部分和性质的描写也应视为在物质上完全真有其事。但除了在经文中对其外表有所启示外，上帝还给我们内在启示，那就是会在我们心中说话的圣灵。这种内在启示，“即每位信仰者特别拥有的东西，是远较经文更高超……更确定的指示”。不过，在其论证当中，弥尔顿曾引述《圣经》是最终及牢不可破的证明。
他以经文为基础，拒采正统派的三位一体论，而宁取阿里乌斯派异端之说（the Arian heresy）：基督绝对是上帝之子，但他是其父后来所生。因此，他与其父并不同时，即永远不会与其父平等。基督是上帝创造的代表，是其他万物产生的媒介。弥尔顿不承认由无生有而创造世界的理论：物质世界与精神世界一样，都是不时由神质衍生。精神是优美、轻柔之质，不能过分与物质分别。最终物质与精神赋之于人成为形体与灵魂，而成为一体。这种见解很像霍布斯和斯宾诺莎的理论，这两人与弥尔顿于10年内先后死亡。或许弥尔顿早已读过霍布斯的著作，它在查理二世一朝曾引起甚多争议。
弥尔顿的宗教观念是一神教与物质主义、亚未念教派的意志自由与加尔文教派宿命论的奇异混合。依其著作，他似乎是极为虔诚信教的人，但他不参加教会，甚至在目盲之前也不参加，他在家中也不举行礼拜。约翰逊博士写道：“在其作息表中，并无祈祷时间，不论是单独或与家人在一起皆没有这个时间。不参与公共礼拜，就等于不参与一切礼拜。”他轻蔑教士，悲叹克伦威尔发给教士俸禄，视为是有害教会和国家的一种“偶像崇拜”。在一则最后宣告《论述真正宗教、异端、派系、宽容及避免教皇派系的发展的方法》（“Treatise of True Religion，Heresy，Schism，Toleration，and the Best Means to Prevent the Growth of Popery”，1673）中，他直接反击查理二世的第二次《宽容宣言》（1672年），警告英国人不要宽容天主教徒、无神论者或任何不承认《圣经》为其教义基础的教派。
就是这位与异端挑战、反教士主义和非国教的人，给基督教教义最高贵的现代阐述。
