信仰之争依然持续，国王与国会之间的旧冲突又起。快乐的国王哀伤地发现，平民院在百依百顺的蜜月期后，竟嫉妒他的权力，开始吝惜付他开支经费。查理内心柔和，意志却坚强，他转向法国国王私人贷款。他保证，而且显然希望，缓和英国天主教徒未能任公职之事。他支持路易十四对抗荷兰的政策，并把克伦威尔的士兵赢来的海峡港口敦刻尔克售予法国。敦刻尔克牺牲惨重得以保护下来，查理却以它换来500万法郎（1662年），并附带波旁的秘密贿金，这使他一度可无视于现在掌握国会的地主和财主的寡头统治。
然而，这些寡头政治执政者们想用政府的经费来支付另一场为利益而对抗荷兰的战争。查理尽其可能地反对好战思潮。他在给他妹妹的信上说：“在城市在乡村皆然，尤其是国会议员，我发现我自己是我的王国中唯一不希望发生战争的人。”
每件事都恶化。英国海军食物缺乏、衣不蔽体、军火不足，却作战骁勇，可胜负参半。战事进入高潮时，瘟疫和大火使伦敦残破，英国破产。1666年年底，荷兰人公开和平谈判，查理乐于获得停战协议，派遣使节团赴布雷达。他相信协议在望，也由于他本人已濒于财匮力乏，于是把部分英国船舰驶入梅德韦河（Medway）整修，而且允许水手们为商人效劳。1667年6月，勒伊特（Ruyter）率领一支荷兰特遣舰队，驶入泰晤士河和梅德韦河，把大部分无人的船只摧毁。佩皮斯说，在这个晚上，英王与卡斯尔梅因夫人在蒙茅斯公爵夫人邸寓共进晚餐，纵情寻欢作乐。荷兰人来袭的消息传抵伦敦，人们被召集起来。荷兰人也希望和平，因为法国人已侵入佛兰德斯。《布雷达和约》（1667年7月21日）结束了第二次荷兰战争，但双方对条款皆不满意。
英王的地位因这一闹剧的结果和伦敦的祸事而十分脆弱，以致有些英国人想罢黜他。国会要求政府开支应由国会监督，查理因为无钱只有让步，另一步骤即走向国会至上。因为处理外交事务不当，国会要求克拉伦登去职。查理并非不愿意他去职，因为这位大臣曾反对他的宗教宽容的行动，也非难他把精神贯注在情妇身上。平民院不满意他辞职，起草一项议案，控诉他向法国阿谀。克拉伦登接受国王的忠告，逃往大陆。在为国家长年服务后，这个结局真是既可怜又残酷。这个老人的流亡，却因而写下一本在英国文学史上前所未见的最佳历史杰作，也算未虚度余生。他1674年死于鲁昂，享年65岁。
查理任命5个人接替他（1667年）：克利福德男爵、艾林顿伯爵、白金汉伯爵、艾虚里勋爵（不久后成为首任沙夫兹伯里伯爵）、劳德戴尔伯爵。他们的姓名字首组成一个“cabal”字，这个新政府即被人们称为“卡巴”。克利福德是一名公开承认的天主教徒，艾林顿则倾向于天主教，白金汉是一个浪子，艾虚里是一个宽容的怀疑派，劳德戴尔是一名不受盟约派人士，他以兵力强迫国教会制度横施于其苏格兰同胞身上。查理听他们互不相同的建议，但更加我行我素。
他的目标基本上有二，恢复绝对君主制，提高英国的罗马天主教信仰。他渴望能由他的信天主教的弟弟詹姆士继承他的王位，他与罗马的耶稣会首脑通信，同时秘密接见一名由布鲁塞尔来到伦敦的教廷公使。1669年1月，他告诉他弟弟、克利福德、艾林顿和阿伦德尔等说，他希望自己重皈罗马教会，而且让全英国回到天主教。他的妹妹亨利埃塔从未停止劝他大胆地宣布改变信仰。
1670年5月，路易十四把亨利埃塔送返英国，由精明的外交官伴同，以勾结查理使之遵从法国和天主教政策。1670年6月1日，克利福德、阿伦德尔、艾林顿代表英国签署了秘密的《多佛条约》。法王同意，只要查理公布改信天主教，就付他15万镑；如果需要增加，路易愿为查理装备6000名士卒，并以法国开支来维持这支精兵；查理在对方请求下，加入法国对抗荷兰的战争；战事延续时他每年可获22.5万镑；他可得到并保有某些荷属岛屿及他支持路易继承西班牙的权利主张。为了瞒骗国会和英国人民，查理派白金汉赴巴黎草定一份假条约，而于1670年12月21日签字并公之于世。它誓言英国加入反荷兰的战争，却未提到宗教。
查理花了15年时间才宣布他改信宗教。他的弟弟于1671年公开宣称自己是天主教徒，但即使在亲天主教的艾林顿警告英王，同样的承认可能激起一次革命的情况下，查理仍然步向其目标，以颁布（1672年3月15日）他的第二道《宽容宣言》（Declaration of Indulgencs），停止“针对任何种类非国教徒的宗教事务的刑法”。同时，他把所有因不肯承认国会的宗教立法而被下狱的人从牢里放出来。数百名反国教徒，包括布尼安和许多教友派在内获释，他们的领袖派了一个代表团向英王致谢。长老会和清教徒震惊地发现，给予他们的自由也扩及天主教和浸信会。国教会则为“天主教徒和成群的教派”公开在伦敦集会而惊惧。将近一年时间，英国的宗教宽容，几家欢乐几家愁。
1672年3月17日，英国重启第三次荷兰战争。现在，国王和国会在这件事上意见一致。国会通过125万镑军费，这笔钱付给政府却是以小额分期给付，这显然是要靠英王顺服国会及其宗教立法而定。平民院宣布“宗教事务的刑事法令只有依《国会法》（Act of Parliament）方可停止”。它又致一封请愿书给国王，说他的《宽容宣言》应予撤回。亟须英格兰助一臂之力以支持其对抗荷兰战事的法王路易十四，劝查理取消这个《宽容宣言》，直到战争成功结束。查理让步，1673年3月8日，《宽容宣言》被取消。
可能就在这时，新教派领袖听到有关秘密的《多佛条约》的风声。为了预防任何王室成员改变信仰，两院在三月底通过一个《甄试法》（Test Act）。依此法，英国一切文官和武官都需要摒弃天主教三位一体理论，而要依国教会仪式接受圣礼。克利福德激烈地反对这个法案，在它通过后，他辞去官职，归隐庄园，很快去世了。伊夫林认为他是自杀。沙夫兹伯里竭诚支持本案，他被罢黜出内阁，成为在野党领袖，反对支持英王的执政党。“卡巴”政府结束（1673年），丹比勋爵成为首相。
詹姆士辞去官职。对他的反对曾在某种程度上缓和，因为大家认为他的第一任妻子虽曾接受天主教信仰，而她的孩子，即未来的女王玛丽和安妮，却成长为新教徒。但现在他再娶（1673年9月30日）一名天主教徒，引起了恶毒的非难和谴责。摩德纳的玛丽素以“教皇的长女”著称，而一般认为她将把她的子女抚养成天主教徒。国会立刻提出议案，规定所有的王室子女必须依新教徒信仰养大。
事件的转折使英国对抗荷兰的战争兴趣转变了。如果英国将有一位天主教君王，他迟早会和法国、西班牙合作，极力摧毁荷兰共和国——荷兰现在显然不仅只是商业上的敌手，也是新教信仰在欧陆的堡垒。如果荷兰应推翻，则英国新教信仰又如何坚立？查理心甘情愿地派遣威廉·坦普尔爵士为使节，与荷兰单独媾和。1674年2月9日，《威斯敏斯特条约》（Treaty of Westminster）结束了第三次荷兰战争。
